天天看点
返回

NGS 分析流程 （二）一、Call Somatic

NGS 分析流程 bam ---> vcf

  • 一、Call Somatic
    • 1.将bed分割，以提高效率
    • 2. Mutect2: Call Somatic
    • 3.整合过滤
  • 二、Call Germline

一、Call Somatic

1.将bed分割，以提高效率

代码如下（示例）：

ref_fa=$1 # b37_Homo_sapiens_assembly19.fasta
target_bed=$2  
split_region_count=$3
NGS
上一篇: java基础--输入与输出重定向（in,out,err的使用）
下一篇: java NIO之MappedByteBuffer

继续阅读