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值得收藏!EEG/ MEG/MRI/ fNIRS公開資料庫大盤點

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  公開資料庫對于促進科學研究的快速發展意義重大,公開資料的建立可以讓全世界各國的領域内研究者對某些問題進行更深入更全面的研究。在大資料時代,資料庫的開放和共享已逐漸成為研究領域的趨勢之一,目前很多國外期刊雜志也鼓勵投稿者共享和開放研究資料。上述情況對于腦科學領域的研究也是如此。此外,我們個人同樣可以利用各類腦科學公開資料庫友善地進行各種研究。

筆者在這裡較為全面地盤點目前免費的EEG/MEG/MRI/ fNIR公開資料庫,希望對大家的研究有所幫助。

人腦連接配接組計劃

   大名鼎鼎的人腦連接配接組計劃(Human Connectome Project, HCP),該公開資料庫是由美國美國國立衛生研究院(NIH)負責,于2009年開始啟動。該資料庫目前被試數約1200人,包括結構MRI、靜息态MRI、任務态fMRI、MEG等資料模态,其他資料還包括人口統計學資料、神經心理學資料、基因資料。

網址:http://www.humanconnectome.org/

1000功能連接配接組計劃

  1000功能連接配接組計劃(1000 Functional Connectomes Project, FCP)于2009年啟動,已經采集和公布來自35個中心,1355名被試的MRI資料,包括結構MRI和靜息态fMRI資料,此外還包括人口統計學資料。

網址:http://fcon_1000.projects.nitrc.org/fcpClassic/FcpTable.html

信度與可重複性聯盟

  神經影像大資料國際“信度與可重複性聯盟”(Consortium for Reliability and Reproducibility, CORR)是由中科院心理所和美國兒童心理研究所于2014年共同發起,目前該資料庫包含1629名來自不同中心被試的MRI資料,MRI資料模态包括結構MRI、靜息态fMRI、dMRI、擴散磁共振成像和動脈自旋标記成像ALS,此外還包括人口統計學資料。

網址:http://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/CoRR/html/index.html

DEAP資料庫

  采用生理信号進行情緒分析的資料庫(Database for Emotion Analysis using Physiological Signals,DEAP)是由來自英國倫敦瑪麗皇後大學等機關的研究人員通過實驗采集到的,用來研究人類情感狀态的多通道資料。該資料庫主要包括每個被試在面部表情視訊刺激下的EEG資料以及心理量表資料。

網址:http://www.eecs.qmul.ac.uk/mmv/datasets/deap/

我的腦連接配接組計劃

   我的腦連接配接組計劃(My Connectome Project)隻記錄了斯坦福大學R. Poldrack教授1個人的大腦在18個月内的各種模态MRI資料(包括結構、靜息态、任務态、擴散MRI模态)。

網址:http://myconnectome.org/wp/

中國AD臨床前期聯盟多中心認知下降縱向研究資料庫

  中國AD臨床前期聯盟多中心認知下降縱向研究資料庫(SILCODE)是由中國國家老年疾病臨床醫學研究中心(宣武醫院)發起,主要包括健康人和阿爾茲海默症(AD)患者各個階段的多模态MRI和PET資料,此外還包括臨床與行為學資料。

網址:http://www.alzheimer.org.cn/

OpenfMRI資料庫

  OpenfMRI資料庫包含來自65個中心共計約2256名被試的多模态MRI資料,包括結構MRI、靜息态fMRI、任務态fMRI、擴散MRI、MEG模态,其他資料還包括人口統計學資料、神經心理學資料。

網址:https://openfmri.org/

英國生物銀行

  英國生物銀行(UK Biobank)資料庫已經采集自3個中心,5000名被試的多模态MRI資料,包括結構MRI、靜息态fMRI、任務态fMRI、擴散MRI,此外,還包括人口統計學資料、神經心理學資料、基因資料、血液資料等。

網址:https://www.ukbiobank.ac.uk/

美國國家精神衛生資料檔案研究所

  美國國家精神衛生資料檔案研究所(NDA)資料庫整合了多個資料庫的資料,包括美國國家自閉症研究資料庫(NDAR),與精神疾病相關的國家臨床試驗資料庫(NDCT),研究領域标準資料庫(RDoC db)和NIH小兒MRI資料存儲庫等。從内容上來說,該資料庫資料内容豐富,包含臨床、影像學,基因組等方面的資料。

