就在菲律宾政府与中国在南海紧张对峙，甚至发生摩擦的同时，小马科斯突然发现，自己的后院“起火了”。据菲律宾军方消息，6月26日，菲军方和叛军组织在新怡诗夏省发生交火，菲律宾军方称打死7名叛军，随后在第二天的搜索中又发现3具尸体，因此被打死的叛军人数上升到了10人。
（菲律宾的反叛武装）
菲律宾是一个群岛国家，也就是一堆大小岛屿联合起来组成的国家，而它之所以是一个国家，是因为西方殖民者以外力将其强行捏合在一起，于是才有了现在的菲律宾。而由于是一堆大大小小的岛屿组成，所以虽然对外它们合称“菲律宾”，但是在内部，却是派系林立，很有点类似于大陆古代的门阀家族。
目前菲律宾依托各自岛屿划分势力范围的家族一共有100多个，而每一任菲律宾总统，就是从这100多个家族中选举出来，小马科斯也不例外，他之所以能够当选菲律宾总统，是因为他和前总统杜特尔特家族联合，而在得到杜特尔特家族支持后，小马科斯才真正有实力登上菲律宾总统的宝座。这也是菲律宾独特的门阀政治。
菲律宾另外一个独特的政治特色就是“叛军”。由于菲律宾是一个群岛国家，而且还是一个被外力强行捏合在一起的群岛国家，所以自从菲律宾独立建国的那天开始，各地就有各种各样的反叛组织，为谋求独立而不断和菲律宾政府军进行武装斗争。这种剿匪性质的战争，从菲律宾建国一直持续到今天，一直没停歇过。
（小马科斯的一边倒政策，是导致菲律宾战火重燃的关键）
在杜特尔特执政时期，由于菲律宾政府大力发展经济，而且和各反叛武装都保持了相对稳定的关系，所以整个菲律宾局势相对稳定，如今小马科斯奉行对美国一边倒的政策，导致中菲关系严重恶化，大陆不但撤回了在菲律宾的多个投资项目，同时还大幅减少了对菲律宾农产品的采购数量，这让菲律宾原本稳定的经济再次出现波动，所以各路反叛武装又开始揭竿而起，马科斯自己已经自身难保。
（杜特尔特家族也是菲律宾的门阀家族之一）
目前小马科斯面临的困境还远不止国内叛军的挑战，自从上台后，马科斯家族和杜特尔特家族之间的关系就开始迅速恶化，在6月15日中国海警新规定生效、17日中菲在南海爆发摩擦以后，杜特尔特家族和马科斯家族的裂痕也逐步公开化，菲律宾前总统杜特尔特的女儿，萨拉·杜特尔特已经辞去了小马科斯任命的教育部长、“平叛部队”副主席以及内阁的全部职务，仅保留了民选的副总统职位。并且有消息确认，杜特尔特的两个儿子和女儿都将会参与明年菲律宾议会的选举，而小儿子塞巴斯蒂安·杜特尔特将会在2028年冲击菲律宾总统宝座。
（小马科斯政府在仁爱礁冲突中全面落败）
可以说，目前小马科斯，以及他所代表的马科斯家族，已经四面楚歌：外部和中国有南海冲突，菲律宾已经在仁爱礁的对抗中全面落败，即使以后再派飞机或者舰艇强闯仁爱礁，也只是自取其辱。而在内部，由于经济衰退，菲律宾原本稳定的政局又开始动荡，各地反叛组织再一次揭竿而起，最近吕宋岛爆发的交火就是证明。同时，以杜特尔特家族为代表的其他门阀家族，已经和马科斯家族的矛盾公开化，双方已经不可调和，未来必然也要拼个你死我活。
（在小马科斯最需要支持的时候，美国拍拍屁股走人了）
而在这种情况下，原本对南海煽风点火，一直宣称支持菲律宾的美国，却在小马科斯最需要支持的时候，拍拍屁股走人了：如今美军的航母一艘计划前往中东部署、另一艘已经回到了关岛。同时拜登承诺的10亿美元对菲律宾的投资如今连个影子都见不到，而到今年11月美国大选后，拜登还是不是美国总统都不好说，所以投资承诺大概率只是一纸空文，如今只剩下小马科斯在四面楚歌、风雨飘摇中独自凌乱。