大家好，我是小馬老師。
最近幾天，在咨詢中遇到幾例控溫失敗的案例，覺得這類案例具有一定的代表性，和大家分享一下。
在一些lammps模拟中，會設定固定層、恒溫層，在控溫時，不同的區域設定不同的控溫政策。
如固定層速度和受力會設為0（溫度肯定也為0），恒溫層會設定一個恒溫器進行控溫。
但是在實際運作過程中，會發現log檔案輸出的溫度要低于設定溫度，或者恒溫層溫度高于設定溫度。
出現這種現象的主要原因是忽略了一個細節，在分區域控溫時，輸出或者設定溫度必須指定特定原子組，否則預設的是全部原子溫度。
下面以一個案例解釋這個細節，Cu分為上下兩側，上層為恒溫區，控溫目标300k，下層為固定邊界層，不控溫，設定受力和速度為0。
模型如下圖所示：
控溫代碼如下：
#上層原子溫度初始化為300k
velocity top create 300 8989
#固定下層原子
velocity botom set 0 0 0
fix 01 botom setforce 0 0 0
#計算上下層溫度
compute topTemp top temp
compute botTemp botom temp
#輸出上下層和全局溫度
thermo 100
thermo_style custom step c_topTemp c_botTemp temp
#儲存結構檔案
dump 1 all atom 100 cu.xyz
fix 2 all nvt temp 300 300 0.01
run 1000 這是一段比較常用的代碼，運作後，螢幕輸出結果為：
左側第一列為top層溫度最終溫度為602k，中間列為下部邊界層，溫度為0k，最右側為全局溫度，最終300k。
我們的本意是控制上層的溫度為300k，結果最終導緻上層的溫度為600k，造成控溫失敗。
主要原因是fix nvt指令中的temp預設為全部原子的平均溫度，因邊界層原子溫度為0k，隻能提高top層原子溫度才能保證全局溫度為300k。
解決的辦法也比較簡單，在fix nvt後面加一句fix_modify指令，把fix nvt指令中的temp控溫對象設為top組原子：
dump 1 all atom 100 cu.xyz
fix 2 all nvt temp 300 300 0.01
fix_modify 2 temp topTemp
run 1000 再次運作，得到結果如下：
這時候，top層溫度接近300K，全局溫度隻有150K，這時候就達到top準确控溫的目的了。
lammps模拟過程中出現問題時，一定要仔細分析原因，從基本原理入手是最有效的方法。
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