【軟體安裝】重測序注釋——snpEff 的使用

下載下傳軟體包：

https://pcingola.github.io/SnpEff/ # 軟體網址

snpEff_latest_core.zip # 軟體名

解壓到指定檔案夾：

unzip snpEff_latest_core.zip # 于指定檔案夾解壓

cd snpEff # 進入snpEff檔案夾

vi snpEff.config # 打開配置檔案，并新增一行：db1.genome : aaa，然後儲存

mkdir data # 建立資料檔案夾

cd data # 進入資料檔案夾

mkdir db1 # 建立物種名檔案夾，db1為使用者命名

mkdir genomes # 建立genome 資料放置檔案

cp db1* db1 # 将所有db1相關的檔案拷貝進db1

cd db1 # 進入目錄，準備好注釋檔案：将gff等檔案重命名為 genes.gff protein.fa regulation.gff 等

mv db1.fa ../genomes/db1.fa # 準備好基因組序列檔案

cd ../.. # 進入snpEff檔案夾

java -jar snpEff.jar build -gff3 -v db1 #  建庫

cd /abyss/soft/snpEff; java -Xmx8g -jar snpEff.jar db1 snp.vcf > snp.ann.vcf