尔云间 一个专门做科研的团队
原创 小果 生信果
小伙伴们，大家好呀，很高兴和大家见面，最近看到有果粉提问关于WGCNA分析中的module-trait-realtionship图谱的问题，之前呢有写过关于WGCNA分析中的一些专业术语基础知识的推文，如果有小伙伴需要，可直接在往期里面查找就可以了，今天呢我们来聊聊关于如何进行module-trait-realtionship读图。内容分为两部分：
一是介绍什么是module，
二是module-trait-realtionship图解读。
走神的，还没有准备好的小伙伴快来看这吧。
一介绍Module
Module：称为模块，也可以把它看为一个是基因集。在模块内存在高度相关的基因。在WGCNA分析中把基因聚类成模块后，对每个模块进行了功能富集分析、模块与性状进行关联分析和模块与样本进行关联分析，分别可以去查找基因的功能特征，筛选出表型与性状关联较高的的模块和查找样本中特异表达基因。
二解读module-trait realtionship图谱
module-trait-realtionship图谱是像上图这样的，它是模块与表型特征关联图谱。首先我们来看横坐标：它是表型性状（trait），这里呢它有两个表型性状，一个是Healthy，另一个是Heart_failure。纵坐标：对应模块，用每个模块的特征基因（eigengene）来表示这个模块。eigengene代表的是每个模块的第一主成分。
在本图中有9个模块，分别用不同颜色表示。格子代表横坐标的表型性状和纵坐标的每个模块的相关性以及pvalue值，红色越深，越正相关；绿色越深，越负相关。最右边的图例，代表的是相关性，越接近1红色越深，代表正相关，越接近-1绿色越深，代表负相关。根据上图可以看出分析得到的9个模块中，有5个模块（MEturquoise、MEpink、MEblack、MEbrown、MEblue）与疾病的相关性较高（|r|>0.7,p<0.05）。
到这里呢，小果的分享就到此结束了，小伙伴有什么问题可以私信小果，期待与小伙伴再会。
推荐阅读
- 如何使用在GEO数据库中使用GEO2R
- 铁死亡基因的专属仓库，FerrDb数据库
- 小果教你下载TCGA数据库中的突变数据
- GEO数据到底需不需要标准化，看这里
- GEO数据库使用之数据集下载
关注小果，小果将会持续为你带来更多生信干货哦[给你小心心]。