清朝光緒二十四年農曆八月初六（1898年9月21日）慈禧太後在保守派的支援下發動政變，幽禁光緒，通緝康梁，殺『戊戌六君子』于京城菜市口。八月二十一（10月6日）懲處陳寶箴、陳三立父子的上谕發出：
湖南巡撫陳寶箴，以封疆大吏濫保匪人，實屬有負委任。陳寶箴着即行革職，永不叙用。伊子吏部主事陳三立，招引奸邪，着一并革職。
維新志士譚嗣同、康廣仁、林旭、楊深秀、楊銳、劉光第六人史稱“戊
同年冬天，被罷免的陳寶箴、陳三立父子攜家眷，離開湖南巡撫任所，遷往江西老家。之前一年（光緒二十三年，1897）去世的陳寶箴夫人黃淑貞的靈柩也一同遷回。全家老幼扶柩而行，不是回祖籍所在地江西修水縣竹鄉，而是在南昌磨子巷賃屋暫居，第二年陳寶箴和陳三立父子另行在南昌的西山（今江西省南昌市建立縣境内)居住，眷屬仍住南昌市内，此時的陳家，經濟狀況極為拮據，但總算在政治風暴中安定下來，然而隻過了一年多，光緒二十六年（1900）7月22日，陳寶箴猝然去世，終年69歲。
陳寶箴是地方督撫中唯一傾向維新變法的實權派風雲人物。
位于修水老家的陳寶箴陳三立故居。
陳寶箴死得确實比較突兀，陳三立的記載是：
是年六月二十六日，忽以微疾卒，享年七十。
後世有學者對此非常懷疑，懷疑的依據是：陳寶箴在逝世的前幾天還曾寫過詩詞，前五天還在給陳三立寫信，何以患『微疾』，便會突然逝世？同時，陳三立呼天搶地、情緒激烈，用了『斷魂锉骨』、『煩冤茹憾、呼天泣血』、『兒拜攜酒漿，但有血淚湧』，這些學者進而認為：
如果是正常的患病死亡，陳三立的精神狀态以及所使用的語言斷不緻如是深重激昂。
陳寶箴和子孫合影。
這個觀點還有文本上的證據。
當代學者、江西省社會科學院特約研究員宗九奇先生所作的《陳三立傳略》中有這樣的記載：
據近人載明震先父遠傳翁（字普之）《文錄》手稿，有如下一段記載：『光緒二十六年（庚子）六月二十六日，先嚴千總公(名闳炯）兵弁從巡撫松壽馳往西山岘廬宣太後密旨，賜陳寶箴自盡。寶箴北面匍匐受诏，即自缢。巡撫令取其喉骨，奏報太後。』
影視劇中表現的賜白绫自盡就是賜死的一種方式。
支援賜死一說的學者認為：
《文錄》手稿系孤證，發表後未引起太大注意。筆者當時的态度，也是将信而有疑。但近來細審《文錄》手稿之記載，可信度相當之高，因為這樣的假是不容易造出來的，事實上也沒有造假的必要。如是，則陳寶箴實系那拉氏密旨賜死，且被害場面之慘毒，實有不可言傳者。
光緒二十六年也就是庚子年，這一年是大亂之年：5月，軍機大臣剛毅招義和團入北京，英美法俄日意水兵300餘人入北京使館區；6月10日，八國聯軍2000餘人自天津進犯北京；21日（五月二十五日），清政府向各使館下達宣戰書；8月15日，聯軍進占北京，慈禧太後挾光緒帝西逃。
1900年8月15日，聯軍進占北京，慈禧太後挾光緒帝西逃。
反對賜死說的學者認為，此時慈禧太後正因八國聯軍進攻而焦頭爛額，哪裡有精力搭理陳寶箴，且湖南變法的真正操盤手是陳三立，殺父不殺子，于理不通。（胡迎建《一代宗師陳三立》：慈禧太後在面對八國聯軍進攻京津的局勢，何以還有精力對付一位早已放逐的七十歲老臣呢？再是如果慈禧太後要殺陳寶箴，何以會放過與陳寶箴一同革職的兒子陳三立呢？）
這一點倒是不成立的。此時的慈禧太後雖然焦頭爛額，但也正志得意滿、趾高氣揚。這一年的7月28日（七月三日），主張不要聽信義和團主張的兵部尚書徐用儀、戶部尚書立山、吏部侍郎許景澄、内閣學士聯元、太常寺卿袁昶被朝廷斬殺，慈禧還想到曾長期與列強打交道的張蔭桓，下令處死他，張蔭桓在是年7月31日（七月六日）于新疆戍所被殺，時年64歲。《文錄》提到陳寶箴在六月二十六日被賜死，正是這一階段。
