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JabRef 文獻管理軟體

JabRef 文獻管理軟體簡明教程

大多隻有使用LaTeX撰寫科技論文的研究人員才能完全領略到JabRef的妙不可言,但随着對Word寫作平台上BibTeX4Word插件的開發和便利應用,使用Word撰寫文章且用JabRef推送參考文獻同樣令人十分愉悅。作為新生代的文獻的送和管理工具(2005年開發),不僅功能齊全、各種操作也考慮周到,實作科技研究人員在跨操作平台和不同寫作環境下終身使用一個“自己的文獻庫”不再是一個奢望。

JabRef首頁和下載下傳位址:http://jabref.sourceforge.net/

1) 免費開源軟體,使用Java語言編寫,支援Windows、Linux、Mac等多個平台。可以選擇安裝版本或是免安裝的JAR版本(前提是電腦已有Java環境支援)。

2) 支援線上抓取和更新題錄。最新的JabRef 2.6版本已支援如下圖所示的,CiteSeer、JSTOR、SPIRES、IEEEXplore、ArXiv.org、ACM Portal、Medline以及ScienceDirect 八大電子資源資料庫的文獻查找和索引自動導入功能。

英文視訊:http://www.eng.auburn.edu/~reevesj/Classes/ELEC6970-latex/jabref/jabref/jabref.html

中文教程:http://wenku.baidu.com/link?url=eWAsSqnWWHuJb6i-Lt199BVXCXKpPdi22Y7Ur1QCADRF5d7BlsxK3gD4h9n3RwhCyUrOHzPrG623nRA7ZPwDNsp94G1pCCdTNcqALAos2wG

中文手冊:http://wenku.baidu.com/link?url=j4YcPQwTkd72RVEjDQnAAioo3g6yit2MIOuV7avniv8x9MGyAU8v7wGGHI6TGnCIrRvTP8kdaBaOf_wS8FM0e1D1K2y2yPwSt6C8A4HsRQu

1、序言

忽然萌發翻譯和編寫JabRef中文手冊的想法,因為自己感覺這軟體非常不錯而目前又找不到詳細的中文手冊,而且遠在異國他鄉,雜事少閑暇多。但是能不能堅持寫完就得看以後工作的安排了。

JafRef是開源軟體,完全免費。但這不是它的主要優點。免費的東西很多,不見得每件免費的東西都有人要。實用性才是最重要的。

我用文獻管理軟體隻有兩個需求,一是管理或者說整理自己電腦上儲存的文獻(主要是pdf格式檔案),另外一個是寫文章插入引用文獻和編寫參考文獻清單。其他的需求,比如查新、閱讀和做筆記,都可以歸到這兩個裡面。

很多文獻管理軟體都可以很好滿足第二個需求,這個不用再說。也有一些軟體吹噓能很好的管理本機儲存的文獻,比如Reference Manager,Endnote,醫學文獻王。Reference Manager是我使用的第一款文獻管理軟體,很快放棄,原因已經記不得。Endnote使用時間最長,但在半年前放棄了,因為一件事讓我大費腦筋:由于更換了電腦而把原來的參考文獻庫連同文獻一起轉移到新機,盤符和檔案夾設定都完全照搬,但還是發現多數全文連接配接打不開了。我一個個試着找出哪些連結已經廢棄,然後找到放置全文的地方,再一個個拖拽到文獻條目上讓它重建立立連結。很快我就吃不消了,我有一千多個pdf檔案!!(Reference Manager和Endnote是同一個公司的産品,是不是也有這個問題?)當初看中Endnote的原因是它關聯文獻的簡單方法--滑鼠拖拽,沒想到最後讓我沒法再使用它的也是這個拖拽。OK,沒辦法了,遷移到其他軟體吧。(不是我見異思遷,簡單重複而又沒有盡頭的工作,你來試試?)

JafRef有這麼一個功能:全文文獻自動關聯。這個“自動”當然不可能自動到你什麼都不用幹。給檔案改一個規則的名字,這是你需要做的。JafRef中有一個域名叫BibTexkey,每篇文獻可以自動生成唯一的BibTexkey,生成規則可以根據個人喜好來定義,隻要這個定好,把所有檔案名改成BibTexkey加檔案擴充名的形式,JabRef就能自動找到它。

我把BibTexkey定為“[year]-[auth]-p[firstpage]-[lastpage]“,所有文獻不出現重複BibTexkey。然後着手所有文獻的批量重命名工作:

1、在Endnote裡面編寫一個”Output Style“,在Bibliography下的Templates裡面加入”Year-Author-pPages=Link to PDF“(文獻類型Journal Article)

2、把所有帶全文的文獻用此”Output Style“導出一份文本檔案

3、按順序完成替換:先把”=internal-pdf://"替換成制表符,再把“/”号替換成制表符

4、拷貝、粘貼到Excel裡面,保留第一列(将來的檔案名)和最後一列(原來的pdf檔案名),其他删除

5、按原檔案名排序(為了符合檔案批量命名軟體的需要)

6、拷貝第一列的内容到文本檔案,命名儲存

7、有一個檔案批量命名軟體,叫“拖把檔案更名器”。把你所有要從命名的檔案放到一個檔案夾中,用這個軟體“調用文本檔案命名”功能(用的就是第6部中的文本檔案),幾秒鐘内它會幫你全部重命名。(軟體很簡單,具體使用方法自己看看就明白了,在這不詳細介紹)

Ok,從Endnote遷走的工作完成一大半了。接下來隻需要把參考文獻題錄搬出來。其實這一步我沒有做,原因很簡單:現在網絡這麼友善,直接使用JabRef内置的搜尋功能重新查文獻題錄就行了,何苦去折騰那個導出功能?再說從Endnote導出的格式又不是100%相容。實在要導出也可以,下載下傳一個Endnote用的output styleftp://support.isiresearchsoft.com/pub/pc/styles/endnote4/BibTeX%20Export.ens

放到Styles檔案夾中,就可以使用(需要稍微編輯)。

據說有方法能把Endnote的文獻題錄連同全文連結一起到出來的方法。但是我不傾向于使用這些方法:既然使用了管理手段,就要用全新的思維來做事,婆婆媽媽的想換又不換還不如保持現狀。

