國共雙方終于在新四軍改編問題上達成了共識。南方各地紅軍遊擊隊也走出茂密山林，開始了與國民黨地方當局的談判，進一步按照中共中央的訓示精神實作戰略任務的轉變。
國民黨中确有深明大義者，誠心誠意與南方紅軍遊擊隊進行談判，支援國共合作、共赴國難。但部分國民黨的軍政官員卻總是抱着另外一種企圖與紅軍遊擊隊進行談判，妄圖通過政治談判達到軍事"清剿"所未能達到的目的。這就使得紅軍遊擊隊與國民黨地方當局合作抗日的談判步履維艱，鬥争非常激烈。
這些國民黨官員邊談邊"剿"。有的乘紅軍遊擊隊與外界資訊不通，散布共産黨、紅軍向國民黨投降了的謠言，企圖瓦解紅軍遊擊隊；有的寫信、登報或派出共産黨的叛徒到遊擊區進行"招撫"、"勸降"活動，許以高官厚祿，對遊擊隊進行分化瓦解；有的以談判為掩護，進行武裝包圍、襲擊，企圖迫使紅軍遊擊隊就範，或用欺騙手段，誘使紅軍遊擊隊下山集中，然後收繳紅軍遊擊隊的槍支。
南方各個遊擊區的國共合作、共同抗日的談判過程，是一個曲折、複雜、尖銳的鬥争過程。
1937年8月1日，鑒于這樣的形勢，中共中央發出了《中央關于南方各遊擊區域工作的訓示》，其中關于與國民黨談判的内容包括：
在儲存與鞏固革命武裝，保障黨的絕對上司的原則下：(1）較大的紅色部隊可與國民黨的附近駐軍，或地方政權進行談判，改變番号與編制以取得合法地位，但必須嚴防對方瓦解與消滅我們的陰謀詭計與包圍襲擊。(2）改變番号與編制後，部隊中可成立隊長或副隊長、政治處主任及總支部書記的三人的黨的秘密委員會，上司部隊中一切工作。黨的工作與政治工作均須改變以适合于新的情況。(3）脫離生産的小的地方性的遊擊隊、遊擊小組，原則上一律變為民團，以取得合法地位，不可能時，仍可非法存在。(4）赤少隊取消，有計劃有組織地改變或混編在當地壯丁隊、民團中去起作用。(5）未與國民黨政府及當地駐軍确實談判好以前，則我們的一切武裝部隊，可以自動改變番号，用抗日義勇軍、抗日遊擊隊等名義根據黨的新政策進行獨立的活動，繼續開展統一戰線工作。以靈活的遊擊行動，去發動與組織人民，建立黨的秘密組織，捉殺漢奸，擴大黨的新政策的影響。但在取得與國民黨駐軍停戰談判機會後，即須用大力量，利用時機，進行整頓與訓練，并掩護當地群衆工作。用一切方法提高部隊每個指戰員的政治水準及堅定的意識，防止一切收買、利誘、分化的陰謀。(6）關于部隊給養問題，在未與對方談判好以前，我們可采取由富有者募捐的方式募集錢糧。隻有确實是漢奸的财産，才采取沒收的辦法。
現在我們對于國民革命軍工作的方針一般的不是瓦解它，而是采取争取其官兵共同抗日的方針。(1）站在抗日的民族統一戰線的立場上，向官兵宣傳、解釋我黨的主張，首先是以和平統一、團結禦侮的主張，去争取停止内戰互不侵犯，以至進行和平談判，成立協定。(2）利用一切機會去接近下級的官佐士兵，提高官兵政治的民族的覺悟與抗日情緒，建立黨的秘密組織，從部隊的日常生活出發，逐漸地進行改善士兵生活，改良部隊的紀律組織與教育。(3）但在他們繼續向我們進攻時，我們仍應堅持自衛的遊擊戰争。對于民團，一般的要同樣采取以上的方針。但頑固的反動的民團與土匪的堅持與我們作對者，争取不可能時，可以以政治瓦解與軍事進攻消滅之。在我們和當地駐軍與政權談判好時，可同他們共同解決之。【《中共中央檔案選集》第11冊（1936-1938年），中共中央黨校出版社1991年版，第301頁。】
這是指導南方各遊擊區工作轉變的綱領性檔案，對正在與國民黨地方軍政當局談判的南方各遊擊區具有強烈的針對性和現實指導性。同時，中共中央還派出聯絡人員至南方各遊擊區，傳達中央訓示，協助遊擊區與國民黨地方當局談判。
