upset plot

1. upset 概述

upset展现多个数据集合的交互关系的图形，类似于传统的venn图

数据输入格式：

list(set1=c(), set2=c())，通过字符UpSetR会自动算出交集；另外可以写成0和1的矩阵，0代表不存在，1，代表存在，在矩阵中看不同子集的共有元素情况。此外，list可以通过list_to_matrix函数转化为矩阵形式。

2. Upset mode

mode有三种模式，distinct：常用的，理解为venn形式的；intersect：共有的，不考虑在余下数据集中是否有；union，是共有元素的或，并集，但是在第三个元素可存在和不存在。

ake_comb_mat()： 产生结合矩阵，计算每个数据集的大小和结合数据集的sets，态度set时，可以使用min_set_size 和top_n_sets过滤

m1 = make_comb_mat(lt, min_set_size = 6)
m2 = make_comb_mat(lt, top_n_sets = 2)

## 3. 图形展现

## 3.1 普通图展示

```bash
m1 = make_comb_mat(lt, min_set_size = 6)
m2 = make_comb_mat(lt, top_n_sets = 2)
# sets和结合的排序
UpSet(m, set_order = c("a", "b", "c"), comb_order = order(comb_size(m)))
# 颜色，大小等属性需要和数据集数目一致
UpSet(m, pt_size = unit(5, "mm"), lwd = 3,
    comb_col = c("red", "blue", "black")[comb_degree(m)])
           

3.2 热图展示

在upset plot中，展现的时粘合矩阵，边上时每个sets的barplots和结合的sets，可以用热图展现，dots和segments（片段），2个barplots显示两个注释anno_barplot()。

UpSet(m, top_annotation = upset_top_annotation(m, 
    gp = gpar(col = comb_degree(m))))
 #坐标轴改变
 UpSet(m, top_annotation = upset_top_annotation(m, 
    ylim = c(0, 15),
    bar_width = 1,
    axis_param = list(side = "right", at = c(0, 5, 10, 15),
        labels = c("zero", "five", "ten", "fifteen"))))
#添加更多的元素，分组
UpSet(m, right_annotation = rowAnnotation(
    "Set size" = anno_barplot(set_size(m), 
        border = FALSE, 
        gp = gpar(fill = "black"), 
        width = unit(2, "cm")
    ),
    group = c("group1", "group1", "group2")))