網址:https://nda.nih.gov/

神經資訊資料庫

  神經資訊資料庫(Neuroinformatics database,NIDB)是一個神經影像資料上傳和分享的平台,主要包括fMRI和EEG等資料。

網址:https://nda.nih.gov/

OpenNEURO

  OpenNEURO資料庫是一個用于分析和共享來自人腦成像研究的神經影像資料的開放平台。資料類型主要包括MRI,MEG,EEG,iEEG和ECoG。

網址:https://openneuro.org/

腦成像圖書館

  腦成像圖書館(Brain Image Library, BIL)是匹茲堡大學建立的用于腦成像資料上傳和分享的網絡平台,資料主要類型是哺乳動物全腦體積資料(共聚焦顯微鏡腦成像資料)。

網址:http://www.brainimagelibrary.org/

ADNI資料庫

  Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative (ADNI)主要針對AD以及輕度認知障礙患者,資料類型包括MRI和PET圖像、遺傳學、認知測試、CSF和血液生物标志物等。北美ADNI研究的研究資源和資料可通過該網站獲得,其中包括阿爾茨海默氏病患者,輕度認知障礙受試者和老年人對照。

網址:http://adni.loni.usc.edu/

NeuroMorpho

  NeuroMorpho主要用于搜集已經出版的研究中的神經元結構,是目前為止最大的3D神經元重建和相關中繼資料的資料庫。

網址:http://adni.loni.usc.edu/

BrainMap

  BrainMap是由德克薩斯大學健康科學中心的研究成像研究所負責營運,主要提供功能和結構MRI資料。BrainMap不僅提供用于荟萃分析和資料挖掘的資料,還釋出用于定量整合神經影像資料的軟體和工具。

網址:http://www.brainmap.org/

分子腦成像中心資料庫

  分子腦成像中心資料庫(The Center for Integrated Molecular Brain Imaging Database)主要提供PET和MRI資料的下載下傳以及Cimbi團隊利用這些資料已經發表的文章。

網址:https://cimbi.dk/index.php

OASIS資料庫

  OASIS(Open Access Series of Imaging Studies)資料庫主要針對AD患者,提供正常衰老和AD的縱向MRI神經影像,臨床、認知和生物标志物等資料。

網址:http://www.oasis-brains.org/

Delorme腦電資料庫

  Delorme腦電資料庫提供包括認知、癫痫、睡眠等多種EEG/ERP資料。

網址:http://sccn.ucsd.edu/~arno/fam2data/publicly_available_EEG_data.html

Dtmri資料庫

  Dtmri資料庫主要包含人和大鼠的DTI資料。

網址:http://lbam.med.jhmi.edu/

F.M.Kirby Research Center

   F.M.Kirby Research Center主要提供多模态的MRI資料,以及相應的軟體工具。

網址:http://mri.kennedykrieger.org/databases.html

OMEGA資料庫

  OMEGA(Open MEG Archive)是麥康奈爾腦成像中心(McGill)與蒙特利爾大學之間的合作成果,旨在為開放式傳播提供MEG資料。磁瓦,其還包含MRI,人口統計資訊和問卷資訊以及多模式電生理資料(例如,EEG,細胞記錄)。

網址:http://www.mcgill.ca/bic/resources/omega

Australian EEG database

   主要提供EEG/ERP資料。

網址:http://aed.newcastle.edu.au/

CENTRAL腦影像資料庫

  CENTRAL腦影像資料庫目前包含445個 projects, 合計6175 個被試,主要包含MRI、PET和CT資料。

網址:https://central.xnat.org/

歐洲癫痫資料庫

  歐洲癫痫資料庫(European Epilepsy Database)主要提供癫痫患者連續EEG資料

網址:http://epilepsy-database.eu/

figshare資料平台

   figshare資料平台是一個多種資料的存儲和分享平台,資料類型包括EEG、MRI等。

網址:https://figshare.com/

EEGbase平台

  EEGbase是一個用于存儲,管理,共享和檢索與電生理相關的EEG / ERP、中繼資料、工具和文檔的系統和平台。EEGbase通過允許通路公共資料,工具和結果來推進電生理學研究。

網址:http://eegdatabase.kiv.zcu.cz/

BNCIHorizon 2020

  BNCIHorizon 2020項目提供多種模态的資料,包括EEG、ERP、fNIRS、Ecog等。

網址:http://bnci-horizon-2020.eu/

PhysioNet

  PhysioNet于1999年在美國國立衛生研究院(NIH)的主持下成立,其提供大量的生理和臨床資料以及相關的開源軟體來。

網址:https://physionet.org/

總結

  筆者在這裡較為全面地盤點目前免費的EEG/MEG/MRI/ fNIR公開資料庫,這些資料庫為科研人員提供了可供分析的海量資料,特别是對腦科學研究結果的可重複性驗證以及大資料分析具有重要意義。