一提到民國軍閥，很多人第一反應是“北洋”，然而凡事都有例外，比如在網上臭名昭著，稱霸甘青甯三省近百年的馬家軍就出自湘軍，而且還是左宗棠一手扶起來的。
17世紀，伊斯蘭教的蘇菲教派傳入中國，與西北封建勢力相結合，形成了回民特有的“門宦”制度。在門宦制度之下，每個門宦的教主對信衆都有着生殺予奪的權力，俨然一方土皇帝，是以自乾隆末年起，西北的叛亂屢禁不止。
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到了清朝末年，太平天國之亂使得清政府對西北的控制松弛，在同治元年，陝西的宗教領袖率先發動叛亂，随後甘肅的宗教領袖也聞風而動。清廷急令在南方與太平軍鏖戰的八旗悍将多隆阿領兵北上。
叛軍多為裹挾的農民，戰鬥力根本無法與太平軍相提并論，在多隆阿的打擊之下迅速潰敗，紛紛逃往鄰省的甘肅。多隆阿掀起了清政府平定陝甘叛亂的第一波高潮，也為日後左宗棠經營西北打下了堅實的基礎，然而卻在追敵中不幸身中流矢，不治身亡。
接替多隆阿的是他的副手穆圖善，與多隆阿的強力鎮壓不同，穆圖善力主招撫，導緻叛亂死灰複燃，這就是左大帥率領老湘軍進陝甘平亂的曆史背景。與多隆阿的斬草除根、穆圖善的消極妥協不同，左宗棠采取了剿撫并重的政策。
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掃清陝西的餘孽後，左宗棠需要面對的甘肅叛軍主要有四股：“甘肅（民國以前甘肅包含甯夏、青海）自甯夏發難，踵而興者，馬化龍反靈州，馬桂源反西甯，馬文祿反肅州，馬占鳌反河州。”
這四人中以馬化龍和馬桂源實力最為強大。馬化龍人不僅“富甲一郡，捐有武職”，而且還是新教教主。利用教主身份，馬化龍廣泛地發動信徒，使得他的老巢金積堡十餘年來一直是甘肅叛亂的中心。
西甯的馬桂源是老教教主，華門寺門宦創始人馬來遲的四世孫，宗教威望極高，但年紀輕，缺乏政治和軍事經驗，且無堅定的反清意志。馬文祿和馬占鳌實力則遜色很多，最重要的是沒有世襲的宗教職位。
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清政府始終奉行着乾隆制定的“以穆治穆”的政策，不過左宗棠敏銳地意識到西北民族問題失敗的根源就是隻單純地籠絡了宗教領袖，卻沒有摧毀背後的門宦制度。教主對百姓的控制超過官府，社會沖突一旦激化，必然産生叛亂。
針對這種情況，左宗棠首先調集重兵，對馬化龍施以重手。清軍攻陷金積堡後，左宗棠淩遲處死馬化龍父子，斬首其父兄子侄八十餘口，全家婦孺發配充軍，一萬名信徒全部被遷徙至“苦甲天下”的固原等地安插。
看到馬化龍一門的慘劇，甘肅叛軍首領們各個心急如焚，河州的馬占鳌最先動了投降的念頭。在太子寺一戰中，馬占鳌和其副手馬海宴出奇制勝，擊斃清軍主帥傅先宗、徐文秀，斬首将佐140餘人，制造了左宗棠生平最大敗績。
清軍全線潰敗，然而馬占鳌并沒有乘勝追擊，而是派兒子馬安良到清軍大營負荊請罪。馬占鳌此舉正中左宗棠下懷，河州叛軍随即進入湘軍系統，被編為“馬旗三隊”。
成為清軍的中旗督帶後，馬占鳌立刻投入到平亂之中，并在西甯城破後，成功誘捕了以馬桂源為首的十三名老教首領。為了掩蓋當初叛亂串聯的秘密，馬占鳌将他們毒啞熏瞎，挑斷手筋腳筋，送往蘭州請功。
左宗棠扶植馬占鳌為代理人，原本世襲的教權被強行地插入了一股依附與官府的政治軍事力量。馬占鳌及其子馬安良依靠清政府的力量，對宗教勢力進行了長達20餘年的打壓，最終讓軍權、政權後來居上，架乎教權之上。
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在這個過程中，随着清王朝的衰敗，西北馬家軍逐漸崛起，最終在民國時期成為割據一方的大軍閥。不過他們也清醒地知道自己的統治合法性來自中央政府的任命，一旦背叛中央或是接受日軍的策反，教權勢力會立刻反撲，是以說抗戰時西北沒有像東北、内蒙一樣出現分裂勢力，在一定程度上也要感謝左大帥的深謀遠慮。
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