張蔭桓是參與變法的朝廷大員中的惟一殉難者。
從《文錄》記載的内容，包括陳寶箴被禍的時間，加上陳三立情緒激烈的泣血悲号，仿佛都印證了陳寶箴賜死有着極大的可能，那麼事實果真如此嗎？
清代的法律制度和檔案管理制度非常嚴格細密，殺大臣是一件天大的事情，即使是所謂『密旨』，隻是不對公衆公開而已，在内部檔案中都會有詳細的相應記錄。
前面我們提到的徐用儀、立山、許景澄、聯元、袁昶、張蔭桓被處死，在檔案中都有明明白白、白紙黑字的谕旨，但是相關檔案中完全沒有慈禧太後或者（假借）光緒帝名義賜死陳寶箴的谕旨，也沒有江西巡撫松壽執行此事之後回複朝廷的奏折。
清朝谕旨電報譯文。
研究張蔭桓生平的學者有個說法，慈禧逃難行至大同，發電報給新疆巡撫饒應祺将張蔭桓賜死，其實按照上述時間軸（7月31日張蔭桓死，8月15日慈禧才西逃）這一說法并不成立，殺張蔭桓的流程并非如此，當時，因為北京、天津等地的電報線已經被義和團破壞，清廷已經習慣使用的電旨無法運作，隻能用傳統的驿路傳信中的『六百裡加急』方式送到河北保定、山東濟南等地再用電報發出，賜死張蔭桓的谕旨就是先用『六百裡加急』的傳統驿路方式再轉電報發出。總之，按照規矩，無論是軍機處的底檔還是中間的每個環節都有記錄和痕迹，賜死陳寶箴的『密旨』和松壽的回奏不可能事如春夢了無痕。
此時的江西巡撫松壽後來是清朝最後一任閩浙總督，在辛亥革命時自殺殉職。
另一方面，此事如果存在，涉及多方面的人士，每一個都緘默不語不合情理。軍機大臣榮祿和王文韶與陳寶箴關系甚好（綜合《嚴複集》、《嚴複大傳》、《鄭孝胥日記》等資料，張百熙、嚴複、王修植、孫寶琦、陳寶箴、翁同龢等人都因榮祿在太後面前極力說情而得免于難，但在後來榮祿形象被『妖魔化』之後，世人多不信有此等事），即使在庚子年亂中無法出手相救，但不至于在公私記錄中不留下絲毫痕迹；當事人江西巡撫松壽其仕宦所曆官職非常多，交遊也十分廣泛，與京中高官和地方大吏關系深厚，既然是奉旨行事，何以完全緘默不語？陳三立與兩江總督劉坤一（與陳寶箴同屬湘軍派系）、梁鼎芬、沈曾植、樊增祥乃至康有為、梁啟超有廣泛的交往，遇此天大的冤枉，不對他們言及完全不合情理；而對康梁來說，後來對慈禧完全是醜诋辱罵，如果知道這樣的事情哪怕隻是風聞，不會輕輕放過；至于進入民國之後，密旨賜死已經毫無政治上的忌諱，陳三立更不可能閉口不語。
康有為為首的保皇黨大罵慈禧，落在慈禧眼中，恰恰坐實了光緒帝對自己不孝，成為廢立的借口。
另外還有很重要的一點，賜死采用自缢的方式，本身就是所謂朝廷為被賜死者留全屍的『聖恩』。在此情況下，執行者不可能再取賜死者喉骨，更不可能将喉骨送給慈禧——這是故事的編造者從魏忠賢剔取喉骨的傳聞引申出來的。
陳寶箴、陳三立、陳寅恪祖孫三人。
陳三立、陳寅恪（陳寶箴孫、陳三立子）等詩文中的激憤哀怨文字，實際上類似于訃告中『不孝子xxx，罪孽深重，不自殒滅，禍延顯考』，既是相對格式化的内容，對陳三立來說也有哪怕父親隻是病故但多少有受自己連累因素的自責，并不說明陳寶箴不是自然死亡。
前面提到的張蔭桓通常被認為是繼戊戌六君子之後為變法捐軀的又一人，也是參與變法的朝廷大員中的惟一殉難者，隻有陳寶箴并非是被賜死，這個『唯一』才成立。