好了,新的開始,新的征程,希望JafRef能帶給你驚喜。

2、入門

了解和使用一個軟體的最好的方法是看它的幫助文檔,這也将是我後面翻譯和編寫JabRef中文手冊的主要工作。但是我性子急,看到某本書或某個幫助文檔不厭其煩的一條條解釋術語和羅列菜單就覺得煩。相信不少人跟我一樣。那好,先撇開這些套套,直接看一些實用的操作。 

1、打開軟體。新安裝的軟體,應該隻有軟體菜單和工具欄,其他空白(下圖):

JabRef 文獻管理軟體

2、點一下緊挨菜單“File”下面的像白紙一樣工具欄圖示,工具欄下面區域馬上出現帶表頭的區域,這個操作叫做“建立資料庫”。注意左下腳有文字“Status: New database created”:

你的軟體出現的表頭可能跟上面的不一樣,沒關系,因為我的軟體不是第一次使用,調整過。 

3、點選“Web Search”菜單,選擇最後一個“Search Medline”。注意左邊出現有搜尋功能區。在光标閃爍的地方輸入你的關鍵詞。這裡示範輸入的是“arabidopsis proteomics 2009”

滑鼠點選“Fetch”後跳出一個視窗,等待一會就會出現搜尋結果:

先不管其他,結果出來後按底下的“OK”。查到的結果全部轉移到了剛才建立的“資料庫”中:

JabRef 文獻管理軟體

現在可以看看整個視窗的布局了。

先看些熟悉的東西:左上角,JabRef程式圖示,有上角,紅叉,關閉程式用;紅叉的下面有個黑叉,是關閉目前資料庫(database)的,先别着急按它(Sorry,我用的是windows,Mac和Linux這三個圖示的地方會很不一樣);菜單,不用說都認識,還有工具欄。 

出現兩個新分隔區(其實不新,你要是用過其他文獻管理軟體,這都大同小異):表格狀的是文獻題錄顯示區,顯示的是整個文獻資料庫,每行是一條文獻(專用術語是“題錄”,英文稱為entry);它下面的分隔區域是文獻預覽區(entry preview),顯示的是目前選中的文獻的資訊。你可以用“View”菜單下的“Toggle entry preview”顯示或隐藏文獻預覽區。 

再看一下資料庫的表頭(欄标題)。#号表示文獻排序号。Author是作者,它左邊的圖示表示該文獻有網址連結,單擊一下就可以打開浏覽器。Title、year、journal等,都很熟悉。有三個可能是新的:Owner、Timestamp和Bibtexkey。 

4、修改Bibtexkey設定:

撇下Owner和Timestamp不管。先修改一下Bibtexkey,因為Bibtexkey太重要了,全文管理和寫文章引入參考文獻都靠它。這個Bibtexkey就是文獻條目的辨別,相當于一個人的名字,在一個文獻庫裡面Bibtexkey不會重複,如果重複了JabRef會自動在後面加a,b,c來差別(這種情況不利于全文檔案自動關聯,最好避免)。 

打開“Options”(選項)菜單的“Preferences”(偏好設定),點一下彈出視窗左邊“BibTex key generator”切換到該标簽頁:

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看到視窗裡面有一個還算比較顯眼的紅色問好沒?點一下你就能得到相關的幫助,跟目前視窗的内容絕對對口!

想一下,什麼樣的命名方式得到的Bibtexkey既簡潔、美觀又不會重複?你應該有好辦法。我比較笨,用的是[year]-[auth]-p[firstpage]-[lastpage] (表示:“年”-“第一作者姓”-p“文章首頁”-“文章末頁”,你在幫助頁裡面能了解到每個詞表示的意思),把它放到右邊第一行内(Default pattern)。 

5、順便做一件事,美化文獻題錄顯示: 

點一下左邊的“Entry table columns”:

選中右邊的owner,再點一下它右邊上的紅色減号,去掉這一項;把Timestamp和Year也去掉。按“OK”回到JabRef主界面,你會發現資料庫表格簡潔了許多,因為剛才的操作去掉了Owner、Timestamp和Year這三欄。

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注意,剛才設定的Bibtexkey還沒有起作用。需要手動更新:點中其中一條文獻,然後用Ctrl+A(同時按下Ctrl鍵和A鍵)全選,再點“Tools”菜單下的“Autogenerate BibTex keys”,全部Bibtexkey得到更新

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6、下載下傳和關聯全文

先建立一個你專門用于放文獻的檔案夾(我用的是 e:\A_JabRef\pdf)。同樣點選“Options”下的“Preferences”,選中“External programs”,把“Main file directory”設定成剛才建立的檔案夾位置,并且選中“Main file directory”下面第一個選項,如圖:

設定完畢點“OK”回到主視窗。

你可能剛才就注意到了文獻預覽區第一行的括号裡面的内容就是Bibtexkey。選中,Ctrl+C拷貝它。點選作者左邊的網址圖示,跟蹤到它的全文pdf網址,打開pdf檔案以後另存到剛才建立的目錄,檔案名用剛才拷貝到的Bibtexkey,擴充名不變。現在可以關聯檔案了。“Tools”-“Scan database...”-“Synchronize file links”,适當看看彈出的視窗,然後點“OK”,很顯然,有全文的文獻多了一個圖示。

儲存檔案吧,用axx作檔案名,預設擴充名是bib。在工具欄的下面你會看到檔案名。

現在,你已經跨進JabRef的門檻了 :)

3、一般常識

關于幫助視窗

幫助視窗

點選幫助按鈕或者按下F1。

現在,幫助視窗已經準備好了向你提供有關使用JabRef的資訊。

在幫助檔案内導航

幫助視窗事實上是一個輕量級的HTML浏覽器,幫助檔案是标準的HTML檔案。

從程式的不同視窗打開幫助視窗,預設打開的幫助檔案是不一樣的。如果你不能從這個檔案得到你感興趣的内容,工具欄的“内容”按鈕會把你帶到現有的幫助檔案清單。

此外,工具欄還包含有顯示下一檔案或前一檔案的導航按鈕。它們跟标準浏覽器中的“前進”和“後退”按鈕一樣。鍵盤快捷鍵是左右箭頭鍵,分别表示後退和前進。

可以按下ESCAPE(ESC)鍵關閉幫助視窗

一般資訊

JabRef

注:這些幫助檔案會多次提到bibtex程式。Bibtex是LaTex文檔中用來産生參考文獻的一個工具,由Oren Patashnik建立。Adobe FrameMaker的參考文獻生成工具--CiteMaker,也使用同樣的資料庫格式。

