第十三条 合同存在无效或者可撤销的情形，当事人以该合同已在有关行政管理部门办理备案、已经批准机关批准或者已依据该合同办理财产权利的变更登记、移转登记等为由主张合同有效的，人民法院不予支持。
【条文主旨】
本条是关于备案、批准或登记不影响法院依据其他无效或者可撤销事由认定合同无效或者可撤销的规定。
【理解与适用】
本条的主要规范意旨在于，已经办理备案、批准或登记的合同，存在无效或可撤销事由的，不妨碍人民法院依据无效或者可撤销事由认定合同无效或可撤销。同样，无效或可撤销的合同，也不会因为已经办理了备案、批准或登记手续就转变成为有效合同。实践中，在合同效力认定上，不少中级和基层法院法官往往会存在这样的疑虑，即合同已经在有关行政管理部门办理了备案、批准手续或者依据合同办理了财产权利变更登记、移转登记等手续，还能因为存在效力瑕疵认定其无效或可撤销吗？本条所要解决的就是类似这样的问题。考虑到备案、批准或者登记各自具有不同的法律意义，下文对此进行具体分析。
一、备案与合同效力
备案，指的是把情况用书面形式报告主管机关，供存档备查。备案可以发生在不同国家机关之间。例如，《立法法》第109条规定，行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章应当在公布后的三十日内报有关机关备案。备案也可以发生在上下级机关之间。例如，《森林法》第54条规定，省级政府林业主管部门编制本行政区域的年采伐限额，经征求国务院林业主管部门意见，报本级人民政府批准后公布实施，并报国务院备案。备案还可以发生在市场主体与主管部门之间。例如，《城市房地产管理法》第54条规定，房屋租赁，出租人和承租人应当签订书面租赁合同，并向房地产管理部门登记备案。又如，《城市房地产管理法》第45条第2款规定，商品房预售人应当按照国家有关规定将预售合同报县级以上人民政府房产管理部门和土地管理部门登记备案。
以备案机关是否进行实质审查为标准，备案有审查型备案和告知型备案之分。在审查型备案中，备案机关要对备案文件进行实质性审查，此种备案本质上是权力监督的一种方式。例如，《立法法》第112条规定，全国人大专门委员会、常务委员会工作机构在审查中认为行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例同宪法或法律相抵触，或者存在合宪性、合法性问题的，可以向制定机关提出书面审查意见；制定机关应当在两个月内研究提出是否修改或者废止的意见，并向备案机关反馈。告知型备案的主要目的在于信息报送、登记在案，以便上级机关或主管机关知晓信息、掌握情况，但未备案不影响已经作出决策或者合同的有效性。例如，《民法典》第706条明确规定：“当事人未依照法律、行政法规规定办理租赁合同登记备案手续的，不影响合同的效力。”
民商事审判涉及的备案主要是市场主体向主管机关所为的备案。对应备案而未备案的行为，有的法律明确规定可以课以行政处罚。例如，《证券法》第160条第2款规定，从事证券投资咨询业务以外的其他证券服务业务，应当报国务院证券监督管理机构和国务院有关主管部门备案。未经备案擅自从事证券业务的，依据《证券法》第213条之规定，可以对相关人员和机构给予行政处罚。有的则未予规定。例如，房屋租赁合同、商品房预售合同等未进行备案的，实践中一般不会对未备案的行为进行处罚，其结果是导致备案丧失了应有的对市场主体及其行为的监管作用。但无论如何，未经备案不影响合同的效力，此点已成民商事审判的共识。
值得探讨的是，主管机关对合同进行了备案，是否意味着其已对合同进行了合法性审查，从而该合同就是有效合同？在告知型备案中，主管机关不对合同进行实质审查，已经备案的合同当然不一定就是有效合同。即便是审查型备案，备案机关也主要是对合同是否符合监管要求进行审查，其不应也没有能力对该合同是否属于当事人的真实意思表示进行有效性审查。尤其需要指出的是，认定合同是否有效，是纠纷发生诉讼后作为纠纷解决机构的法院或仲裁机构的职权，换言之，只有法院或仲裁机构有权认定合同是有效还是无效，行政主管机关并无该项职权，这也恰是即使合同已经办理备案手续，也不意味着合同必然有效的根本原因之所在。
二、批准与合同效力
在批准生效合同中，批准机关仅对合同是否依法合规进行审查，并不对意思表示的真实性进行审查，本文将此种审查称为合法性审查，以区别于意思表示的真实性审查。所谓意思表示的真实性审查，是指审查意思表示是否自愿、真实。在合法性审查场合，审查的是意思表示的内容是否违反了公法的规定，体现的是公法对私法的干预和控制，跨越了公法与私法两大领域。而真实性审查则针对的是意思表示自身的品质，审查意思表示是否自愿、真实，仍在私法的界限之内。另外，在合法性审查场合，审批机关通过审查合同的内容是否合法，作出批准或不批准的决定，进而影响合同的效力：批准的，合同有效；不批准的，合同不生效。决定合同效力的是实施批准行为的公权力机关。但在真实性审查场合，意思表示有瑕疵的当事人享有撤销权，其可以通过撤销权的行使与否决定合同的效力，因此，仍体现了意思自治原则。
