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娛樂版HLA分型網頁更新了

之前做了一個簡單的網頁,使用23andme格式+snp2hla軟體獲得hla分型資料,當然準确性不咋的,也就玩玩,上線後為大約100+人提供了服務,這是伯值得驕傲的事,因為第一次能為大家提供服務。代碼我是放在了gitHub的,資料是腳本處理完後自動删除。看網頁是不是有點眼熟,這是谷歌中國網頁架構,直接搬來的。

娛樂版HLA分型網頁更新了

2020.6.20更新了合并後的參考資料集,據論文說準确度有一定程度提高,歡迎測試交流!放在了另一個南京的騰訊雲伺服器,位址:https://dna.zd200572.com/hla/

2020.2.12修複完成!再次提醒,娛樂水準,請勿用于其他用途,不做任何保證和承擔任何責任。如果你的HLA分型比較罕見,那麼準确率将低到離譜,也就是說如果你的祖源比較特别的話,不推薦使用。

2020.2.11發現運作腳本故障,緊急修複中。由于本人幾乎沒有前端和背景水準,是以應用相當簡陋,請諒解。請把資料命名為郵箱位址.txt,如[email protected] 請選擇并上傳你的晶片資料檔案(及擴充資料,可選)即可完成HLA分型。使用的建站gcloud進行的,配置隻有單核1.6G,HLA分型器會耗時30min左右,請耐心等待,結束後以結果以郵件形式發送到你的郵箱.

其他公司格式轉換工具,這裡推薦一個:http://joshua.galaxy.42dna.com/wgto23/

怎麼樣,有沒有興趣做一下基因檢測,看下自己的HLA分型呢?閱讀原文是新版本位址,舊版正常服務,可以對比下哪個結果好。

這是之前網頁的資訊:

  • 是采用大神開發的snp2hla進行分型的,具體過程可參考我的部落格:https://jiawen.zd200572.com/431.html

    snp2hla是大名鼎鼎的Broad研究所開發的,通過snp分型資料來獲得HLA分型資訊的軟體。它的準确度主要依賴于一個盡可能大的,針對特定民族人群的參考資料集。這個網頁采用的是2014年發表的東亞人群的參考資料集,部分準确度約為80%。由于不同晶片的資料中HLA區域位點的數目不同,可能獲得的結果有n多候選,請悉知。下圖是參考資料集的人數與各個基因座準确度的關系,可以看出,在400人左右的參考資料集時(這個網頁采用的),準确度因基因座不同而不同。

  • 做這個純屬個人愛好,原始資料和結果将在得出結果後删除。也可以按軟體說明自己搞,也挺簡單的。
  • 又做了個R版本的,方法和準确度有差別,可以參考下,現在隻能使用23andme資料,其他公司格式建議使用轉換工具轉成23andme格式後使用https://shiny.zd200572.com/HLA-HIBAG