JabRef是使用bibtex資料庫進行工作的程式。程式沒有使用自己内部的檔案格式,這表示你可以直接用bibtex的.bib格式載入和儲存你的資料庫。然而,你也可以使用多種其他格式導入參考文獻資料庫。

JabRef提供的排序和搜尋功能可以使你能夠對資料庫的内容有總體的了解。你可以輕松的添加資料庫條目而不用去強記哪些資訊是必需的,還可以生成bibtex keys。如果你正在使用bibtex或CiteMaker,JafRef對你相當有用;如果你正在使用其他文獻體系或者僅僅想管理文獻資源,JabRef可能對你也同樣有用。

JabRef主視窗

JabRef主視窗

注:下面提到的多數菜單動作都有鍵盤快捷方式,有很多功能也可以從工具欄上獲得。你可以在下拉菜單中找到鍵盤快捷方式。

這是處理你的資料庫的主要視窗。在菜單和工具欄下面是一個标簽式窗格,你目前打開的每個資料庫都有各自的一個面闆。

         ? 通過在“偏好設定”對話視窗中選擇你需要的域名,可以決定在表格裡面顯示哪些“域”(内容)。

         ? 通過輕按兩下表内的一行,你可以編輯文獻條目的内容。你可以用箭頭鍵在不同的表之間切換。

         ? 表格排序依據的是你已經選擇的一系列域。預設的排序依據在“偏好設定”->“題錄清單”中設定,但是為了快速改變順序,你可以通過單擊列上的表頭而把這一欄設為主要排序标準,如果已按該欄為标準進行排序則将進行逆序排列。再次單擊将取消該欄作為排序标準。設定了主要排序标準後,你可以按下CONTROL鍵,單擊某一欄來設定、取消為次級排序标準或移除次級排序标準。你可以添加任意數目的次級排序标準。

         ? 拖動表頭中兩欄之間的邊界可以調整每欄的寬度。

         ? 可以在“偏好設定”對話視窗中設定是否重新調整表格以适應視窗。使用此功能可以確定整個表格可見,而取消該功能可以讓你有空間顯示更多的資訊。

         ? 顔色代碼也可以在“偏好設定”視窗中切換。在單元格中顯示下面不同顔色可以幫助你識别資料庫是否完整

                  – 最左邊的紅色單元格表示該題錄不完整。

                  – 最左邊的黃色單元格表示該題錄本身并不完整,但它交叉引用

                  – 藍色的單元格表示該單元格的内容是必需的

                  – 綠色單元格表示該單元格的内容是可選的。

                  – 無色的單元格表示此定義域在該類型的題錄中沒有被bibtex程式使用。這樣的域仍然能夠在JabRef中編輯。

添加新文獻題錄

添加新題錄的方法有幾種。菜單中的“新題錄”動作顯示一個對話視窗,你可以從清單中選擇文獻的類型。也可以繞過這個對話視窗, 每一種題錄類型都有獨立的菜單動作,最常用的類型還有鍵盤快捷方式可以使用。

添加新題錄後,題錄編輯對話視窗預設被打開。也可以在“偏好設定”對話視窗中關閉這種功能。

注:強烈建議你學習一下你常用題錄類型的快捷方式,比如CTRL-SHIFT-A 用于添加新文章類型題錄。

編輯題錄

為已有的文獻題錄打開編輯對話視窗,在該題錄的行内任何地方輕按兩下滑鼠即可(或者選中題錄并按ENTER鍵)

在域内引用bibtex字元串

在JabRef 中你可以像使用文本編輯器一樣書寫所有内容,但有一點除外:用一對#号把字元串名字包含起來。如:\'#jan# 1997\'将被解釋為字元串名\'jan\' 後接 \' 1997\'。

請參考:字元串編輯器。 

題錄編輯器

在主視窗中輕按兩下題錄的行内任何地方,或者選中題錄并按ENTER鍵即可打開題錄編輯器。按ESC鍵可以關閉該面闆。

在此面闆中你可以為單一題錄指定任何相關的資訊。題錄編輯器檢查題錄的類型并列出所有必需的和可選的域,友善使用bibtex查詢題錄。此外,有一些域稱為通用域,這些域是所有題錄類型共有的。

你完全可以自己為每種題錄定義哪些域是必需的而哪些域是可選的,也可以定義哪些域會出現在通用域标簽視窗。請參考自定義題錄類型擷取更多的幫助内容。

擷取更多有關如何填寫域内容的資訊,請參考Bibtex幫助。

題錄編輯面闆

題錄編輯器包含了6個面闆:必需域、可選域、通用域、摘要、審閱和BibTex源代碼,其中可以通用域、摘要和審閱面闆可以自定義(參考自定義一般域擷取詳細資訊)。在前三個面闆内,可以用TAB和SHIFT-TAB鍵在各文本域間切換位置。

用滑鼠點選在面闆件切換,或者使用組合鍵切換到左邊或右邊面闆:CTRL-TAB 或 CTRL-PLUS 切換到右邊的面闆, CTRL-SHIFT-TAB 或 CTRL-MINUS切換到左邊的面闆。你也可以按下CTRL-SHIFT-DOWN轉到下一個, CTRL-SHIFT-UP轉到前一個題錄,或者點選适當的工具欄按鈕。

BibTex源代碼面闆向你展示的是資料庫以bibtex格式儲存時的題錄樣式。如果你願意,你可以在此面闆直接編輯bibtex源代碼。需要轉到其他面闆時,按STRL-S或關閉題錄編輯器,JabRef會盡可能解析源代碼面闆的内容。如果解析出錯,你會得到通知,允許你進一步修改題錄或傳回到以前的内容。如果“偏好設定”對話視窗“一般選項”的“預設顯示源代碼”被選中,你每次打開題錄編輯面闆時首先顯示的總是源代碼面闆。如果你喜歡編輯源代碼而不是其他四個面闆,你應選中這個選項。

小貼士:如果你的資料庫中包含有JabRef不能識别的域,他們會被顯示在源代碼面闆中。

小貼士:pdf和url域支援拖拽操作。你可以把url從浏覽器中拖放到這, 也可以是一個pdf檔案的連結(JabRef會幫你下載下傳這個pdf檔案,或保留此連結)。

