源子恭是鲜卑族，本姓秃发氏，是北魏太尉源贺的孙子，他爹源怀任司徒，出生起点就比较高。父亲和爷爷都是北魏重臣，早期就担任了司空参军、司徒祭酒等职位。源子恭聪明好学，起初也是参与政事，属于文人一派，但是作为北方少数民族多多少少都会点骑射功夫的，只是没有那些名将有名。
难得的是一个政客也有领兵打仗的才能，当时河州羌族人却铁忽反叛，杀害了行政长官，北魏朝廷诏令源子恭领兵讨伐。这股反叛势力应该不是很大，第一次带兵出征的源子恭，首先应该是没有任何的作战经验，还有一个政客他所能想的和武将们想的层次不一样。所以源子恭这次出征只用了二十天就分解了这股反叛势力，叛军投降了北魏。
这时的北魏内部严重的腐败，有压迫的地方就有反抗，很快秦益地区的氐族开始反叛朝廷。北魏朝廷诏令河间王元琛前去讨伐，源子恭为都督作为河间王元琛的军师。两人一搭伙，一战就平定了氐族的反叛，朝廷为了稳住秦益地区，就让源子恭留下来安抚当地百姓。
源子恭正带领当地百姓发展的时候，这时候历史大事件就来了，六镇起义爆发了。朝廷正是用人之际，源子恭前两次平叛的表现也是得到朝廷的认可，于是就掉源子恭回来镇压六镇起义。源子恭回朝后，任河内太守，加后将军。看到北魏内部起义不断，平绛蜀和建兴蜀暗中勾结，一同起义反叛朝廷。对于这种少数民族的起义，源子恭平定他们还是有点心得的，所以北魏就加封源子恭为征建兴都督。和正平都督长孙稚联合讨伐这两股叛军。
两人一去就把叛军给收拾了，两股叛军的首领只好投降北魏，平定这两股叛乱后，朝廷任源子恭为抚军将军。真是一波未平，一波又起，这边刚平定叛军，南梁就来入侵了。当时北魏郢州刺史元愿达以郢州城归降梁武帝萧衍，源子恭奉命前去收复，这时南梁大将夏侯夔带领几万大军来攻打源子恭。这是源子恭第一次和正规军作战， 夏侯夔乘自己兵多将广，把大军分成两路夹击源子恭，源子恭不慌不忙，根据当前形式采取有力的反击，大败夏侯夔。
夏侯夔被击退后，南梁豫州刺史夏侯亶又派遣四位将军，带领三万大军想来找回场子，源子恭领兵迎击，又一次大败梁军。侵犯的梁军被击溃，朝廷加封源子恭为镇南将军。两次败在源子恭手里的南梁军还是不甘心，于是在南梁直阁将军胡智达的带领下，第三次来找源子恭的麻烦。又一次被击溃，而且这一战还斩杀了胡智达。一位政客，变成了战场上的将军，而且几战下来都是以碾压的方式赢得胜利。
虽然说这时候的北魏风雨飘摇，孝明帝元诩被胡太后毒死，尔朱荣进入洛阳，搞了一场大政变，拥立了元子攸为帝。源子恭完全从政客上升到武将了，反正都是在为北魏王朝卖命，谁当这个皇帝都一样，只要不是外姓人。因为尔朱荣发动河阴之变，北魏皇室一部分亲王逃到南梁，请求梁武帝派兵帮忙，比如北海王元颢。
梁武帝也是乐意帮忙，大手一挥，派了大将陈庆之带领七千人马就去闯荡北魏了，让萧大师没想到的是，陈庆之凭借七千人马，硬生生的把元颢送进了洛阳，还把元子攸赶跑了。源子恭在接受元颢的册封的同时，也在暗地里打探元子攸的下落，幸好没过多久尔朱荣又把元颢给打跑了，元子攸回到洛阳后加源子恭征南将军、兼右仆射。
很快源子恭迎来了自己的第一次失败，孝庄帝元子攸杀了尔朱荣以后，尔朱家的几个大佬肯定不干了，要攻陷洛阳杀了孝庄帝元子攸。尔朱世隆、尔朱度律占据河桥，孝庄帝元子攸任命源子恭为都督，讨伐尔朱家的人。虽然击败了尔朱世隆，但是源子恭的部下出卖了他，使得源子恭被尔朱兆击败了。由于源子恭家几代都是朝廷重臣，有一定的威望，而且源子恭也是有才有德的人，尔朱家的人也没难为他，不久又把他给放了。
尔朱家拥立了元恭为帝，源子恭任骠骑将军，南梁的萧大师想给北魏弄点麻烦，就任命蛮人雷乱清为兖州刺史，带领他的蛮族到处抢夺，源子恭受命前去讨伐，一群乌合之众被源子恭分分钟搞定，朝廷又让他管理兖州，剿灭余匪，按抚百姓。
高欢拥立北魏孝武帝元修上位后，源子恭入朝任吏部尚书，加骠骑大将军。后来又根据他的战功给他封了开国子的爵位，元修投靠宇文泰以后，高欢拥立了元善见为帝，北魏分成了东、西两魏，源子恭凭借战功被东魏皇帝任命为魏尹，又任高欢的军师，高欢这些的奸雄都要拜他为军师，可见他的战略思想和眼光是让高欢佩服的，可惜刚刚升迁就病死了，朝廷赠源子恭为司空公、兖州刺史，谥曰文献。