天京内讧的起因主要源于東王與天王的沖突。從太平天國的整體形勢看，一直趨好。尤其是在太平軍定都天京後，全軍的将士革命熱情更加高漲，軍事實力日益強大。太平軍不斷在其他省份連連取得勝利，清軍反而越來越受挫，很難組織起有效的反擊，更難以對太平軍形成緻命性的攻擊。随着戰事的深入，太平軍對清軍的作戰越發得心應手，遊刃有餘。又經過三年的苦戰，太平軍基本上穩定了長江中下遊的局勢。然而，這一切利好局面并不能掩蓋其潛在的危機。太平天國的沖突并不在外部，而是在上司核心層。就像所有曆朝曆代的農民起義軍一樣。
當打下江山後，立刻面臨了領袖之間的分贓問題。太平天國雖然隻是成了一半的偉業，但是其核心上司層中的天王洪秀全與東王楊秀清，沖突卻越來越深。
兩人之間的不快其實早就存在。那是在1848年春，彼時太平天國運動方興未艾，與洪秀全一起的合夥人馮雲山被地方團練逮捕，送往廣西知縣門囚禁。當時，洪秀全人在廣州，無法對廣西進行直接指揮。教衆時群龍無首，處于一片混亂。眼看太平天國就要分崩離析。
此時，燒炭工出身的楊秀清異軍突起，承擔了太平軍的上司責任
。他用一種不可思議的方式，最終力挽狂瀾，穩住了軍心。那時候，廣西 民間非常相信“附身” 的說法。楊秀清就用這個概念，向教衆宣稱自己是天父耶和華附身，上帝要借用他的身體傳達旨意。很多教衆相信了他的說法，并且很快團結在他的周圍，拜上帝教在險境中絕處逢生。
02
楊秀清身上的确有領袖的特質。他出身并不好，他出生于廣西桂平市紫荊山平隘新村一一個貧苦的農民家庭，父親楊亞齊，母親古氏。小時候楊秀清就命運多舛，早早就經曆了人生的悲歡離合。他5歲喪父，9歲喪母，由伯父楊慶善撫養成人。這些經曆讓楊秀清比同齡人更早成熟，他對人間的悲喜自然有很深體會。
楊秀清成年後，不光沒有書讀，甚至也沒有田地耕種，他隻能以種 山燒炭為業，經常要翻山越嶺去賣炭，承受着商人的剝削，換回一升半鬥米，過着饑寒交迫的生活。
不過，在窮困環境中生活的經曆，讓楊秀清變得能夠忍辱負重，而且深谙世故、善于交遊。
1846年，在馮雲山的影響下，楊秀清加人拜上帝教。起初，楊秀清隻是普通成員，還未站到反清鬥争的前列。不過，
楊秀清是個善于把握機會的人。
自從1848年那次拜上帝教的危機後，楊秀清自稱耶和華附身，成功将教衆團結起來後，他在拜上帝教内部的威望大漲。其政治勢力也借機提升，正式取得了代天父傳旨的特殊地位，并一躍成為拜上帝教的上司者之一。
按太平天國自已發明的理論，天王洪秀全是上帝之子，是上帝派來解救人間的最高代表。但是，如果楊秀清自稱“天父"“附身”，他就是代表耶和華，地位一下子就比“天王”洪秀全還要高。雖然當時上司層之間還沒因為此事而公開争執，但這實際上将兩人的隐患就此埋下。1851年12月永安封王時，楊秀清晉爵東王，稱九千歲，擁有節制諸王的權力，執掌軍事最高指揮權。盡管在名義上看，東王楊秀清仍在天王洪秀全之下，
但他時不時地以天父下凡的名義，直接越過洪秀全，
給太平軍部衆發号施令。本來就權力欲很強的洪秀全雖然嘴上不說，但内心卻極為不滿。
