通过bed文件获取基因序列（fasta）

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bedtools、getfasta

ref

bedtools getfasta doc

note

安装：

conda install bedtools
           

参考文件：

需要提前下载好

fasta

文件

最好有

fai

索引文件（bedtools也会自动生成）

语法：

bedtools getfasta [OPTIONS] -fi <input FASTA> -bed <BED/GFF/VCF>
           

如：

bedtools getfasta -fi <input FASTA> -bed <BED/GFF/VCF> -fo out.fa