文章目录
一、测试环境及工具
二、Aspera 下载
三、安装及配置
1. 解压
2. 安装
3. 配置许可
4. 配置程序环境变量
5. 配置秘钥
四、测试
1. 一个例子
2. 常用参数介绍
3. 下载地址的构建
4. EBI查询整个项目的资源文件
6. 查看下载链接
五、为什么这里要建议选EBI，而不用NCBI？
一、测试环境及工具
Linux(Ubuntu 18.04.1)
Aspera (Aspera Connect version 3.9.9.177872)
Aspera 适用于所有的 Linux 版本，可以按步骤测试在CentOS，Fedora等其他 Linux 发行版的效果
二、Aspera 下载
官网下载：http://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list
csdn下载： https://download.csdn.net/download/u011262253/10402259
wget 下载：wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.9/ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar.gz
三、安装及配置
1. 解压
tar -zxvf ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar.gz
2. 安装
./ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.sh
3. 配置许可
sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin/
4. 配置程序环境变量
vim ~/.bashrc
在末尾加上你的aspera所在目录
export PATH="/home/baimoc/.aspera/connect/bin:$PATH"
立马生效
source ~/.bashrc
5. 配置秘钥
新建配置目录
mkdir /home/baimoc/.aspera/config/
复制到配置目录
cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh /home/baimoc/.aspera/config/
四、测试
1. 一个例子
ascp -QT -L /home/baimoc/logs -l 100M -P33001 -i /home/baimoc/.aspera/config/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:/vol1/fastq/SRR689/SRR689233/SRR689233_1.fastq.gz ./out_path
2. 常用参数介绍
命令
含义
ascp
aspera的可执行文件
-QT
禁用进度显示
-L /home/baimoc/logs
日志文件路径
-l 100M
最大传输
-P33001
SSH传输端口
-i /home/baimoc/.aspera/config/asperaweb_id_dsa.openssh
密钥文件路径
[email protected]:/vol1/fastq/SRR689/SRR689233/SRR689233_1.fastq.gz
资源路径
./out_path
文件保存路径
3. 下载地址的构建
[email protected]:/vol1/ERA012/ERA012008/sff/library08_GJ6U61T06.sff
NCBI：[email protected]:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra
可以看到最关键的前缀是：er[email protected]:或[email protected]:
4. EBI查询整个项目的资源文件
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA189204
6. 查看下载链接
提取对应列，即可下载相应的资源文件
五、为什么这里要建议选EBI，而不用NCBI？
这个是在 NCBI 下载时的链接及提示：
简单来说就是：
现在NCBI正在将数据传输至亚马逊云 AWS 和 谷歌云 GS
美国境内服务器免费，其他的服务器收费，用户自己掏钱
由于正在迁移，所以NCBI也不保证数据的完整性
虽然也提供了免费的链接，但是实测速度奇慢无比