此時，一些紅軍遊擊隊在反"清剿"的同時，直接或間接獲知西安事變後國内形勢變化和中共中央關于抗日民族統一戰線政策的内容，在思想上、軍事上、政策上也作了一些适應性的調整，并且有的遊擊區在與黨中央取得聯系之前，就開始了與國民黨的談判。但是由于沒有直接得到黨中央的訓示，一些地區在與國民黨當局談判的時候，難免出現一些偏差。
1937年3月5日，閩粵邊區特委收到設在香港的中央南方臨時工作委員會（以下簡稱"南臨委"）的訓示信，信中提到中共中央已将"抗日反蔣"的口号改為"聯蔣抗日"，并訓示閩粵邊區特委與當地國民黨軍進行談判，達成共同抗日協定。4月，閩粵邊區特委開始了與駐漳州的國民黨粵軍第157師的談判。
談判并不順利。首先是第157師師長黃濤企圖利用談判機會對遊擊隊進行"收編"，被中共的談判代表識破。其次，第157師邊打邊談，不但對遊擊隊發動軍事攻擊，還逮捕和關押了談判代表、紅3團團長何鳴等人。在中共閩粵邊區特委積極的營救下，國民黨方面很快釋放了何鳴等人。可是就是這次被捕而又輕易被釋放，加上在此之後雙方之間的沖突減少，給何鳴造成了錯誤印象，他漸漸放松了對國民黨的警惕，為日後被繳械埋下了伏筆。
6月下旬，何鳴等與第157師簽訂合作協定，協定中第157師接受紅軍遊擊隊關于合作抗日的主張，承認閩南共産黨和紅軍遊擊隊的合法地位，但提出紅軍遊擊隊必須離開原來的根據地，到漳浦縣城集中。閩粵邊區特委就是否下山進駐漳浦城，展開了讨論。何鳴擔心影響國共合作，堅持應去漳浦城集中。
7月初，"南臨委"得悉紅軍遊擊隊改編、準備離開根據地的消息，派人傳達訓示：番号可以改變，政治上要保持獨立，部隊必須提高警惕，要駐在根據地，不能開到平原去。但何鳴沒有執行"南臨委"關于遊擊隊應駐紮根據地的訓示，說："已經開出來了，再開回去不好意思。"
7月13日，何鳴将部隊607人帶到了漳浦城外孔廟。至于前途怎樣，何鳴也拿不準。而同來的副團長盧勝更是表情嚴肅，他本就不同意下山，現在心裡有一種不祥的預感揮之不去。戰士們見到團長和副團長的臉色，也都是提心吊膽的。
國民黨第157師的聯絡官過來問寒問暖，跟大家交代這、交代那的，真是一副合作的樣子，這才使戰士們的情緒漸漸平靜下來。大家又開始想象着用新式裝備上抗日前線痛痛快快打日本鬼子。
在你死我活的戰争年代，麻痹大意、缺乏警惕就會帶來嚴重後果。7月16日晨，粵軍第157師以點名發饷和整訓為名，包圍并解除了紅3團的武裝，扣留了所有人員，制造了"漳浦事件"。
當國民黨軍烏黑的槍口對準紅軍遊擊隊戰士時，他們表現出了甯死不屈的氣節。
短槍連的戰士嗖的一聲全拔出駁殼槍，機槍手也把機槍架起，一個個怒目而視，隻聽見一片"咔嚓咔嚓"的子彈上膛聲和"拼了算"、"打"的憤怒的聲音。
何鳴卻慌忙出面阻止大家說："同志們，不要動，訓練不一定要拿武器，大家要相信我，這是全國性的問題，不要沖突！"
四周埋伏的國民黨部隊也逐漸向前逼近了。符義山連長把駁殼槍的撞針、大簧卸下，把槍一摔說："槍殼子給他，心子不能給！"有的戰士當場暈倒了，有的戰士把國民黨軍發的衣服、帽子撕得粉碎，槍支、銅号丢得遍地皆是。部隊回到孔廟，許多人失聲痛哭……
這支艱苦奮鬥，經過國民黨軍10年"圍剿"未能"剿"滅的紅軍遊擊隊，卻由于他們上司人的思想錯誤，被兵不血刃地解除了武裝。
當天晚上，盧勝帶着少數戰士，冒死穿越了國民黨軍的封鎖線，重新潛回山中。并将陸續逃脫的紅軍遊擊隊戰士重新組織起來，重新打起紅3團的旗幟。到1937年年底再次下山改編時，他們又發展到三百餘人。
