生物圖像處理軟體_細胞分割

1 前言

細胞分割（cell segmentation）是生物圖像分析中很重要的一步。通常，用于胞體分割的圖像是2D或者3D的。細胞分割是細胞追蹤的第一步，分割結果的好壞直接決定了細胞追蹤的準确度。

2 目的

左圖就是一副細胞的二維圖檔。

（1）統計細胞的縱膈

（2）統計每個細胞的面積

（3）統計每個細胞的熒光亮度

3 軟體

名稱	首頁	适用圖像類型	系統要求
Modular Interactive Nuclear Segmentation (MINS)	https://github.com/therealkatlab/MINS	2D，3D	Matlab, 64-bit Windows OS
interactive learning and segmentation toolkit (ilastik)	https://www.ilastik.org/index.html	2D，3D	Windows, Linux, Mac, 64-bit

4 算法 （TODO）

在實作細胞分割上，MINS和ilastik的原理完全不同。