域内容一緻性檢查

當一個域中的内容發生改變後,JabRef會檢查新的内容是否能被接受。如果是被bibtex使用的域類型,會檢查這些内容中#符号的使用。 此哈希符号隻能成對出現,用來封裝一個被引用的bibtex字元串名字。注意,JabRef并不檢查這個引用的字元串是否存在(這不是件容易的事情,因為bibtex風格中你可以自定義JabRef不能識别的任意字元串組合)。

如果域内容不被接受,這個域會顯示為紅色,表示錯誤。這種情況下的修改不會被存儲。

bibtex key自動生成

按CTRL-G或“生成key”按鈕(魔術棒)會根據必需域中的内容自動為題錄生成bibtex key。

更多有關JabRef如何生成bibtex keys的資訊,請看參考“自定義BibTex key生成器”。

單詞/名字自動補全

JabRef提供了單詞和名字的自動補全功能。自動補全可以在“選項” ->“偏好設定” ->“題錄編輯器”中設定,它已經在幾個常用的域中預設激活。

當在激活了自動補全功能的域内編輯時,JabRef會根據資料庫中其他地方特定域内出現的詞給你提供補全建議。建議補全的文本用高亮塊顯示。你可以用PAGE UP 和 PAGE DOWN鍵在可能的建議内循環。按ENTER接受建議。忽略建議隻需繼續打字。

4、域

關于bibtex

JabRef能幫你處理bibtex資料庫,但需要記住的是:在編輯文獻題錄時要確定你的資料庫能被bibtex程式正确處理。 

Bibtex域

在bibtex中有許多不同的域,JabRef也能設定一些附加的域。

通常,你可以在包含文本的域内使用LaTex指令。Bibtex會自動格式化你的文獻清單,根據你的參考文獻風格将清單中某些域轉成大寫或小寫。為保證特定的字元保持大寫,請把它們用大括号包含起來,例如{B}elgium。

部分域類型的說明:

         Bibtexkey:是用在LaTex檔案中引用題錄的獨特字元串。需要注意的是:從LaTex中引用題錄時,此關鍵詞必需和文獻字元串的大小寫完全比對。

         address:位址,通常指出版者或其他機構。對于一些大的出版社,van Leunen建議整個忽略。而對于一些小的出版社,給出完整的位址對讀者會有幫助。

         annote:即annotation,注釋。标準的參考文獻格式不使用注釋,但是一些程式用它來産生注釋型的參考文獻。

         author:作者。該域應該包含一條文獻題錄中完整的作者清單。作者名之間用and分隔,作者數目多于三個也是一樣。名字可以用兩種等價的方式書寫:

               – Donald E. Knuth (名 + middle name +姓)或者 Knuth, Donald E(姓+“,”+名)

                – Eddie van Halen 或 van Halen, Eddie

        (譯注:上面兩行是兩個例子,每一行中是兩種書寫方式。)

        如果作者多于兩個,必需使用後一種方式(帶逗号的方式)以差別中間名(middle names)和姓(last names)。

         booktitle:書名。部分書名會被引用。對于書籍題錄,使用題目域代替。

         chapter:章(或節或其他)編号。

         crossref :交叉引用,題錄被交叉引用時用的資料庫關鍵詞。

         edition:版本,書的版本号,如“第二版”(“Second”)。應使用序數詞,而且第一個字母要大寫。必要的時候标準的文獻格式會把它轉換成小寫。

         editor:主編。該域和作者域類似。如果已經有作者域,則“editor”域用于給出文獻所在的書或專輯的主編名。

         howpublished:出版方式,專用于一些奇怪的文獻,标明它是如何被出版的。第一個字母要大寫。

         institution:研究所,指技術性報告的贊助機構。

         journal:期刊名,可以簡寫成一個“字元串”(string)。要定義這樣的字元串請使用字元串編輯器。

         key:用于按字母順序排序、交叉引用和在“作者”域資訊缺少時産生标簽。該域和cite指令中出現的(也是在資料庫題錄開始處出現)key是不一樣的,不要混淆。

         month:月份,指工作發表的月份;對于未發表的工作,指寫作的月份。應該使用三字母縮寫(jan, feb, mar, apr, may, jun, jul, aug, sep, oct, nov, dec)。 

         note:注釋。可以幫助讀者了解的任何附加資訊。首字母應大寫。

         number:期刊、雜志、技術性報告或系列著作的期号。一本期刊或雜志通常用卷号和期号來識别;出版技術報告的機構通常也會給出一個期号;有時書名也會給出系列号。

         organization:機構,指贊助會議或出版手冊的機構。

         pages:頁碼,一頁或多頁或者頁碼範圍,如42-111 或 7,41,73-97 或 43+ (最後一個例子中的 `+\' 表示随後的頁碼編排比較複雜) 。為了更好的維護資料庫的翻錄性,标準的文獻格式将單破折号(如7-33)轉換成Tex中使用的雙破折号表示頁碼範圍。(7--33)。 

         publisher:出版社名字。 

         school:論文撰寫的學校名字。

         series:系列著作或書的名字。引用整本書時,題錄的title給出書名,而可選的series域給出系列名,或多卷書刊的“套”号。.

         title:著作的标題/題目。大寫形式取決于文獻格式和使用的語言。對于必需大寫的詞,請使用括号将詞或首字母括起來。

         type:技術報告的類型,如研究簡報(Research Note)。

         volume:期刊或多卷速記的卷号。

         year:出版年份,或未出版著作的寫作年份。通常應該為四位數,如1984,雖然标準的文獻格式能處理末四位為連續數字的任何年份(如:大約1984)。本域對多數題錄類型是必需的。

其他域

BibTeX非常流行,很多人用它來存貯資訊。這裡列舉了一些常見的域: 

         affiliation* :指作者的隸屬關系。

         abstract:著作摘要

         doi:即數字文獻辨別(The Digital Object Identifier),用于辨別文獻的一個參數。

         eid:電子辨別(The Electronic identifier),用于辨別紙質刊物的電子期刊。此數字取代了頁碼,可以用于查找紙質刊物中的文章。有時也稱引文号。

         contents* :内容清單。

         copyright* :版權資訊。

         ISBN* :國際标準書号(The International Standard Book Number)。

         ISSN* :國際标準系列号(The International Standard Serial Number),用于辨別期刊。

         keywords:關鍵詞,用于搜尋或注釋。

         language* :文章的寫作語言。

         location* :和文獻題錄相關位址,如會議召開的城市。

         LCCN* :國會圖書館電話(The Library of Congress Call Number)。我還見過用“lib-congress”表示的。

         mrnumber* :數學評論号碼(The Mathematical Reviews number)

         price* :文檔的價格。

         size* :著作的實體尺寸。

         URL:指向引文的WWW通用資源定位器,通常用在技術報告中指向存放該報告postscript代碼的ftp站點。

注:帶*号的域不是JabRef直接支援的域。

JuraBib

         urldate:最後一次通路網頁的日期。

JabRef的檔案連結

JabRef能将文獻題錄與存儲在你系統上的任意類型檔案建立連結,也能用URL或DOI辨別的形式和網絡上的文檔建立連結。每條題錄能有任意數目的檔案連結,而且每個連結的檔案都能快速地從JabRef打開。

