後人對秦始皇的評價曆來争議很大，褒貶不一。他身上的曆史謎團充滿了神秘。也充滿了未解之謎。目前為止，還不能用科學來解釋。
首先是秦始皇身世之謎。
秦始皇是誰的孩子？異人還是呂不韋。說法不一。趙姬原本已經嫁給了呂不韋。一次呂不韋請異人吃飯，異人看上了趙姬，呂忍痛放棄了趙姬，送給異人當媳婦，而趙姬當時已經懷孕，不久生下趙政。
第二是先進武器
秦的連續的弓弩。它射程遠，瞄準性能強，命中機率高。秦朝的青銅劍有很長的柄。後世發現這把劍仍然像新的一樣明亮，非常鋒利。秦始皇統一世界，北上攻打匈奴，南下攻打百越。為什麼2200多年前秦朝生産出如此出色的武器至今是一個謎。
第三是熒惑守心
熒惑守心，在古代預示着帝王駕崩，是大兇之兆。秦始皇三十六年，一顆隕石降落在東郡。據史料記載，是有人故意在這塊隕石上寫下“始皇帝死而地分”。結果，附近的居民沒有一個人承認，秦始皇很生氣，把他們都殺了。
第四是玉璧詛咒
據說是秦始皇的使者。在夜路上遇到一個拿着玉的人。那人把玉璧交給了使者。在他離開之前，他說：“祖龍今年死”。秦始皇聽了非常驚訝，因為那塊玉是他多年前丢失的。不久始皇帝死于平原津。
第五個宛渠人之謎
晉人王嘉《拾遺記》記載了，有宛渠之民，乘螺舟而至，舟形似螺，沉行海底，而水不浸入，日遊萬裡。宛渠人坐着像蝸牛一樣的舟而來，可以飛入天際，可以沉入海底，一天行程數千英裡。這已經超出人類認知。脫離了那個時代特征，是秦始皇眼中的“神人”。
這些未解之謎，希望未來有人能探索出真相。