一、测试环境及工具
Linux(Ubuntu 18.04.1)
Aspera (Aspera Connect version 3.9.9.177872)
![](https://img.laitimes.com/img/_0nNw4CM6IyYiwiM6ICdiwiImVjZwMTZjNWO1kTZvwFcvwVbvNmL1h2cuFWaq5yd3d3Lc9CX6MHc0RHaiojIsJye.jpg)
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二、Aspera 下载
![](https://img.laitimes.com/img/_0nNw4CM6IyYiwiM6ICdiwiImVjZwMTZjNWO1kTZvwFcvwVbvNmL1h2cuFWaq5yd3d3Lc9CX6MHc0RHaiojIsJye.jpg)
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wget 下载:wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.9/ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar.gz
三、安装及配置
1. 解压
tar -zxvf ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar.gz
2. 安装
./ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.sh
3. 配置许可
sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin/
4. 配置程序环境变量
vim ~/.bashrc
在末尾加上你的aspera所在目录
export PATH="/home/baimoc/.aspera/connect/bin:$PATH"
立马生效
source ~/.bashrc
5. 配置秘钥
新建配置目录
mkdir /home/baimoc/.aspera/config/
复制到配置目录
cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh /home/baimoc/.aspera/config/
四、测试
1. 一个例子
ascp -QT -L /home/baimoc/logs -l 100M -P33001 -i /home/baimoc/.aspera/config/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:/vol1/fastq/SRR689/SRR689233/SRR689233_1.fastq.gz ./out_path
2. 常用参数介绍
命令
含义
ascp
aspera的可执行文件
-QT
禁用进度显示
-L /home/baimoc/logs
日志文件路径
-l 100M
最大传输
-P33001
SSH传输端口
-i /home/baimoc/.aspera/config/asperaweb_id_dsa.openssh
密钥文件路径
[email protected]:/vol1/fastq/SRR689/SRR689233/SRR689233_1.fastq.gz
资源路径
./out_path
文件保存路径
3. 下载地址的构建
[email protected]:/vol1/ERA012/ERA012008/sff/library08_GJ6U61T06.sff
NCBI:[email protected]:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra
可以看到最关键的前缀是:er[email protected]:或[email protected]:
4. EBI查询整个项目的资源文件
![](https://img.laitimes.com/img/_0nNw4CM6IyYiwiM6ICdiwiImVjZwMTZjNWO1kTZvwFcvwVbvNmL1h2cuFWaq5yd3d3Lc9CX6MHc0RHaiojIsJye.jpg)
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6. 查看下载链接
提取对应列,即可下载相应的资源文件
![](https://img.laitimes.com/img/_0nNw4CM6IyYiwiM6ICdiwiImVjZwMTZjNWO1kTZvwFcvwVbvNmL1h2cuFWaq5yd3d3Lc9CX6MHc0RHaiojIsJye.jpg)
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五、为什么这里要建议选EBI,而不用NCBI?
这个是在 NCBI 下载时的链接及提示:
![](https://img.laitimes.com/img/_0nNw4CM6IyYiwiM6ICdiwiImVjZwMTZjNWO1kTZvwFcvwVbvNmL1h2cuFWaq5yd3d3Lc9CX6MHc0RHaiojIsJye.jpg)
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![](https://img.laitimes.com/img/_0nNw4CM6IyYiwiM6ICdiwiImVjZwMTZjNWO1kTZvwFcvwVbvNmL1h2cuFWaq5yd3d3Lc9CX6MHc0RHaiojIsJye.jpg)
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简单来说就是:
现在NCBI正在将数据传输至亚马逊云 AWS 和 谷歌云 GS
美国境内服务器免费,其他的服务器收费,用户自己掏钱
由于正在迁移,所有NCBI也不保证数据的完整性
虽然也提供了免费的链接,但是实测速度奇慢无比