blast序列比对

第一：先用fasta文件生成蛋白质对比的数据库

根目录：
[email protected]:/var/www/cgi-bin/blast-2.2.26/bin$ 
命令：
formatdb -i /var/www/cgi-bin/blast-2.2.26/fasta/T1SE_All.fasta -p T -o T

注释：
p :T 表示蛋白质序列
    F 表示核苷酸序列
o : T 表示输出库（默认生成在你输入文件路径下）
    F 不输出
           

第二：根据生成的数据库db1:在这里生成了六个文件，将六个文件合并到一起，建立新的文件夹。

根目录：
[email protected]:/var/www/cgi-bin/blast-2.2.26/bin$ 
命令行：
blastall -p blastp -d /var/www/cgi-bin/blast-2.2.26/blastdb1/T1SE_All.fasta -i /var/www/cgi-bin/blast-2.2.26/fasta/T1SE_All.fasta -m 8 -e 0.001 -o /var/www/cgi-bin/test1.txt

注释
p : 可选择blast的方法：blastp,blastx,blastn
d:数据库的路径
i:需要比对的文件的路径
-m:
    7 = XML Blast output,XML格式的输出
    8 = tabular,TAB格式的输出
-o：
   输出文件的路径
           

把blast-liunx版本的安装包解压通过xftp直接上传过去

需要把库文件放入到bin的目录下

常用的命令

下面命令是生成db文件

[email protected]:~/blast-2.2.26/bin$ 
formatdb -i /home/ubuntu/var/fasta/T1SE_All_check.fasta -p T -o T
           

下面的命令是把比对结果输出出来

[email protected]:~/blast-2.2.26/bin$ 
blastall -p blastp -d /home/ubuntu/blast-2.2.26/bin/db1/T1SE_All_check.fasta   //这里是blast比对生成的数据库db
-i /home/ubuntu/var/fasta/T1SE_All_check.fasta    //这里是需要比对的fasta文件
-m 8 -e 0.001 
-o /home/ubuntu/var/blastResult/T1SE.csv  //这里是输出的文件