大家好,我是小马老师。
本文讲解lammps海水淡化模拟的建模方法。
模型如下图所示,左侧部分为海水,主要成分为8000个水分子、800个Na+、800个Cl-,中间绿色部分为三层石墨烯。
![](https://img.laitimes.com/img/_0nNw4CM6IyYiwiM6ICdiwiI0gTMx81dsQWZ4lmZf1GLlpXazVmcvwFciV2dsQXYtJ3bm9CX9s2RkBnVHFmb1clWvB3MaVnRtp1XlBXe0xCMy81dvRWYoNHLwEzX5xCMx8FesU2cfdGLwMzX0xiRGZkRGZ0Xy9GbvNGLpZTY1EmMZVDUSFTU4VFRR9Fd4VGdsYTMfVmepNHLrJXYtJXZ0F2dvwVZnFWbp1zczV2YvJHctM3cv1Ce-cmbw5SN3gzN0U2MiNjNykDM4ImNyYzX0EzNwQTM5IzLcRDMyIDMy8CXn9Gbi9CXzV2Zh1WavwVbvNmLvR3YxUjLyM3Lc9CX6MHc0RHaiojIsJye.png)
案例仅演示建模方法,参数是随便取的,水分子及NaCl的个数可根据需要替换。
水分子类型为TIP4P,分子模型文件为TIP4P.txt。
下面为完整建模文件,新建一个文本文件如in.water,把代码粘贴到in.water中,同时把TIP4P.txt保存到同一文件夹,在lammps中运行lmp -in in.water即可得到模型文件all.data。
#模型基本参数
units real
atom_style full
boundary p p p
#自定义石墨烯晶格
lattice custom 2.4768 a1 1.3727 0.0 0.0 a2 0.0 1 0.0 a3 0.0 0.0 1.732 &
basis 0.0 0.0 0.33333 &
basis 0.0 0.0 0.66667 &
basis 0.0 0.5 0.16667 &
basis 0.0 0.5 0.83333
#定义box尺寸
region box block 0 45 0 25 0 20
#创建box
create_box 5 box bond/types 1 angle/types 1 extra/bond/per/atom 2 &
extra/angle/per/atom 1 extra/special/per/atom 2
#填充石墨烯原子
region graphene block 90 100 INF INF INF INF units box
create_atoms 5 region graphene
#创建海水区域
region water_region block 2 88 INF INF INF INF units box
#定义TIP4P水分子
molecule water TIP4P.txt
#填充水分子,水分子个数8000
create_atoms 0 random 8000 9090 water_region mol water 9567 units box
#随机填充Na原子,个数800个
create_atoms 3 random 800 8989 water_region
#设置Na电荷,Na原子变为Na+
set type 3 charge 1.0
#随机填充Cl原子,个数800个
create_atoms 4 random 800 8900 water_region
#设置Cl电荷,Cl->Cl-
set type 4 charge -1.0
#设置摩尔质量
mass 1 15.9994
mass 2 1.008
mass 3 28.990
mass 4 35.453
mass 5 12
#保存轨迹文件
write_data all.data
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