全基因組關聯分析 GWAS (Genome-wide association study)
應用基因組中數以百萬計的單核苷酸多态；SNP為分子遺傳标記，進行全基因組水準上的對照分析或相關性分析，通過比較發現影響複雜性狀的基因變異的一種新政策
1、關聯分析模型
一般線性模型(GeneralLinear Model)：y = Xα + Zβ + e
混合線性模型(Mixed Linear Model)：y = Xα+ Zβ + Wμ+ e
y:所要研究的表型性狀；
Xα：固定效應（FixedEffect），影響y的其他因素，包括群體結構、性别、年齡等因素；
Zβ：标記效應（MarkerEffect）；
Wμ：随機效應（RandomEffect），這裡一般指個體的親緣關系。
2、關聯分析統計方法
Bayes：Bayes A、Bayes B、Bayes C、Bayes Cpi
統計軟體：GenSel、GenABEL，均為R程式包。
CMLM (Compressed Linear Mixed Model)
統計軟體：GAPIT、TASSEL
EMMAX (Efficient Mixed Model Association)
統計軟體：emmax
GBLUP（Genomic Best Linear Unbiased Prediction）：專門用于Genomic prediction
統計軟體：ASReml
3.數量性狀
指個體間表現的差異隻能用數量來差別，變異呈連續性的性狀。它具有兩個主要特征：變異呈連續性，變異易受環境條件影響。其主要特征有：①個體間差異很難描述，需要度量；②在一個群體中，變異呈連續性；③數量性狀常受多基因控制；④數量性狀對環境影響敏感
4.品質性狀(discrete characters )
指屬性性狀，即能觀察而不能量測的性狀，是指同一種性狀的不同表現型之間不存在連續性的數量變化，而呈現質的中斷性變化的那些性狀。按所屬學科不同有三項不同定義。在單基因遺傳病中，基因型和表現型之間的對應關系較為明顯，是以這一性狀的變異在群體中的分布往往是不連續的，可以明顯地分為2~3群，是以單基因遺傳的性狀也稱品質性狀。
5.Hardy-Weinberg equilibrium (HWE)
在理想狀态下，各等位基因的基因頻率以及基因型頻率在遺傳中是穩定不變的，即保持着基因平衡。
HWE有助于确定有明顯基因分型錯誤的SNPs，是以要求位點SNP的等位基因頻率符合哈代-溫伯格平衡。
6.QQ plot的圖形解讀