在BibTex的術語中,一條題錄的檔案連結是在單一的域内編碼的。但是,在JabRef内這些連結和其他BibTex域一樣,展現在你面前的是一個可以編輯的連結清單。

設定外部檔案類型

檔案連結必需先選擇檔案類型,這樣JabRef才可以決定使用什麼檔案圖示,打開檔案的時候才知道應使用什麼程式。檔案類型的清單可以通過下列方法檢視和編輯:

選擇“選項 ->管理外部檔案類型”,或者在“偏好設定“視窗中點選“管理外部檔案類型”按鈕。

檔案類型的指定内容包括:名稱、圖示、檔案擴充名和檢視檔案的應用程式。在Windows系統中,為了能夠使用Windows的預設檢視程式,應用程式名可以忽略。

為題錄添加外部檔案連結

如果file(檔案)域已經包含在通用域中,你可以在題錄編輯器中直接編輯一條題錄的外部檔案清單。編輯器提供了插入、編輯和移除連結的按鈕,也有為連結清單重新排序的按鈕。

如果你的檔案在你的檔案目錄(在“偏好設定 ->外部程式 -> 外部檔案連結 -> 主檔案目錄”中設定)或其子目錄内,檔案的擴充名符合已定義的一種檔案類型,而且檔案名包含有BibTex題錄的BibTeX key,那麼,這個檔案可以通過點選題錄編輯器中的Auto按鈕自動産生連結。至于檔案名和BibTeX key自動建立連結的規則,可以在“偏好設定->外部程式->使用正規表達式搜尋”中設定。

如果你需要下載下傳一個檔案,并從一個題錄中連結它,你可以點選題錄編輯器中的下載下傳按鈕。這将會出現一個對話框,提示你輸入URL。檔案會下載下傳到你的主檔案目錄,并根據題錄的BibTeX key命名,最後把它和題錄相連結。

打開外部檔案

可以有多種途徑從JabRef打開一個外部檔案或網頁。在題錄清單視窗,你可以選擇題錄然後通過菜單選擇、鍵盤快捷鍵或滑鼠的右鍵菜單打開該題錄的外部連結。如果題錄清單視窗中設定了顯示檔案欄(通過“偏好設定” -> 題錄清單 -> 特殊表欄 -> 顯示檔案欄”中設定),你可以單擊檔案圖示打開題錄的第一個檔案連結。要看到該題錄已連結的所有檔案,在檔案圖示上點滑鼠右鍵(Max OS X上用Ctrl-click),将出現一個顯示所有連結的菜單。

JabRef中的PDF/PS/URL/DOI 連結

注:JabRef 2.3 及以後的版本提供了增強的外部檔案連結功能。

JabRef能将文獻題錄與存儲在你系統上的PDF或PS檔案建立連結,也能用URL或DOI辨別的形式和網絡上的文檔建立連結。

外部閱讀器設定

程式必需預先知道用于打開PDF、PS和web頁面的外部浏覽器。這些設定很可能已經根據你的作業系統進行了預設設定,是以你可能不需要改變這些設定。

要改變外部浏覽器設定,進入“選項->偏好設定->外部程式”。

打開外部檔案或連結

可以有多種途徑從JabRef打開一個外部檔案或網頁。在題錄編輯器中,你可以輕按兩下包含了檔案名、DOI或URL的文本域。在題錄清單視窗,你可以選擇題錄然後通過菜單選擇、鍵盤快捷鍵或滑鼠的右鍵菜單打開該題錄的檔案或網頁。最後,你可以單擊PDF、PD、URL和DOI圖示。

預設情況下,題錄清單視窗包含了兩個有圖示的欄,用于顯示題錄的外部檔案連結和URL。你可以在“偏好設定 -> 表格”中取消任何一項。題錄清單的第二欄顯示PDF或PS檔案圖示(如果兩種檔案都有則僅顯示PDF),第三欄顯示URL或DOI(如果兩者都有,則隻顯示URL)。你可以單擊圖示打開檔案或網址。

注:如果題錄編輯器中不出現PS域,你需要為通用域自定義題錄類型。

PDF/PS主目錄

JabRef很容易将PDF/PS檔案連結到你的文獻題錄。為了使用吃功能,你需要在“選項->偏好設定->外部程式”中為程式設定你的PDF/PS住目錄。JabRef用相對路徑方式來引用存儲在該目錄及其子目錄的所有PDF/PS檔案。這可以友善你移動PDF/PS目錄,也友善來自網絡上不同地方的使用者使用相同的資料庫。

此外,如果你用相應文獻題錄的bibtex key(加上\'.pdf\' 或 \'.ps\')命名你的PDF/PS檔案,JabRef能搜尋你的主目錄及其子目錄以擷取正确的PDF/PS檔案。隻要被正确命名的PDF或PS檔案在那裡,你就可以使用這種功能,方法是:點選題錄編輯器中PDF/PS域旁邊的“Auto”(自動)按鈕。如果找到了PDF或PS檔案,此域立刻被設定。 

如果你按照上面提到的方法命名了檔案,你也可以根本不用設定題錄的PDF或PS域而直接打開檔案。這樣做的缺陷是:PDF或PS圖示不會出現在題錄清單視窗内,除非你(手動地或使用\'Auto\'按鈕)設定了PDF或PS域。