"漳浦事件"中，紅3團共被繳去重機槍2挺、輕機槍5挺、駁殼槍二百餘支、步槍五百餘支、子彈十幾萬發。這一事件暴露了國民黨内反共頑固派乘談判、改編之機，并吞南方紅軍遊擊隊的陰謀。
事件發生後，引起了中共中央的極大關注，并與國民黨當局進行嚴肅交涉，要求國民黨妥善解決"漳浦事件"并将其作為南方紅軍遊擊隊改編、集中的一個前提條件。
8月底，毛澤東緻電張雲逸，訓示務須向餘漢謀嚴重抗議，并要他們迅速将原人、原槍全部退回。9月14日，張聞天、毛澤東緻電與國民黨談判的博古、葉劍英等，要求南京政府責令餘漢謀退回何鳴部人槍，不得缺少一人一槍。【《新四軍·文獻》(1)，解放軍出版社1988年版，第26頁。】
10月1日，中共中央書記處緻電張雲逸等，再次強調："國民黨首先把何鳴部人槍交還，經證明具報無誤後，方能談判各遊擊區問題。"【《新四軍·文獻》(1)，解放軍出版社1988年版，第36頁。】10月15日，張聞天、毛澤東緻電潘漢年等人："候國民黨交還何鳴部人槍并公開認錯之後",【《新四軍·文獻》(1)，解放軍出版社1988年版，第51頁。】其他遊擊區再行商談改編事宜。10月18日，毛澤東在電報中仍強調："首先要國民黨交還何鳴部人槍。"【《新四軍·文獻》(1)，解放軍出版社1988年版，第52頁。】10月30日，張聞天、毛澤東緻電博古、葉劍英等，指出："在何鳴部人槍沒有如數交還以前，不能集中。"【《新四軍·文獻》(1)，解放軍出版社1988年版，第56頁。】11月12日，毛澤東在延安共産黨活動分子會議的報告提綱中，強調要警惕"何鳴危險"。
經過中共中央嚴正交涉，并在社會輿論的強大壓力下，國民黨福建省當局不得不于1938年3月2日将紅3團人槍交還。
1937年7月下旬，在贛粵邊區密林中的項英有些迷惑："西安事變"以後的半年時間裡，國民黨軍隊比以往更加瘋狂地"清剿"南方遊擊區，這是項英早已預料到的。可是這段時間，國民黨軍隊卻停止進攻了。
這是為什麼呢？難道又出現了新情況？
項英一邊思索着，一邊随手翻着一批剛剛找來的書籍。忽然，一本叫《新學識》雜志上登載的文章吸引了項英的目光，這篇文章的标題為《中國共産黨在抗日時期的任務》，它是毛澤東于1937年5月3日在延安召開的中國共産黨全國代表會議上的報告摘要。
和黨中央失去聯系已經近三年了，突然得到了黨的訓示，盡管是間接的，但還是令項英如獲至寶，無比歡欣。項英後來還常常提到："那種高興的心情真是無法用言語去形容。因為有了它，我們再講國共合作，就有根據了。"
項英趕緊派人下山去找來更多的報紙、雜志，這才知道了敵人不進攻的原因是發生了盧溝橋事變。
8月8日，項英、陳毅以中共贛粵邊區特委和紅軍遊擊隊的名義，發表《停止内戰，聯合抗日》宣言，呼籲國民黨軍立即停止進攻紅軍遊擊隊。
是否應該同國民黨地方當局談判呢？項英心裡也是躊躇不定，他與陳毅商量："事關重大，本該請示黨中央準許，但是現在沒辦法直接請示。如果一直不采取行動，恐怕會喪失有利時機。南方紅軍遊擊隊，這三年太苦了，也需要休整一下了。"是以，項英決定同國民黨談判停戰。他還起草了同國民黨當局談判的條件，主要内容是：要求國民黨承認共産黨的合法地位和言論、行動的自由，釋放政治犯；解散"鏟共團"，重新組織抗日武裝，将紅軍遊擊隊組成獨立的抗日部隊；保證紅軍遊擊隊的給養，保護遊擊區群衆的利益。
項英在如此複雜而又敏感的關鍵時刻，能夠敏銳地察覺到中共中央政策的變化，在沒有中共中央直接訓示的情況下及時進行戰略轉變，真是難能可貴的。
8月20日，項英又以中共贛粵邊區特委的名義，寫信給國民黨江西省政府主席熊式輝、第四行政督察專員公署專員兼第四行政區保安司令馬葆珩、國民黨軍第46師師長戴嗣夏，宣傳中國共産黨關于建立抗日民族統一戰線的政治主張，敦促他們與共産黨方面協商合作抗日事宜。
