枯草芽孢杆菌是農業部公布的12種可直接飼喂動物的飼料級微生物添加劑之一。很多養殖動物消化酶系統發育不健全，出生後蛋白酶系統尚未建立完全，胃蛋白酶産生較晚，對固體物質和非乳物質的消化能力弱；免疫系統功能不完善，胃及細菌的抵抗力很弱，抗疾病的能力較差，外界環境不良時，易被大腸杆菌、沙門細菌等疾病病原菌侵襲，進而引起養殖動物胃腸疾病，嚴重時甚至造成死亡。作為可直接飼用微生物，納豆芽孢杆菌能在腸道内生長，分泌各種酶和維生素，促進小腸黏膜細胞的增殖，促進胃腸道各種消化酶的活性，并具有抑制腸道内有害菌的作用。養殖動物直接飼喂枯草芽孢杆菌對增加機體免疫和促進胃腸道發育具有良好的效果。
枯草芽孢杆菌在制劑中以内生孢子形式存在。孢子進入動物腸道後, 在腸道上部能迅速複活并産生具有拮抗腸道緻病菌的多種物質, 分泌活性很強的蛋白酶、脂肪酶、澱粉酶等, 有助于降解植物性飼料中某些複雜的碳水化合物;同時, 消耗腸道内的氧氣造成厭氧環境, 腸道原籍優勢菌大多屬于厭氧菌, 而有害菌和外來菌多為需氧菌, 進而有利于維持腸道生态平衡。
枯草芽孢杆菌菌體生長過程中産生的枯草菌素、多粘菌素、制黴菌素、短杆菌肽等活性物質對緻病菌或内源性感染的條件緻病菌有明顯的抑制作用;氨、胺、吲哚、硫化氫等物質在腸道粘膜對細胞有明顯的毒害作用, 抑制了有害微生物, 進而減少有害物質産生, 有利于動物的健康和生長。芽孢是處于休眠狀态的活細胞, 能耐受飼料加工過程中的高溫高壓及酸堿環境, 穩定易存儲。枯草芽孢杆菌在飼料制劑中以芽孢形式存在, 能以活菌狀态進入動物腸道成活并繁殖, 适用于飼料加工。枯草芽孢杆菌在90℃高溫, 模仿胃液pH, 豬膽鹽實驗和抗生素藥敏實驗中均表現出較高的存活率;枯草芽孢杆菌制劑的制備實驗表明經幹燥、粉碎處理後芽孢率大于98%。
飼料經過發酵之後，進行着一系列的生物化學反應，飼料中的纖維素、澱粉、蛋白質等複雜的大分子有機物在一定程度上降解為動物容易消化吸收的單糖、雙糖、低聚糖和氨基酸等小分子物質，進而提高飼料的消化吸收率，起到了飼料機械起不到的深度生産加工作用，同時在飼料發酵的過程中還會産生并積累大量的營養豐富的微生物菌種細胞及有用的代謝産物，如:氨基酸、有機酸、維生素、活化的微量元素、特殊糖類物質，并使飼料變軟變香，營養增加，進而改變飼料的實體化學性質，提高其适口性、消化率、吸收率和營養價值。
發酵辣椒粕對多種細菌和黴菌有殺死和抑制作用，可促進畜禽氣血循環，預防常見疾病，增加腸内正常菌群，減少腸炎發病率。提高食欲、消炎殺菌、淨化腸道，提高免疫力，提高抗應激和抗病能力，富含多種維生素，礦物質，綠色天然，無任何毒副作用。
辣椒粕、辣椒粉等飼料原料經枯草芽杆菌、糞腸球菌、地衣芽孢杆菌、釀酒酵母等微生物發酵後，能産生大量的消化酶、氨基酸、維生素、礦物元素等産物有利于動物肌體吸收利用，提高飼料的使用率，增強動物的免疫力，利于動物健康。促進腸道正常菌群建立，對已經失衡的腸道菌群具有修複作用；通過改善腸道微生态平衡，對腸道菌群起着扶優去劣、扶正壓邪的作用。