資料庫專用PDF/PS目錄

你可以為資料庫設定專門的PDF/PS目錄(檔案->資料庫屬性)。這些目錄将取代PDF/PS主目錄。

使用正規表達式搜尋自動關聯檔案

在前面的章節中已經介紹了JabRef的檔案自動連結特性:如果你為檔案選擇了和“bibtex-key + 擴充名”相對應的檔案名,JabRef就能自動的找到它。

JabRef2.2以後的版本使用了正規表達式搜尋,這使檔案的命名方案方面有了更大的彈性。多數情況下可以不必考慮去适應既有的預設規則。

打開外部程式偏好設定(選項->偏好設定->外部程式),你會發現一個叫“使用正規表達式搜尋”的選項。如果你想用自己的正規表達式來搜尋PDF目錄選上這個選項。

JabRef可以識别下列正規表達式文法:

          * :搜尋所有一級子目錄,不包括目前目錄和更深的子目錄。

          **:遞歸搜尋所有的子目錄和目前目錄 。 

          . 和 .. :目前目錄和父目錄。 

          [title] :方括号内的所有表達式将被替換成目前題錄的相應域内容。

          [extension]:替換成目前域的擴充檔案名。

          其他所有的文本均被解釋為正規表達式。但注意:為了不和路徑分隔符号混淆,請避免使用兩個連續的反斜杠。

預設的搜尋方案是: **/.*[bibtexkey].*\\.[extension]。你肯定明白,這将搜尋和擴充名相關聯的所有子目錄(比如PDF目錄)中任何具有正确擴充名且檔案中某個地方包含了bibtex key的任何檔案。

題錄時間戳

本功能可以在“選項->偏好設定->通用設定”中關閉或配置。

JabRef能自動的産生一個包含題錄加入資料庫的日期的域。

格式

時間戳的格式可以用一個包含了預設單詞的字元串确定,該字元串指定日期中的不同部分所處的位置。

下面是一些可用的預設單詞(圓括号中給出的例子是:2005年9月14日星期三下午5:45):

        yy: 年 (05) 

        yyyy: 年 (2005)

        MM: 月 (09)

         dd: 日 (14) 

        HH: 小時 (17) 

        mm: 分 (45)

這些預設的單詞可以和标點符号和空格聯合使用。

例:

yyyy.MM.dd 得到 2005.09.14 

yy.MM.dd 得到 05.09.14

yyyy.MM.dd HH:mm 得到 2005.09.14 17:45 

所有者(owner)域

JabRef能夠在新的文獻題錄或導入資料庫的題錄中标上你的名字,此功能是可選的。你可以進入“偏好設定->一般設定”(Preferences -> General)關閉或允許此功能,也可以更改标記題錄時使用的名字。預設的名字是你的使用者名。

此名字可以在“所有者”域内添加,該域在題錄編輯器的通用域标簽頁内預設可見。

域内容選擇器

本功能允許你存儲一些資料庫中常用的詞或短語。預設情況下此功能對期刊、作者、關鍵詞和出版社等域内容(Journal, Author, Keywords and Publisher)有效,但你也可以把其他域加入到選擇器中:在管理對話視窗的上部(菜單 Tools --> Manage content selectors)。

單詞選擇功能是針對特定資料庫的,并且随參考文獻一起儲存在.bib檔案中。

要加入一個新詞,把它輸入到選擇器的小box中并按ENTER鍵。你使用“管理”對話視窗删除已經加入的詞。

期刊縮寫

此功能可以在“選項->管理期刊縮寫”(Options -> Manage journal abbreviations)中配置。

隻要期刊名包含在你的期刊清單中,JabRef就能自動的在縮寫和未縮寫格式的期刊名之間互相切換。你可以使用多個期刊清單,所有的清單都應是你硬碟上的文本檔案。

使用本功能

從題錄編輯器或者從“工具”菜單都可以使用期刊名轉換功能。在題錄編輯器内,你可以在期刊域旁邊找到一個标簽為“切換縮寫”(Toggle abbreviation)的按鈕。點選這個按鈕可以依次将現有的期刊名轉換為以下三種顯示模式:

                全名,如 "Aquacultural Engineering" 

                ISO縮寫:如 "Aquacult. Eng." 

                MEDLINE縮寫,如 "Aquacult Eng"

如果目前的期刊名稱不在你的期刊名清單中,這個域的内容不會改變。

你可以對大量的題錄實作期刊名批量轉換:選擇任意數量的題錄,然後選擇“工具->縮寫期刊名(ISO)”、“工具->縮寫期刊名(MEDLINE)”或“工具->取消縮寫期刊名”。如果你的期刊名清單中有這些期刊名稱,這三種操作會把標明題錄的期刊名縮寫或取消縮寫。

設定你的期刊清單

你可以使用多個期刊名清單,所有的外部文本檔案都需與JabRef關聯。主要的刊名清單可以在JabRef内編輯。

個性化刊名縮寫清單

你的個性化刊名清單可以在“管理期刊縮寫”(Manage journal abbreviations)視窗的上部進行管理。選擇“建立”并手動輸入檔案名或者使用浏覽按鈕開始建立你自己的刊名清單。如果你想使用已有的檔案,選擇“已有檔案”并通過“浏覽”按鈕選擇檔案。表格會顯示所選清單的内容更新。

可以使用表格及右邊的工具按鈕添加、删除和編輯期刊條目。你需要為每個條目提供期刊全名和ISO縮寫(如

 "Aquacultural Engineering" 和 "Aquacult. Eng.")。要編輯期刊條目,輕按兩下其所在的表格行。

如果你選擇了檔案,而且表格中至少有一條期刊條目,單擊OK就可以把表格的内容存到檔案中,JabRef的期刊清單也會更新。

外部期刊清單

除了個性化的刊名清單,你還可以連結一些外部的(刊名)清單。在“管理期刊縮寫”視窗的底部設定這些連結。外部的清單和個性化清單相似,唯一的差别是JabRef沒有為外部清單提供編輯界面。

如果需要再添加一個新的外部清單,點選“+”号可以在操作界面上添加一個槽。然後使用槽邊的“浏覽”或“下載下傳”按鈕。

                “浏覽”按鈕可以選擇計算機上已經存在的檔案。

                “下載下傳”按鈕允許你輸入URL通過網絡下載下傳刊名清單并儲存到你的計算機中,同時将它與JabRef建立連結。預設提供刊名清單的網址是JabRef的網頁。這個清單還不完整,将來還會改善。

如果你的個性化刊名清單和外部清單中的某些條目有相同的期刊全名,那麼,(對于這些期刊條目來說)起作用的是你的個性化刊名清單。類似地,外部清單的優先級是按照他們排列順序确定。

5、查找和整理題錄

文獻題錄分組管理(Groups)

