我們經常說：台灣自古以來就是中國的領土。但是，這個“自古以來”到底是從什麼時候開始算呢？總不能說從盤古開天辟地開始算吧。台灣納入到中國的版圖，是一個漫長而曲折的過程，這個過程是我們不能夠忽視的。而明清之際，則是台灣納入中國版圖的關鍵時期。本文力圖詳細介紹該時期台灣曆史的變遷，以及台灣納入中央王朝管理的過程。
台灣島，距離大陸100多公裡，對于農耕文明來說，這已經一個比較遠的海上距離了。在新航路開辟之前，台灣島的戰略地位還沒有澎湖列島重要，畢竟澎湖列島處于東海到南海的航路上。是以，台灣島的開發是一個非常緩慢的過程。
古代大陸對台灣的了解也是非常模糊，甚至将台灣和琉球群島混淆。最早居住在台灣島的居民是百越人，也就是後來的山胞人。東吳時期，派出了艦隊登陸了台灣島，不過很快就撤回了。隋朝時期派遣了軍隊到台灣島進行搶掠一番，就撤走了。元朝時期，兩次派遣軍隊到台灣島進行招降，但均被拒絕，隻能退而求其次，在澎湖列島設定巡檢司。
在這一段漫長的時間内，有大陸的居民斷斷續續地移民台灣島，不過有規模的移民活動是發生在明朝。明朝，将台灣島稱為“小流求”，将琉球群島稱為“大流求”，并将之列為“不征之國”。明朝推行海禁政策，許多走私商人铤而走險，淪為了海盜。他們以東南沿海的島嶼作為據點，對抗明朝的“海禁”政策，其中台灣島就是海盜的最大的聚集地。
這些海盜組織大陸居民遷徙台灣，逐漸改變了台灣的居民結構。根據《台灣府志》記載，最早在台灣經營的是海盜是萬曆年間的顔思齊，他是漳州海澄縣人，主要經營中日之間的走私貿易。實際上，比顔思齊更早經營台灣的還有袁進、李忠等海盜，他們在台灣盤踞多年。
終明朝一代，和日本的貿易都是被禁止的，及時在“隆慶開關”後也是如此，這些海盜也大多數以經營中日走私貿易為主。他們多次派遣船隻悄悄到福建招募移民，帶來了先進的生産技術、生産工具，為台灣的開發做出了重要的貢獻。
明朝時期海盜組織移民，對台灣進行開發，具有非常深遠的意義。該時期的台灣島雖然不是明朝政府管轄的土地，但是卻已經成為了中國人的土地。是以，中國東南沿海的走私商人、海盜，尤其是福建一帶的海盜，是中國經營台灣的先鋒，台灣能夠納入中國版圖，他們功不可沒。
從16世紀開始，西方殖民者開始在中國東南沿海活動。1622年，荷蘭殖民者占據了澎湖列島，試圖将之作為遠東的貿易據點。1624年，荷蘭殖民者和明朝方面進行談判，明朝方面的代表福建巡撫商周祚要求荷蘭人撤離澎湖列島，并建議荷蘭人去進攻台灣島。明朝方面的想法是讓荷蘭和台灣的海盜集團火并，自己坐收漁翁之利。
當時，荷蘭并沒有答應此事，雙方爆發了海戰，明朝兵船200艘，2萬兵力，經過8個月的苦戰擊敗了荷蘭13艘軍艦和900殖民者。1624年，荷蘭撤離澎湖列島，轉而開始登陸台灣島。在此之前，中國的海盜在台灣經營，但是未占據台灣全島，這給殖民者入侵創造了條件。同時，西班牙殖民者也開始在台灣北部登陸，不過在當年被荷蘭驅逐。
1625年，東南亞的海上巨頭李旦去世，鄭芝龍成為了其繼承者。鄭芝龍的基地主要是福建安海和台灣嘉義，在荷蘭殖民者的威脅下，鄭芝龍逐漸失去了台灣的基地。在這樣的情況下，鄭芝龍開始向明朝靠攏。1628年，鄭芝龍接受了明朝的招撫，成為了“五虎遊擊将軍”。從此，鄭芝龍擁有了官方的名号，其勢力得以迅速擴充，隊伍發展到了3萬人。1633年，鄭芝龍在金門海戰中擊敗了荷蘭東印度公司艦隊，從此壟斷了東南沿海的貿易。
鄭芝龍
荷蘭在占領了台灣後，就開始了殖民統治。荷蘭在台灣建立了“熱蘭遮城”、“赤坎樓”等據點，對台灣人民進行了殘酷的掠奪、鎮壓、屠殺，推行殖民教育，文化入侵。荷蘭在此駐軍1000人，移民至3000人，一共統治了38年，派遣了12任總督。荷蘭殖民者在台灣掠奪了大量的财富，一位荷蘭總督說：“台灣真是公司的一頭好奶牛”，這裡産出一度占據了東印度公司的四分之一。
再說鄭氏集團，鄭芝龍失去了台灣基地後，隻能在福建發展，成為了東南沿海的軍閥。1644年，明朝滅亡，清軍入關，鄭芝龍就在福建和其他官員一起扶持唐王朱聿鍵，建立了隆武政權。不過該政權隻堅持了一年就滅亡了，随後鄭芝龍投降了清朝。
