Linux R 中安裝生物資訊相關軟體包

相關工具準備

• conda

R 基礎環境配置

安裝 R

conda create -n bio -c conda-forge r-base
           

這裡可以選擇你需要的 R 版本

安裝 R 基礎工具類軟體包

R
> install.packages("BiocManager")
> install.packages("devtools")
           

安裝一些常用的軟體包

使用 BiocManager 安裝

BiocManager::install("BioBase")
BiocManager::install("AnnotationDbi",force = TRUE)
BiocManager::install("plier")
BiocManager::install("SummarizedExperiment")
BiocManager::install("DirichletMultinomial")
BiocManager::install("TailRank")
BiocManager::install("impute")
BiocManager::install("preprocessCore")
BiocManager::install("GO.db")
           

使用 devtools 從 github 上安裝

devtools::install_github("davidaknowles/leafcutter/leafcutter")
devtools::install_github("jinhyunju/picaplot")
           

手動安裝

git clone https://github.com/PMBio/peer.git r-peer
cd r-peer
mkdir build
cmake ../ -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=../installed -DBUILD_R_PACKAGE=1 -DBUILD_PYTHON_PACKAGE=0
make 
make install