美国La Jolla免疫研究所的一个研究小组与J. Craig Venter研究所的研究人员合作，使用SARS-CoV的数据来预测SARS-CoV-2的哪些部分能够激活人类免疫系统。美国La Jolla免疫研究所的一个研究小组与J. Craig Venter研究所的研究人员合作，使用SARS-CoV的数据来预测SARS-CoV-2的哪些部分能够激活人类免疫系统。
免疫学家使用了SARS-CoV冠状病毒(目前与SARS-CoV-2的关系最为密切)中的数据来识别免疫系统的B细胞和T细胞可以反应的病毒区域。研究人员说，他们的发现为疫苗设计提供了关键信息。
该研究的主要作者，美国拉荷亚免疫研究所（LJI）传染病和疫苗研究中心教授Alessandro Sette博士说：“目前，关于病毒哪部分引起人类强烈反应的信息还很有限。” “了解某些病毒区域的免疫原性，换句话说，了解免疫系统对病毒的哪个部分做出反应以及强度如何，与有希望的候选疫苗的设计及其评估具有直接的关系。”
这些表位还使得能够形成存储单元，如果再次遇到相同的结构，则驱动更快的响应。这些病毒表位及其相对免疫原性的图谱可能会有益于尝试设计或修饰疫苗以预防COVID-19的研究人员。
他们的研究中，研究小组使用了基于LJI的免疫表位数据库(IEDB)的可用数据，该数据库包含来自3600种不同物种的600,000多个已知表位，以及病毒病原体资源(ViPR)，这是有关病原病毒信息的补充存储库。该小组从SARS-CoV汇编了已知的抗原决定簇，并将相应区域定位到SARS-CoV-2。
Sette实验室的博士后研究员Alba Grifoni博士解释说，能够将10个B细胞表位定位到新的冠状病毒，并且由于SARS-CoV和SARS-CoV-2之间总体上高度相似，因此SARS-CoV中具有免疫优势的相同区域的可能性很高，它们在SARS-CoV-2中也占主导地位。
- 尖峰糖蛋白上有五个-病毒表面的冠状投影；
- 膜蛋白中有两个-膜蛋白包埋在包裹病毒外壳的膜中；
- 核蛋白中的三个-病毒的外壳是由核蛋白形成的。
在类似的分析中，T细胞表位也主要与棘突糖蛋白和核蛋白相关。
Grifoni博士还使用IEDB托管的表位预测算法来预测线性B细胞表位，该方法还指出了较早发现的两个刺突蛋白表位。
为了证实基于与SARS-CoV同源性而鉴定出的SARS-CoV-2 T细胞表位，Grifoni博士将它们与IEDB精确确定的表位进行了比较。使用这种方法，能够验证基于与SARS-CoV的序列相似性鉴定出的17个SARS-CoV-2 T细胞表位中的12个。
Sette博士说：“发现许多B细胞和T细胞表位在SARS-CoV和SARS-CoV-2之间高度保守的事实为疫苗开发提供了一个很好的起点。” “专门针对这些区域的疫苗策略可能产生的免疫力不仅具有交叉保护作用，而且还对正在进行的病毒进化具有相对的抵抗力。”