秦始皇辭世後，趙高以說服胡亥并威脅李斯的方式，三人密謀僞造秦始皇的诏書，使胡亥得以繼承大統。同時，他們以秦始皇的名義，對扶蘇和蒙恬進行指責，稱扶蘇為子不孝，蒙恬為臣不忠，逼使他們自殺，不容反抗。在得到扶蘇自殺的确認後，胡亥、趙高和李斯才下令車隊晝夜兼程，急速傳回鹹陽。為了繼續欺騙天下，車隊并未選擇捷徑，而是裝作繼續巡視的模樣，繞道而行。然而，因夏日酷暑，秦始皇的遺體已然腐臭。為了掩蓋真相，胡亥等人買來了大量魚裝于車上，企圖混淆視聽。抵達鹹陽後，胡亥繼位，是為秦二世，趙高擔任郎中令，李斯則繼續擔任丞相，然而朝廷的實權已落入趙高之手。
趙高陰謀得逞後，開始對身邊的人下手。他精心設下陷阱，逐漸将李斯逼入絕境。李斯察覺趙高的陰謀後，曾上書揭露趙高的罪行。然而，秦二世胡亥不僅偏袒趙高，反而将李斯治罪，最終将其腰斬于鹹陽。趙高是以升任丞相，因其可以自由出入宮禁，特被稱為“中丞相”。
秦朝設有史官，留下著作《秦紀》，司馬遷應該是依據這部史書來記載秦朝的曆史。此外，秦朝衆多官員中，必有人著書立說，這些資料都可以作為旁證。然而，這些書籍後人已無法見到，司馬遷通過重新整理這些記述，使得後人能夠通過《史記》了解秦朝的情況。實際上，篡改秦始皇遺诏這件事必定有秘密的記載，而這些秦朝的秘密檔案在漢朝已不再是秘密，是以司馬遷能夠公開記述，使後人得知秦始皇的遺诏是被篡改的。
遺诏是皇帝死後才公布的，秦始皇生前并未留下相關诏書，是以遺诏的真實性本身就存在疑問。趙高和李斯合謀後，李斯作為僞诏的起草者，其遺言結合其他史料，進一步證明了僞诏的事實。
關于秦始皇的遺诏，衆說紛纭，但都隻是猜測。由于秦始皇生前并未留下相關诏書，遺诏的真實性令人懷疑，而二世又昏庸無能，是以秦始皇将皇位傳給他的決定也顯得頗為蹊跷。
至于秦始皇的子女數量及其下落，千百年來一直是個謎。史書中有明确記載的隻有長子扶蘇、少子胡亥、公子高和公子将闾四人。有史書稱秦始皇有12個兒子，其中還提到了他的第十個女兒被殺，由此推測，秦始皇至少有二三十個兒女。據專家考證，秦始皇共有子女33人。在這33人中，除胡亥在趙高和李斯的合謀下成為秦二世外，其餘32人均遭不幸。長子扶蘇因僞诏賜死，胡亥登基後，擔心其兄長不滿，故大肆殺戮，史書記載有将“六公子戮死于杜”，将十二公子殺戮于鹹陽市的記錄。公子高為避禍曾打算逃亡，但又擔心家族受牽連，于是上書請求為秦始皇殉葬，胡亥準其請求。公子将闾及其昆弟3人，被迫自殺。胡亥不僅處死了所有的哥哥，對其姐妹也不放過，史書記載他将“十公主戮死于杜”。胡亥為了保住皇位，不惜殺害衆多兄弟姐妹。
近年來，秦陵考古的新發現為我們提供了有關這一方面的線索。1976年10月，在秦陵東側上焦村附近發現了一組陪葬墓群，共17座。考古工作者發掘了其中8座，每座墓中都有一棺一椁；其中7座墓中各有一具人骨，包括五男二女。在一座墓中，棺内僅有一把青銅劍，未見人骨。令人驚奇的是，棺中屍骨零亂不堪，有的軀體與四肢分離，有的頭骨與軀幹分離，還有的頭骨上有箭頭。這些現象表明墓主系非正常死亡。然而，墓中的随葬品卻極為豐富，包括金、銀、銅、鐵、陶、玉、蚌、貝、骨、漆器及絲綢殘片等二百餘件，這種規格顯示出墓主人具有一定的身份。這些有一定身份而又遭遇殘酷殺害的墓主都被葬在陵園附近，說明他們與陵園陪葬有着密切的關系。這不禁讓人聯想到那些被殘酷殺害的秦始皇子女。在發掘過程中，人們還在墓坑裡發現了挖墓人烤火的遺迹，這表明當時天氣寒冷，與胡亥誅殺諸公子的時令相吻合。是以，專家分析認為，這些墓葬的主人很可能是秦始皇的兒女。在發掘過程中，還發現了兩枚私印，一枚為“榮祿”，出土于男性墓中；另一枚印文為“陽滋”，出土于女性墓中。如果推斷正确的話，“榮祿”應該是秦始皇兒子的名字，“陽滋”則是秦始皇女兒的名字。随着考古工作的深入，人們有望擷取更多證據，屆時秦始皇子女下落之謎有望被徹底揭開。