定都天京之後，兩人的沖突越來越多。楊秀清已經開始明目張膽地反對太平天國的最高領袖洪秀全，且毫不克制。比如洪秀全想刊印新、舊約聖書，楊秀清卻下令終止此事，洪秀全也無可奈何。楊秀清顯然存心與他的頂頭上司對着幹，如果洪秀全想要否定孔孟學說，而楊秀清則予以肯定、支援，故意讓天王下不來台。
03
楊秀清一直以天父的 身份壓制洪秀全，洪秀全的實際地位已經低于東王。楊秀清曾經借着抓住洪秀全的把柄，大演“天父下凡”的戲碼，不僅惡語相向，逼迫洪秀全稱他為萬歲，而且以棍棒來懲罰洪秀全，甚至對其同黨采用侮辱性的言辭。如此明目張膽地謀反，讓洪秀全敢怒不敢言。
另一次事例更為誇張，當時楊秀清假裝生病，要洪秀全前去探視
。洪秀全本來并不想去，作為一國天子，總要顧及一點身份，委屈自己看望臣子總歸不好聽，而且要是傳到衆大臣耳朵裡，讓領袖的尊嚴何在?但是，洪秀全迫于楊秀清的勢力太大，他隻好忍氣吞聲，不得不去東王府看楊。這是洪秀全第一次走出自己的天王府，跑到楊秀清的卧室問候。然而，就是這樣低三下四，楊秀清見洪秀全來了之後，還故意不理他，
還低聲說，人家都說天無二日， 人無二主，秦時二日相鬥，這是為什麼啊?
洪秀全大驚失色，楊秀清這是在赤裸裸地逼迫他退位，與謀反無見洪秀全本來想發怒，但受制于在楊秀清的地盤，擔心對方早已設下埋伏，對自己極為不利。他突然靈機一一動，指令手下，趕緊對楊秀清九叩首，大呼東王萬歲。
04
洪秀全的舉動反而讓楊秀清吓了一大跳。他的最初想法本不是直接加害洪秀全，隻是想進一一步讓他下不來台，給天王一點羞辱，但洪秀全 以退為進的做法反倒讓他無話可說。楊秀清一下 子面臨兩難處境，
他如果此時正面接受洪秀全的部下稱呼，安然當‘‘萬歲”，那便是公然地欺君犯上，即便獲得皇位也名不正言不順，很可能遭到所有人的反抗。
要是承認自己之前的言語不當，那他也不甘心，說不定天王還趁機治他的罪。他見形勢不妙，隻好打起呼噜裝睡下去。
洪秀全回到天王府後，吓得長時間緩不過來。探望楊秀清這次經曆可謂絕處逢生，險些就回不來。他也開始思索，長此以往不是辦法，必須要解決這個心腹大患，否則他的王位早晚被楊秀清拿下。于是，他趕緊密诏正在外線作戰的北王韋昌輝、頂天侯秦日綱率部回京，與他們商量除掉楊秀清的計劃。
1856年9月1日，韋昌輝率親信部隊三千回天京。按照洪秀全的部署，他立即和已經回京的秦日綱見面，兩人仔細規劃了行動方案。他們為了防止夜長夢多，擔心楊秀清的密探掌握洪秀全的動向，便立刻秘密封鎖了通往東王府的街道，并讓重兵包圍了楊秀清的住宅，隻等天王的正式指令。此時，楊秀清還渾然不覺。
等到一切安排停當，第二天淩晨，時機已到，韋昌輝率親兵沖進東王府。楊秀浦的守衛來不及防衛，便被韋昌輝輕易拿下。他們直接沖到楊秀清的卧房，此時，楊秀清還在睡夢中。東門破門而入，對前來阻擋的軍士大喊:“天王有命，楊秀清謀逆不軌，叫我立即誅殺之。”随後，韋昌輝進得房門，舉刀刺人楊秀清的胸膛，頓時鮮血四濺，楊秀清倒地身亡。