明代各省同時同地，既設巡撫又設巡按，那麼兩者之間到底有何本質差別呢？大緻來看，主要有以下幾個方面的差異：
其一是編制不同。巡按是都察院的常職官員，隸屬十三道監察禦史之列，在外則稱巡按。
巡撫自景泰以後皆加“憲銜”，統稱為“巡撫都禦史”，但是他們本身不是都察院的常職官員，其原職多為在京各部院、寺監之尚書、侍郎、卿官；
其二是巡撫的級别低于巡撫。巡按不分省份皆為七品官，主掌監察，屬于專職監察官員；巡撫的級别較高，正四品至正二品之間，其職掌範圍比較廣泛，節制三司、統兵領土，負責一省之全局；
其三是任命方式不同。巡撫的任命雖然也是吏部提名推薦，但是必須獲得都察院的同意；而巡撫的任命，照例由吏部推舉，都察院沒有任何發言權。
此外，巡按一般是有固定任期的，滿差考核稱職後即要回京述職另委差事；巡撫則無固定任期，并且向久任地方的趨勢發展。是以朝廷有制度，巡撫上任準許攜家眷赴任，而巡按上任則規定一律不準攜帶家屬。