审批机关之所以不能审查意思表示的真实性，是出于维护意思自治原则以及依法行政原则的双重需要，因为如果允许公权力机关可以通过审批而审查意思表示自身的真实性，则意思自治原则可能会受到公权力的侵蚀，既违背意思自治原则，也有违依法行政原则。需要特别指出的是，意思表示是否自愿、真实，只能由表意人自己或人民法院来判断，审批机关不能也无权进行此种判断。将合同审批限于合法性审查而不及于意思表示真实性审查的实益在于，即便是经过审批的合同，如存在可撤销事由，当事人也可以径行根据《民法典》有关可撤销合同的规定提起民事诉讼，无须先提起撤销审批的行政诉讼。例如，《外商投资企业规定（一）》第3条规定，人民法院在审理案件中，发现经外商投资企业审批机关批准的外商投资企业合同具有法律、行政法规规定的可撤销情形，当事人请求撤销的，人民法院应予支持。既然审批不涉及意思表示的真实性，则在当事人的真实意思表示与批准证书的记载不一致时，原则上应允许当事人根据真实意思来履行合同或确认权利，而不能简单地依据批准证书的记载来确定当事人之间的权利义务关系。
合法性审查是主管机关对合同进行的合法性审查，与人民法院对合同进行的有效性审查具有很大程度的相似性：二者均系公法对私法的干预，涉及私法自治与国家管制的协调问题，故就其规范性质而言，均属于公法性质的规范；对二者的违反均可能影响合同的效力。鉴于合法性审查与有效性审查属于公法规范，对二者的违反首先导致的是公法责任，至于二者对合同效力的影响，不过是公法效力间接投射而致的结果，因此，均存在通过引致规范将公法规范引入合同法的问题。但也要看到，二者仍然是有区别的，表现在以下方面。
第一，规范性质不同。有效性审查主要考察合同是否违反了法律、行政法规的禁止性规定，本质是对意思表示是否逾越了公法界限进行的审查，其结果是直接认定合同是否有效；而有关合同需要审批的规定本质上是主管机关对合同的一种管理方式，审批机关通过批准或不批准合同的方式，间接影响合同效力：批准的，合同生效；不批准的，合同确定不生效；报批之前，合同未生效，可以通过补报审批而使合同生效。鉴于合同审批并不审查意思表示的真实性，因此，即便获批的合同也未必就有效。换言之，具备无效或可撤销事由的，人民法院仍然可以直接认定已获批准的合同为无效或可撤销合同。
第二，适用情形不同。有效性审查的主体为人民法院，在法院已经受理的纠纷中，人民法院可以依职权审查并确定合同的效力。人民法院在进行审查时，也不存在前述的依法选择的限制问题。而合法性审查的主体则是作为主管部门的审批机关，审批并不具有纠纷解决的性质，其审查也具有范围受限性的特点，且审批机关本身无权对合同效力作出评价并宣告合同无效。即便是不予批准的合同，其之所以归于无效，也并非因为审批机关将其宣告为无效（此时，有权宣告合同无效主体的仍是人民法院），而是因为未获审批，从而使合同未能“达到”法定的生效条件，最终不生效力。虽然不生效力在结果上与无效并无区别，但不生效力并不包含法律的否定性评价，而无效则包含否定性评价的内容。
第三，引致规范不同。公法规范要想产生私法效力，有赖于私法规范的引致。在有效性审查中，将公法规范引致到私法的规范是《民法典》第153条；而合法性审查中，将公法规范引致到私法的规范则是《民法典》第502条。区别二者有利于廓清请求权基础，准确适用法律。
区别合法性审查与有效性审查的实益在于：未获审批的合同因其未具备法定的生效条件而未生效，但此时当事人仍可通过补交材料或修改合同条款而继续报批，从而最终获得批准。此点不同于合同无效。在合同无效场合，不存在补正效力的可能。尤其需要指出的是，审批机关的审查所具有的受限性特点决定了已获批合同仅意味着通过了审批机关的合法性审查，从而满足了法定的生效条件，但并不意味着其必然有效，因为合同还可能存在违反其他效力性规范的情形。因此，已获批合同如存在《民法典》规定的导致合同无效的情形，例如，存在恶意串通损害国家利益情形的，人民法院仍可以直接宣告合同无效，而无须走行政诉讼程序，先行撤销审批。又如，《外商投资企业规定（一）》第3条就规定，人民法院在审理案件中，发现经外商投资企业审批机关批准的外商投资企业合同具有法律、行政法规规定的无效情形的，应当认定合同无效。
三、登记与合同效力
登记作为公示方法，往往是不动产物权变动的生效要件；动产的公示方法是交付，但在动产和权利担保中，登记也为有效的公示方法，只不过是对抗要件。但无论是作为对抗要件还是生效要件，基于区分原则，登记或交付等不影响作为物权变动原因的合同的效力，故不能以未完成登记为由否定合同效力。当然，当事人在办理财产权利的变更登记、移转登记时，通常也要提交合同，但登记机构并不对合同的效力进行全面审查，因此，即使依据该合同办理了财产权利的变更登记、移转登记等，也不能据此认为合同必然有效。实践中，基于担保的从属性，主合同无效将导致担保合同无效，故即便抵押权已经完成了登记，也会因为主合同的无效而无效，不能以抵押权已经登记为由就认可抵押权的效力，更不得以未办理注销登记为由不敢认定抵押合同无效。