8月27日，國民黨江西省大餘縣縣長彭育英給項英、陳毅發來"感秘代電"。他認為："非有中共參加抗日之力量，絕不能戰勝日寇","現在是志士抗日救國之時，歡迎下山談判，共商北上抗日事宜"。9月3日，陳毅函複彭育英，指出："日寇肆虐，非舉國一緻不能抵抗，舉國一緻，非各派首先聯合無由實作","國、共兩黨為中國兩大政黨，兩黨重新合作則抗日統一戰線告成"。之後，陳毅下山赴大餘、贛州，與國民黨當局進行談判。
看着歡送自己的遊擊隊員回轉大山的身影，陳毅感到自己肩上責任重大。第一次國共合作的教訓還曆曆在目，于是他百感交集，有感而發，做《生查子．國共二次合作出山口占》一詞："十年争戰後，國共合作又。回念舊時人，潸然淚沾袖。抗日是中心，民主能自救。堅定勉吾侪，莫做陳獨秀。"
彭育英在國民黨中算是深明民族大義的人。有他的協助，談判過程比陳毅想象得要順利一些。陳毅與國民黨地方當局達成初步協定之後，項英于9月下旬即赴贛州，與國民黨談判有關國民黨軍從遊擊區域撤退、釋放政治犯、紅軍遊擊隊改編為抗日義勇軍等問題，準備達成最後協定。
直到此時，項英和陳毅依然沒有和黨中央直接聯系上。由于不了解黨中央關于南方紅軍遊擊隊與國民黨談判改編的方針、原則及具體辦法，項英在談判中也出現了一些偏差。如他在給中共閩浙臨時省委書記劉英的信中所附的《收編實施辦法》中要求："各收編部隊自改編以後必須絕對服從政府一切指令"；在與國民黨江西省當局達成的《收編12條》協定中，同意紅軍遊擊隊調離遊擊區，并在9月29日發表的《告南方遊擊隊公開信》中，要求各地遊擊隊"接信後立即集中聽候點編，統一于國民政府之下，效命殺敵"。在當時的特定情況下，其中許多判斷失誤，是誰也無法避免的。
9月底，項英聽說博古等人在南京工作，立刻發去一封電報。
三年之中，中共中央一直也在盡力尋找着留在南方的各路紅軍遊擊隊。當從報紙上獲悉項英和陳毅并沒有犧牲，而且還在與國民黨當局進行談判，中央上司都感到非常高興和欣慰。
但中共中央發現項英在談判中同意紅軍遊擊隊集中改編，感到非常不安。
10月1日，中共中央書記處緻電張雲逸等，指出："項英同志似還不明白統一戰線中保持獨立性原則，似還更不明白，不應無條件集中、而應保持南方戰略支點的原則，他在南昌的做法帶着危險性，望速通知他來延安讨論。"【《中共中央檔案選集》第11冊（1936-1938年），中共中央黨校出版社1991年版，第363頁。】10月2日，張聞天、毛澤東在緻博古、葉劍英的電報中再次提到："速電項英到南京，告以政策，到甯後并令其來中央讨論。南方遊擊隊萬不宜集中，項在江西的做法上了國民黨的當。"【《新四軍．文獻》(1)，解放軍出版社1988年版，第41頁。】同時，中共中央連續急電西安、南京、武漢和香港等地的中共代表，要他們迅速設法向項英轉達中共的正确政策。
根據中共中央的要求，博古、葉劍英對項英與國民黨的談判過程作了了解，給中共中央回信："因情況不明，項、陳在談判中有些不妥處，但總的方向是對的。"【《新四軍．文獻》(1)，解放軍出版社1988年版，第55頁。】1937年10月中旬，博古又派顧玉良攜帶信件，從南京來到了贛粵邊遊擊區。
顧玉良的到來給項英和陳毅帶來了莫大的欣喜，三年的時間裡，他們日日夜夜都在盼望能和黨中央取得聯系，現在黨中央派來的人就在眼前啊！
他們的手緊緊握在了一起。
顧玉良向項英、陳毅傳達了中共中央有關訓示精神。之後，項英就匆匆與顧玉良一同去了南京。但項英沒有想到，這竟是他與贛粵邊遊擊區的最後離别。