1624年，荷蘭人占領台灣後，便在大員（今台南市安平區，當時還是一座小島）建造一座堅固的城堡熱蘭遮城， 成為荷蘭人在台灣的統治中心。荷蘭人在大員建立城堡的第二年，又用十五匹棉布的代價又向台灣原住民購買了一塊土地， 後來在這裡建造了一座普羅民遮城。
荷蘭人占領台灣後，這讓在菲律賓呂宋島的西班牙人大為緊張，他們怕荷蘭人會阻斷呂宋島到中國大陸和日本的貿易航線。1626年，西班牙派出艦隊繞過台灣本島的最東點三貂角，進入基隆港，占領台灣本島最北端的社寮島（今和平島）， 并且在這裡建築了聖薩爾瓦多城。1628年，又占領滬尾（今台灣淡水港），并建築了聖多明哥城（今紅毛城）。這樣，西班牙人實際上與荷蘭人分據占領了台灣，形成對峙局面。
西班牙人主要占領的是北台灣地區，全盛時期他們在北台灣建立了三個省區：淡水、哆啰滿（台灣新北市貢寮區）、蛤仔難（台灣宜蘭縣）。
西班牙人占領台灣有兩個目的，一是傳教，一是作為貿易據點。西班牙人占領北台灣後積極推廣天主教，到處建教堂 ，據說還真有一些原住民信奉了天主教。
當然，西班牙人最重要的目的還是希望以北台灣作為貿易據點。可是後來西班牙人發現這個據點其實用處不大，中國正閉關鎖國根本無法貿易，後來連日本也閉關鎖國了，也無法貿易。這個據點的作用日漸減小。
加上當地原住民極力反抗西班牙人的統治，燒毀了他們的聖多明哥城（今紅毛城），沖突越來越激化。後來，西班牙在亞洲的根據地菲律賓呂宋島發生動亂，西班牙人趕緊從台灣調走大部分兵力，前往呂宋島平亂。
可别忘了，南台灣是荷蘭人的據點，當他們得知西班牙人前往呂宋島支平亂了，那麼西班牙人在北台灣的防禦自然就很薄弱了。于是在1642年，荷蘭人派出船艦北上進攻西班牙人的據點，由于守兵不多身單力薄，沒怎麼抵抗就開城投降了。
是以，從1626年到1642年西班牙人也曾在北台灣殖民統治了16年。
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