2020.10.26【GWAS】丨Admixture群體結構分析detected that all genotypes are missing for a SNP locus解決辦法

群體遺傳結構(Structure)指遺傳變異在物種或群體中的一種非随機分布。按照地理分布或其他标準可将一個群體分為若幹亞群，處于同一亞群内的不同個體親緣關系較高，而亞群與亞群之間則親緣關系稍遠。群體結構分析有助于了解進化過程，并且可以通過基因型和表型的關聯研究确定個體所屬的亞群。

一般進行群體分析所使用的軟體為STRUCTURE，但是STRUCTURE的運作速度較慢，如今Admixture憑借其高速的運算速度逐漸成為群體遺傳結構分析的主流軟體。目前市面上看到的官方下載下傳網站已經停止維護，我這裡有個低版本的，大家可以試試：

通過Plink得到bed檔案後，便可以用Admixture進行群體結構分析

plink --file GT1 --make-bed --out GT1 --chr-set 30           

#我的物種是虹鳟魚，有30對染色體，是以需要使用--chr-set參數設定染色體數目為 30

運作代碼

for K in 2 3 4 5 6 7 8 9 10; \

do admixture --cv GT1_test.bed $K | tee log${K}.out; done           

發現報錯

Error：detected that all genotypes are missing for a SNP locus

Please apply quality-control filters to remove such loci.

圖示

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翻牆查閱，大概意思是使用Plink生成bed檔案時，裡面的SNP位點沒有進行質控，需要增加參數 --geno 0.999

于是調整參數，重新生成bed檔案

運作代碼

plink --file GT1 --geno 0.999 --make-bed --out GT1_test --noweb

for K in 2 3 4 5 6 7 8 9 10; \

do admixture --cv GT1_test.bed $K | tee log${K}.out; done           

順利運作

圖示

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