天京内讧的起因主要源于东王与天王的矛盾。从太平天国的整体形势看，一直趋好。尤其是在太平军定都天京后，全军的将士革命热情更加高涨，军事实力日益强大。太平军不断在其他省份连连取得胜利，清军反而越来越受挫，很难组织起有效的反击，更难以对太平军形成致命性的攻击。随着战事的深入，太平军对清军的作战越发得心应手，游刃有余。又经过三年的苦战，太平军基本上稳定了长江中下游的局势。然而，这一切利好局面并不能掩盖其潜在的危机。太平天国的矛盾并不在外部，而是在领导核心层。就像所有历朝历代的农民起义军一样。
当打下江山后，立刻面临了领袖之间的分赃问题。太平天国虽然只是成了一半的伟业，但是其核心领导层中的天王洪秀全与东王杨秀清，矛盾却越来越深。
两人之间的不快其实早就存在。那是在1848年春，彼时太平天国运动方兴未艾，与洪秀全一起的合伙人冯云山被地方团练逮捕，送往广西知县门囚禁。当时，洪秀全人在广州，无法对广西进行直接指挥。教众时群龙无首，处于一片混乱。眼看太平天国就要分崩离析。
此时，烧炭工出身的杨秀清异军突起，承担了太平军的领导责任
。他用一种不可思议的方式，最终力挽狂澜，稳住了军心。那时候，广西 民间非常相信“附身” 的说法。杨秀清就用这个概念，向教众宣称自己是天父耶和华附身，上帝要借用他的身体传达旨意。很多教众相信了他的说法，并且很快团结在他的周围，拜上帝教在险境中绝处逢生。
02
杨秀清身上的确有领袖的特质。他出身并不好，他出生于广西桂平市紫荆山平隘新村一一个贫苦的农民家庭，父亲杨亚齐，母亲古氏。小时候杨秀清就命运多舛，早早就经历了人生的悲欢离合。他5岁丧父，9岁丧母，由伯父杨庆善抚养成人。这些经历让杨秀清比同龄人更早成熟，他对人间的悲喜自然有很深体会。
杨秀清成年后，不光没有书读，甚至也没有田地耕种，他只能以种 山烧炭为业，经常要翻山越岭去卖炭，承受着商人的剥削，换回一升半斗米，过着饥寒交迫的生活。
不过，在穷困环境中生活的经历，让杨秀清变得能够忍辱负重，而且深谙世故、善于交游。
1846年，在冯云山的影响下，杨秀清加人拜上帝教。起初，杨秀清只是普通成员，还未站到反清斗争的前列。不过，
杨秀清是个善于把握机会的人。
自从1848年那次拜上帝教的危机后，杨秀清自称耶和华附身，成功将教众团结起来后，他在拜上帝教内部的威望大涨。其政治势力也借机提升，正式取得了代天父传旨的特殊地位，并一跃成为拜上帝教的领导者之一。
按太平天国自已发明的理论，天王洪秀全是上帝之子，是上帝派来解救人间的最高代表。但是，如果杨秀清自称“天父"“附身”，他就是代表耶和华，地位一下子就比“天王”洪秀全还要高。虽然当时领导层之间还没因为此事而公开争执，但这实际上将两人的隐患就此埋下。1851年12月永安封王时，杨秀清晋爵东王，称九千岁，拥有节制诸王的权力，执掌军事最高指挥权。尽管在名义上看，东王杨秀清仍在天王洪秀全之下，
但他时不时地以天父下凡的名义，直接越过洪秀全，
给太平军部众发号施令。本来就权力欲很强的洪秀全虽然嘴上不说，但内心却极为不满。
定都天京之后，两人的矛盾越来越多。杨秀清已经开始明目张胆地反对太平天国的最高领袖洪秀全，且毫不克制。比如洪秀全想刊印新、旧约圣书，杨秀清却下令终止此事，洪秀全也无可奈何。杨秀清显然存心与他的顶头上司对着干，如果洪秀全想要否定孔孟学说，而杨秀清则予以肯定、支持，故意让天王下不来台。
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杨秀清一直以天父的 身份压制洪秀全，洪秀全的实际地位已经低于东王。杨秀清曾经借着抓住洪秀全的把柄，大演“天父下凡”的戏码，不仅恶语相向，逼迫洪秀全称他为万岁，而且以棍棒来惩罚洪秀全，甚至对其同党采用侮辱性的言辞。如此明目张胆地谋反，让洪秀全敢怒不敢言。
另一次事例更为夸张，当时杨秀清假装生病，要洪秀全前去探视
。洪秀全本来并不想去，作为一国天子，总要顾及一点身份，委屈自己看望臣子总归不好听，而且要是传到众大臣耳朵里，让领袖的尊严何在?但是，洪秀全迫于杨秀清的势力太大，他只好忍气吞声，不得不去东王府看杨。这是洪秀全第一次走出自己的天王府，跑到杨秀清的卧室问候。然而，就是这样低三下四，杨秀清见洪秀全来了之后，还故意不理他，
还低声说，人家都说天无二日， 人无二主，秦时二日相斗，这是为什么啊?
洪秀全大惊失色，杨秀清这是在赤裸裸地逼迫他退位，与谋反无见洪秀全本来想发怒，但受制于在杨秀清的地盘，担心对方早已设下埋伏，对自己极为不利。他突然灵机一一动，命令手下，赶紧对杨秀清九叩首，大呼东王万岁。
04
洪秀全的举动反而让杨秀清吓了一大跳。他的最初想法本不是直接加害洪秀全，只是想进一一步让他下不来台，给天王一点羞辱，但洪秀全 以退为进的做法反倒让他无话可说。杨秀清一下 子面临两难处境，
他如果此时正面接受洪秀全的部下称呼，安然当‘‘万岁”，那便是公然地欺君犯上，即便获得皇位也名不正言不顺，很可能遭到所有人的反抗。
要是承认自己之前的言语不当，那他也不甘心，说不定天王还趁机治他的罪。他见形势不妙，只好打起呼噜装睡下去。
洪秀全回到天王府后，吓得长时间缓不过来。探望杨秀清这次经历可谓绝处逢生，险些就回不来。他也开始思索，长此以往不是办法，必须要解决这个心腹大患，否则他的王位早晚被杨秀清拿下。于是，他赶紧密诏正在外线作战的北王韦昌辉、顶天侯秦日纲率部回京，与他们商量除掉杨秀清的计划。
1856年9月1日，韦昌辉率亲信部队三千回天京。按照洪秀全的部署，他立即和已经回京的秦日纲见面，两人仔细规划了行动方案。他们为了防止夜长梦多，担心杨秀清的密探掌握洪秀全的动向，便立刻秘密封锁了通往东王府的街道，并让重兵包围了杨秀清的住宅，只等天王的正式命令。此时，杨秀清还浑然不觉。
等到一切安排停当，第二天凌晨，时机已到，韦昌辉率亲兵冲进东王府。杨秀浦的守卫来不及防卫，便被韦昌辉轻易拿下。他们直接冲到杨秀清的卧房，此时，杨秀清还在睡梦中。东门破门而入，对前来阻挡的军士大喊:“天王有命，杨秀清谋逆不轨，叫我立即诛杀之。”随后，韦昌辉进得房门，举刀刺人杨秀清的胸膛，顿时鲜血四溅，杨秀清倒地身亡。