1987年，軍委上司班子調整，濟南軍區政委遲浩田調任總參謀長，副政委宋清渭接替政委一職。在此後的工作中，軍區發生幾件事，使得他與司令員李九龍倍感壓力。宋清渭甚至說：說我水準不高可以，說我養尊處優不管事，不出力不符合事實。
1985年軍隊精簡整編後，有很多工作亟待解決。像濟南軍區原本隻下轄山東省軍區，武漢軍區撤銷後，将河南省軍區劃歸濟南軍區管轄，而且還有野戰軍。從這一刻開始，軍區機關到基層連隊，都忙着自身的精簡整編。
也就從此時以後的幾年裡，軍區部隊發生幾件案件，給宋清渭和軍區部隊帶來沖擊。
在1987年之前，有三起案件，那時候他還是軍區副政委。這一年，他接替政委後，1988年，某步兵師和坦克師的個别戰士違反軍紀，影響惡劣。兩個案件間隔時間短，而此時司令李九龍和政委宋清渭在北京開會。會前接到機關報告，說步兵師9位戰士犯罪；會議結束後，又接到機關報告，坦克師一個戰士盜槍等。不到10天接連發生2起案件，讓兩位軍政主官受到極大震動，并向軍委作檢讨，承擔責任。
會議結束後，他們就傳回軍區召開軍以上幹部會議，聽取彙報，安排善後工作。
政委宋清渭回憶，那段時間自己是強撐着把案件處理好，把正常工作安排好，不能亂中再出錯。對于兩起事件的發生，他充滿愧疚和自責，自己接替軍區政委一年多來，可以說自己水準不高，但說自己不管事、不出力不符合事實。
他自己深刻反思，在指導基層建設上存在問題，為找準問題的症結，與司令到兩個機關作深入調查研究。帶着工作組進行21天的調查，也發現不少問題存在，如一個時期以來，出風頭報喜不報憂、掩蓋沖突的現象較為嚴重。有的上司和機關深入不下去，沉不到底，對基層的問題若明若暗。那位犯案的人，在連隊不請假外出，有時候酗酒滋事，有幹部認為他是稱職的班長。
工作組進入後，發現該連連長不在位，後得知帶着兩個戰士到山西做生意去了。
從思想政治工作來說，缺乏主動性，原則性，團裡對刺頭兵不嚴肅處理，基層想處理沒有權，到一個團堅持備戰秩序，六七十個人沒有戴帽子，軍紀渙散。諸多消極因素對集中暴露，是上司工作和基層建設的問題發展到一定程度的必然結果。
說起基層，宋清渭過去一直在軍區機關工作，1963年以後到作戰部隊擔任團政委、師政委、軍副政委、軍政委，經常到基層連隊蹲點，及時掌握基礎官兵的思想，有利于部隊建設發展。當1985年從軍到大軍區擔任上司以後，因為工作忙碌，到基層的次數降低不少。加上很多工作都需要他來處理。
實際上，過去宋清渭是最了解基層部隊的幹部，從基層調研回來後，他作了關于吸取兩起案件的教訓，改進上司和機關工作的講話，總結了教訓，列舉了現象和事例。很多人聽了他的講話，受到很大觸動反響非常強烈。為此後，基層建設的不松懈，建立過硬的一線指揮部而努力。