鄭芝龍投降清朝後，其子鄭成功繼續在東南沿海進行抗清鬥争。有一些學者認為鄭成功屬于南明将領，這不太準确。鄭成功就是一方軍閥，他為了壯大自己的勢力，不惜同室操戈，消滅了鄭聯、鄭彩等兄弟，同時殺了施琅大将的家人，又去攻占永曆南明政權的糧草基地潮州。鄭成功在抗清方面取得了一定的成就，但同室操戈，使得福建很快被清朝占據，鄭成功逐漸不能在福建立足。
鄭氏活動範圍
1661年4月，鄭成功留下兒子鄭經防守廈門、金門，自己帶領25000将士，數百艘戰船，橫渡海峽，以攻取台灣。對于現在的鄭成功來說，攻取台灣已經是唯一的選擇。當時，台灣島的荷蘭軍隊經過增援，總兵力達到了1500人。經過八個月的苦戰，鄭成功終于擊敗了荷蘭軍隊，迫使荷蘭從荷蘭撤退。這件事，被稱為收複台灣，從此鄭成功也成為了民族英雄。
鄭成功收複了台灣，是中國曆史上的大事，這是中國反殖民主義運動中的重要成就，維護了中國的領土、主權完整。但是，鄭氏政權，始終是一個地方的軍閥，如果任由其長期存在，必定會造成國家的分裂。是以，建立立的清朝必須要平定鄭氏政權才能維護國家的統一。
該時期的鄭氏勢力地跨海峽兩岸，有着不可低估的實力。而清朝還未完全實作大陸的統一，是以沒有将主要精力用于對付鄭氏集團，總體上采取了和平統一的政策。1662年，鄭成功去世，其弟鄭襲繼承其位，鄭經也在廈門宣布繼位，叔侄二人你争我鬥，水火不容。于是清朝趁機對鄭經進行招撫。
鄭經為了“苟延歲月”，就選擇了拖延。他一方面派遣鄭泰、洪旭等人和清朝代表談判，并上繳明朝敕命、公伯爵印及海上軍民土地清冊，另一方面準備出兵台灣。這次談判，清朝提出要“削發”“登岸”，鄭經則提出要“依北韓例”，成為藩屬國，稱臣納貢。于是雙方談判破裂。第二年，清朝攻下了廈門，金門，鄭氏集團退守銅山。
此時，荷蘭殖民者提出要和清朝聯手進攻台灣，荷蘭是想通過此舉來重新殖民台灣，被清朝拒絕。1663年，清朝再次對鄭經進行了招撫，鄭經依然堅持說“請如琉球、北韓例，不登岸，不剃發易衣冠”，清朝斷然拒絕，發兵占據了銅山，鄭經失去了大陸的據點。清朝也試圖登陸台灣，但是遭遇台風，沒有成功。
1665年，康熙已經親政。該時期，清朝要首先解決三藩問題，于是對鄭氏做出了很大的讓步。1667年，康熙去台灣進行了第三次招撫，允許台灣和大陸的通商，但是台灣必須稱臣納貢，并且遣子入京。鄭經繼續堅持“依北韓例”“不剃發”，并聲稱“台灣遠在海外，非中國版圖”，這是直接走上了獨立的錯誤道路了。
姚啟聖等人
1669年，康熙皇帝進行了第四次招撫，并做出重大讓步。康熙同意鄭氏世守台灣，但是不允許台灣成為藩屬國。鄭經依然拒絕，并強調台灣“于中國版圖之外，别立乾坤”。1674年，鄭經又趁三藩之亂，進攻大陸，占據東南七府。1676年，清軍反攻，打得鄭氏軍隊節節敗退。
此後，康熙又和鄭氏集團進行了四次談判。1677年，康熙終于答應鄭經可以“依北韓例”，但是鄭經卻進一步提出要得到福建閩南四府，以及東南沿海各島嶼，結果當然是被拒絕。1678年，清軍繼續進攻鄭氏，使其退守海澄。同一年，康熙皇帝派遣姚啟聖和鄭經進行談判，完全同意了“依北韓例”“不剃發”“不登岸”的要求，甚至不要求台灣稱臣納貢，隻需要鄭氏退出大陸。然而，鄭經再一次得寸進尺，他堅持不放棄海澄。
1681年，鄭經去世，鄭氏再次發生内鬥，康熙派遣姚啟聖到台灣進行第九次談判，要求台灣方面“悔罪、剃發、歸誠”，鄭氏依然選擇拒絕。康熙這時候已經平定了“三藩之亂”，對鄭氏忍無可忍，決定武力統一。1682年，康熙啟用施琅為福建水師提督，訓練水師，準備武統台灣。
施琅
1683年六月，施琅正式開始對台灣發動了進攻，雙方主力在澎湖列島進行了決戰，最終是鄭氏慘敗，損失了1.2萬人，被俘5000餘人，損失戰船190多艘，而清軍陣亡300多人。此戰後，鄭氏主力基本被消滅，台灣的鄭克塽才最終選擇了投降，台灣寶島終于被納入到了中央王朝的懷抱。第二年，康熙在台灣設定了台灣府以及台灣（今台南）、鳳山、諸羅（嘉義）三縣，這是中國首次在台灣島設定行政機構。
可見，康熙初期對台灣鄭氏政權還是非常有誠意的，甚至答應其為藩屬國的請求。但是鄭氏得寸進尺，不斷提出過分的要求，目的就是不想接受統一。最終康熙才選擇了武力統一。清朝統一台灣，維護了中國的統一，在中國曆史上有着不可忽視的作用。同時，康熙皇帝采取的措施，對解決現在的台灣問題依然有着重要的借鑒意義。