在清军入关后，郑氏集团一直是清朝的眼中钉、肉中刺，趁你病要你命才是常规操作。之所以清军没有在郑成功收复台湾时发动进攻，那是暂时没有这个力量。
厦门庚子海战中被郑成功集团的水军和陆师暴打，导致清军水师元气大伤
这场大规模海战发生在顺治十七年（1660年）五月，即郑成功着手收复台湾的前九个月。由于这场会战估计是被打惨了些，清朝的各方史料竭力掩盖真相，才鲜有人知道。最典型的就是《清世祖实录》里只字未提，而在清方战役总指挥达素的传记中也未提及战役的情况。只有在另一位指挥官宗室赖塔的传记中提及此次战役由于清军不擅长水战以失利而告终。《清史列传·卷五·达素》记载：“达素奏请进剿成功于厦门，得旨俞允，遂领所部兵由江、浙赴福建。”《清史列传·卷七·赖塔》说：“明年，赖塔同都统索浑剿贼厦门，官军不习水战，失利。”
清军之所以发动此次海战，就是要利用郑成功在顺治十六年（1659年）在南京受挫的有利时机，一举消灭郑氏集团，清廷非常重视这次海战，就拿这次战役的两位主要统帅来说，总指挥达素是镶黄旗人，而护军统领赖塔则出身于正白旗，同属上三旗，以《从征实录》观之，此次出征之水军满八旗的比例不小，应属八旗精锐。而战船数则为400余艘。《从征实录》说：“报漳港虏船三百余号，限五月初一日祭江出师会 。头叠系真满披挂，船 俱漆红；二叠系满汉，船 俱漆乌。”
郑成功
此次战役清军兵分两路，一路由漳州进攻厦门；另外一路由同安渡海，进攻高崎。郑成功则做出相应部署：命令右虎卫陈鹏守高崎，阻击同安方向的清军，而自己则亲率主力屯驻海门打击漳州方向的清军，经过激烈战斗，两路清军全被击退并损失重大。
在此次战役中最大问题就是清朝在没有充分准备下，强行发动海上大决战，以己之短攻人之长，在不熟悉海战的情况下想强行来一场意志的胜利，结果吃了大亏。郑成功于当年三月得知清军正组织水师出兵攻己时，就料定此次清军乃是千里送人头，必败无疑。《从征实录》说：“虏欲舍弓马长技，以与我争衡于舟楫波涛之间，以寥寥船只驱叛兵残卒而尝试之。主客之形既不相如，水陆之势又甚悬绝，其胜败固已瞭若指掌矣。”
在具体作战过程中，清军对海战一无所知的缺陷被无限扩大，尤其是参与此次会战的满族官兵也失去了以往在陆战中的威风。
就比如说在从漳州进攻厦门的清军一开始占据了上风上流，郑军反而处于不利的地位，于是郑成功命令待风潮转向有利于自己一方才能向清军进攻，“侯潮平风顺有令，方准驾驶冲杀”，清军本应该抓住有利时机奋勇冲杀，但是清军除了与两艘来不及撤走的郑军船只交战以外，对停泊在远处的郑军船只只敢以炮矢击打，直到风潮转向有利于郑军后，局面再也无法收拾，场面变成了一边倒屠杀。
这只是战术上的失策，两只水军的海战训练水平也相差太大，郑军水师由于有丰富的航海经验，早已适应海上的风潮气候，一旦作战，“一海皆动，踏浪如飞”，而参与此次会战的清军，不管是满兵也好、汉军也罢，大多数都是北方人，对海战极其不适，产生了剧烈的生理反应，对战斗力影响极其严重。《小腆纪年附考》记载：“北人不谙水性，眩晕颠仆呕逆不成军，遂大败，僵尸满海。”
在进攻高崎的赤山坪登陆战，以往满八旗身穿重型甲胄直前搏杀的战术也水土不服，宣告破产，满八旗的重装步兵一登岛屿，便陷入了泥沼中，不得脱身，被郑军几乎悉数歼灭。《从征实录》说：“其先登岸之虏，大半在水泥中，被我师所杀及淹死者不计。”《小腆纪年附考》也说：“我兵被重铠，退陷于淖，十死六七。”
而且此次清军的船只质量，也比郑军低劣，郑成功在作战前就已经知道了“虏无大船”的情况，说明在海船性能上清军也处于下风。
在厦门庚子海战中，清军各方面被无情碾压，清军损失实录未载，也无法估计。据《小腆纪年附考》记载：“王师死者千六百人，首领哈喇土星被擒”，此次战役之后，清朝“竟成功之世，无敢言覆岛者”。可见，清朝之所以不在郑成功收复台湾岛的时候背后一击就是这场战役起了重大作用，给予清朝物质和心理上的重击让清军不敢妄动。
清朝在大陆局势不稳，其人力、物力的大部分都忙于消灭永历朝廷
众所周知，要建立一支强大的水军或者海军，离不开大量资金的投入，其消耗实非陆军可比。而在顺治年间，清廷的财政可谓是全时段捉襟见肘，就没有宽裕的时候，如顺治十二年（1655年），工科给事中王命岳就指出一年国库收入仅1841万余两，每年支出2261万余两，一计算赤字就达447万两。而在顺治十三年（1656年）之后，扣除基本的政府运转经费，全部用于摊派军费，赤字常年在400万两以上。
爱新觉罗·福临
顺治十七年（1660年）和顺治十八年（1661年）是剿灭永历政权的关键两年，据魏源《圣武记》记载，由于满、汉大军在云、贵地区聚集，清廷支付给三藩的费用加起来大约就是2000多万两。“至顺治十七年，部臣奏计云南省俸饷岁九百余万，加以闽、粤二藩，岁需二千余万。”
那么顺治十七年（1660年）清朝收入多少呢？以《清世祖实录》载之是2566万两，被军费一减根本没剩下多少，哪有余钱建立一支强大的船队去打击郑成功，事实上在政局不稳，国家不富的情况下建立一支强大的海上力量无异于痴人说梦。所以，康熙皇帝之所以能在他登基后的二十二年收复台湾，就是因为清廷消灭了三藩，经济状况好转，可以拨出大量钱款来支持建设福建水师，对郑氏取得了压倒性的优势，再加上由熟悉海战的水师提督施琅率领，消灭郑氏集团不就水到渠成了嘛！
所以，为何清军不背刺郑成功，一是清军水师被一战打得元气大伤，短时间无法恢复。二是当时清军以完全攻灭永历政权为首要任务，大部分人力物力都投向了西南战场，自然就没有余力搞背后偷袭了。