(文獻題錄)組,可以對BibTex資料庫以樹狀形式進行結構化,這種方式有些像磁盤上的目錄和子目錄(檔案夾和子檔案夾)。但這兩者的主要差別是:

一個檔案隻能位于一個目錄内,而一條文獻題錄可以被一個以上的“組”包含。

可以用特定的規則動态的定義“組”的内容。新的題錄如果符合這些規則,他們将自動的被納入到這些組當中。這個特性在普通的檔案系統裡面是沒有的,但一些Email用戶端可以提供(如Thunderbird and Opera)

選擇一個組就可以顯示包含在組内的文獻題錄。根據目前設定的不同,選擇多個組可以顯示這些組包含文獻的合集或交集。下面的内容将詳細介紹這些。

組的定義是針對特定資料庫的;它們儲存在.bib檔案的@COMMENT塊中供所有的使用者共享。(将來的JabRef版本有可能支援依賴于使用者的分組。)

界面

分組界面位于螢幕左邊的側面闆。按CTRL-SHIFT-G或者工具欄上的分組按鈕可以打開或關閉該面闆。界面上有幾個按鈕,但是多數功能都可以通過上下文菜單(即“右鍵菜單”)實作。支援滑鼠拖拽操作。

速成例子。你可能需要... ...

1. 簡單的建立一個新組并給它指定幾條題錄

首先確定分組界面可見。按下“新分組”按鈕,鍵入名字,其他的都使用預設設定,然後按OK。現在選擇需要配置設定到該分組的文獻題錄,用滑鼠拖拽到該分組上(即左邊分組面闆上的組名字),或者使用右鍵菜單中的“添加”選項。最後,選擇分組(即用滑鼠點組名字)檢視組内容(顯示的應該你剛才配置設定的文獻題錄)。

2. 使用關鍵詞對題錄進行分組

確定分組界面可見。按下“新分組”按鈕,鍵入名字,選擇“在域内搜尋關鍵詞進行動态分組”選項(Dynamically group entries by searching a field for a keyword)。鍵入要搜尋的關鍵詞并點選OK。最後,點選組名檢視它的内容,它應該是含有你指定關鍵詞的所有題錄。

3.使用自由格式的搜尋表達式定義一個組

確定分組界面可見。按下“新分組”按鈕,鍵入名字,選擇“通過自由格式搜尋表達式進行動态分組”選項(Dynamically group entries by a free-form search expression)。鍵入author=smith作為一個搜尋表達式(把作者名換成你真正要找的名字)并點選OK.最後,點選組名檢視它的内容,它應該是作者域内含有你指定名字的題錄。

4. 合并多個組

建立兩個不同的組(如上所述)。點選“設定”按鈕,把“并集”(Union)選上。現在把兩個組都選上。你應該能看到兩個組中包含的所有題錄。點選“設定”按鈕,選擇“交集”(Intersection)。現在你應該隻能看到那些在兩個組中都包含有的題錄(也可能什麼都沒有,或者跟前面并集的結果完全一樣--如果兩個組包含同樣的題錄)。

5. 鑒别重疊的組

JabRef能讓你輕易的就能分辨出哪些組和目前選擇的組有重疊(即:至少有一條題錄包含在目前選擇的組中)。點選“設定”按鈕,激活“高亮顯示重疊組”(highlight overlapping groups)。選擇一個組,如果這個組和其他的組有重疊,這些重疊的組會被高亮顯示(預設顯示為紅色)。

組的類型

在JabRef中有四種不同類型的組:

1. “所有題錄”組。就像它的名字表示的一樣,包含了所有的題錄。它總是存在并且不能編輯和删除。

2. 靜态組:靜态組表現和磁盤上的目錄類似,僅僅包含你明确為它們指定的題錄。

3. 基于關鍵詞搜尋的動态組: 包含的題錄是在特定BibTeX域(如:關鍵詞)含有特定詞(如:electrical)的那些題錄。這種方法無需手動指定題錄,但需要使用資料庫中已經存在的資訊。如果你的資料庫中關鍵詞域中含有合适的關鍵詞,使用這種分組方法會是最佳選擇。

4. 基于自由格式搜尋表達式的動态組:包含有符合特定搜尋表達式的題錄。它使用的文法跟側面的搜尋面闆一樣。這種文法支援邏輯操作符(AND, OR, NOT),允許指定一個或多個BibTex域進行搜尋,便于使用比關鍵詞搜尋彈性更大的分組定義(如:author=smith and title=electrical)。

你建立的每個組都屬于後三種類型之一。在一個組(名)上輕按兩下可以打開組編輯對話框,上面顯示了目前選擇/編輯組的簡短定義。

組的結構,建立和移除組

和目錄類似,組是以樹狀結構來組織的,“所有題錄”組是它的根。在組上點選右鍵可以在樹結構上增加一個新組,這個組可以和所選的組位于同一層,也可以是所選組的子組。無論目前所選的是什麼組,用“建立組”按鈕都可以在“所有題錄”組下建立子組。而上下文菜單(右鍵菜單)可以移除組和/或子組,對子組按字母順序排序,或者把它移動到樹的其他地方。後者還可以通過滑鼠拖拽功能實作,但是不能用拖拽改變子組的順序。

所有的編輯都支援“取消”和“重做”。

靜态組

靜态組中的文獻題錄隻能手工指定。建立了一個靜态組以後,選擇需要為它指定的文獻題錄,使用拖拽或者題錄顯示表格中的右鍵菜單進行題錄指定。不需要設定任何選項。

這種方法要求所有的題錄都有唯一的Bibtex key。如果缺少或者有重複的BibTex key,指定的題錄可能在将來的操作中不能正确恢複。

動态組

動态組内容的定義依據是一個邏輯條件。符合這個條件的題錄才會納入到組中。這種方法使用存儲在資料庫本身中的資訊,而且隻要資料庫發生改變它就會動态的更新。

這裡你可以使用兩種類型的條件:

1. 查找域中的關鍵詞

這種方法将某一指定的BibTex域含有指定搜尋術語(如electrical)的題錄全部納入組内。顯然,為了讓它工作,每個題錄必需有用于分組的域,而且它的内容必需準确。上面的例子會把含有electrical相關資訊的所有題錄都歸到一個組内。使用作者域可以指定特定的作者來建立新的組。其他以此類推。搜尋可以使用純文字或者正規表達式模式進行。如果使用前者,你可以增加或删除分組域内的内容,實作增加/删除題錄。但這種操作僅對關鍵詞域或者自定義域起作用,顯然你不能改變一些域内容,如作者或年份。

2. 使用自由格式的搜尋表達式

跟上面的方法有些類似,但不僅僅局限于在單一的域内搜尋一個關鍵詞,你可以使用搜尋代碼,支援邏輯操作符 (AND, OR, NOT),并允許進行多BibTex搜尋。 例如, 搜尋表達式“ keywords=regression and not keywords=linear”把和“ non-linear regression”相關的題錄聚成一個組。

在組檢視面闆内,動态組預設顯示為斜體。可以在偏好設定中關閉預設設定(Options -> Preferences -> Groups, box "Show dynamic groups in italics")。

分級關聯

預設情況下,一個組的存在跟它在分組樹上的位置無關:選中的時候隻有被選中組的内容會顯示。然而,尤其是使用動态分組的時候,通常通過精簡一個超級組來定義子組,即,當選中的時候,在兩個組中都存在的題錄被顯示出來。例如,使用關鍵詞distribution建立一個超級組,再用關鍵詞gauss建立一個子組對超級組進行精簡。現在選擇子組就會顯示同時符合兩個條件的題錄,即,和Gaussian distributions分布相關的題錄。

在超級組下用laplace關鍵詞再增加另外一個子組,組定義很容易就擴充了。在分組樹上,精簡組使用特殊的圖示(可以在偏好設定中關閉)。

檢視組内題錄,合并多個分組

點選加亮一個組會顯示組内的文獻題錄,而且會依據設定(點選“設定”按鈕可以進行設定)的不同将這些題錄移到清單的最上端或/并選擇它們。這些選項和普通搜尋的選項相同。

如果選擇了多個分組,會根據目前設定顯示這些組内容的并集(union)或交集(intersection)。這使你很快速的合并多個條件,例如,你有一個包含了所有重要題錄的重要靜态分組,在任何其他組内同時選中這個分組,你就可以在任何組内看到這些重要題錄(需要你在設定中選擇交集)。

分組和搜尋

檢視組内容的同時可以對該組的題錄進行正常的查詢操作。

加亮重疊組

“設定”按鈕提供了加亮重疊組的選項。如果啟用了該功能,當選擇了一個或多個分組時,所有與目前組有至少一條共同題錄的分組都會被加亮。此功能可以快速的了解不同組之間的内容的重疊性。例如,你可以建立一個“待讀”分組放置你所有需要閱讀的文獻。現在,如果你選擇的分組裡面包含有待讀文獻,“待讀”分組就會高亮顯示。

進階功能

掌握了以上的(文獻題錄)分組概念後,下面的進階功能就很容易使用了。

自動生成動态組

點選“自動生成分組”按鈕可以快速的生成适合你文獻資料庫的一套分組。本功能收集指定域中的所有單詞并為每個詞建立一個分組。如果你的資料庫給每條文獻都提供了合适的關鍵詞,這功能才會有用。如果你是根據“關鍵詞”域來自動産生分組,你不會浪費任何資源就得到一系列基本的分組。

你還可以指定哪些符号需要忽略,比如分隔關鍵詞用的逗号。程式會把這些符号當成詞間的分隔符,而不是詞的一部分。這一步對于合并關鍵詞很重要,如拉普拉斯分布(laplace distribution)就會被識别成一個語意機關。(不要指望使用此功能完全的去掉某些詞。如果某些分組是你不需要的,在自動生成以後再删除它們。

(使用者注:如果你的資料庫中有很多文獻,建議不要用這方法試圖使用諸如摘要、關鍵詞進行自動分組。除非你用的是超級計算機,呵呵。)

更新組視圖

“更新”按鈕可以更新題錄顯示表以正确反映目前所選組的内容。通常這會自動完成,但極少情況下(例如進行了與組相關的“取消”/“重做”操作後)會需要手動的更新。 

與latex聯立生成參考文獻

在main.tex頭中寫入

\usepackage{bibentry}

.....   % 文章内容

引用文獻\cite{2012_Chatlani_p1158_1166}

...

下面兩行生成參考目錄

\bibliographystyle{ieeetr}                                                    %控制文獻顯示格式的

\bibliography{D:/selsyn_115/JabRef/pdf/NSP_paper}         %保證 LaTeX 可以找到該 bib 檔案

這樣,LaTeX 保證了所有用 \cite 引用到的文獻都已被列出,并且自動編号。

關于參考文獻的顯示格式、排序,及其他

   前面提到參考文獻的排序問題,以及引用序号是 LaTeX 提供的 ID 還是數字的問題。

其實不止這些,參考文獻的顯示格式也是可以定制的。參考文獻以正文中引用順序排序,

還是以文獻第一作者的 last name 排序,是通過一些 bst 檔案來控制的。而使用哪種 b

st 格式,可通過 bibliographystyle 指令控制。LaTeX 預設提供了這麼幾種格式,如:

plain、alpha、unsrt等。具體意義見相關文檔,這些 bst 在 texmf\bibtex\bst\base 可

被找到。

   bst 控制的格式非常細緻,除了上面講過的排序方式等,還有:作者名字是否用縮寫,

作者名字放在文獻的起始還是結束,文章 title 要不要大小寫(即 "Speaker Verificat

ion Using ..." 還是 "Speaker verification using "),title 用什麼區分(用不用引

号括起來,用不用斜體等),刊物名字的格式(要不要全部大寫,要不要粗體,要不要斜

體,要不要括起來),等等等等。打開 bst 檔案看一下就知道,絕對是想要什麼形式,就

可以得到什麼形式。最關鍵的是,在文章定稿之後,完全可以用幾個指令重新定義參考文

獻的格式!

   給個例子:采用 IEEE 給出的 bst 格式(即 ieeetr.bst),聲明:

\bibliographystyle{ieeetr}

   就可以使用了。最終格式是這樣的(按正文引用順序排序):

   [4] D. A. Reynolds, "Comparison of background normalization 

       methods for text-independent speaker verication," in 

       EUROSPEECH, 1997.

JabRef中文顯示小方塊的解決:

在選項--首選項--基本設定--預設編碼裡選擇UTF-8

 在選項--首選項--外觀,點選設定表格字型,在字型一欄裡設定為SimSun,儲存,重新開機即可。