區分Bulk測序和高通量單細胞測序中的提高細胞通量

區分Bulk測序和高通量單細胞測序中的提高細胞通量

首先區分下單細胞測序和Bulk測序：

單細胞測序(scRNA-seq)與bulk測序（Bulk RNA-seq）的不同之處是Bulk

RNA-seq是提取組織、器官或一群細胞的混合RNA（bulk

RNA）進行測序，能夠得到的是一群細胞的轉錄組的平均資料，或者說是代表性資料，細胞群體中單個細胞的特異性資訊往往被掩蓋，比如特異表達的基因或RNA不同的剪接體。随着對生物結構功能的深入研究，人們越來越清楚地認識到，哪怕看似相同的細胞群，細胞之間的轉錄本表達水準也是存在差異的。以惡性良性腫瘤為例，惡性良性腫瘤中心的細胞，腫塊邊緣的細胞和腫塊周圍的細胞，乃至遠端轉移的細胞，其轉錄組等遺傳資訊一定是存在差異的，而傳統的研究手段通常将整個腫塊整體進行研究，或者将腫塊簡單分區分割，得到每一部分細胞基因表達的平均值，丢失了每個細胞的異質性資訊，使科研人員對惡性良性腫瘤微環境中各種細胞轉錄本表達及免疫功能的了解始終如隔霧看花。

由此可見，為了得到原始和真實的細胞遺傳資訊，對轉錄組的分析應該在單細胞水準上展開。單細胞測序能夠擷取每個單個細胞的遺傳資訊，檢出混雜樣品中的異質性細胞。

那麼，如何将混雜組織中的單個細胞捕獲（如何将細胞分散到獨立的容器或反應器中去，讓它們彼此獨立，互不幹擾），就成了單細胞測序最重要的挑戰。

–摘自 [純幹貨]你想知道的關于高通量單細胞測序的内容，都在這裡 - 吃松鼠的小松子的文章 - 知乎 https://zhuanlan.zhihu.com/p/70389595

簡單來說：就是bulk測序和單細胞測序提取的東西不同，前者提取的是組織，器官，一群細胞,就是"提取一大堆"，後者"提取單個細胞"，不要弄混提高單細胞測序中的細胞通量/細胞量和bulk測序。提高細胞通量（實際測到的細胞數目）的原因是單細胞測序檢測到的細胞數目越多，其也就越能代表樣本的真實情況，提高細胞通量就應該改進的是單個細胞捕獲技術（單細胞的取樣方法），我了解的是檢測的也是單個細胞，單個細胞這種，細胞與細胞之間還是獨立的，提高細胞通量是為了同時測得單個的細胞更多，提高測序精度（多個單獨更精确），與bulk測序那樣是一大塊（一大堆測序）一起提取完全不是一回事，一個是為了提高精度，一個是測序方式，不能放在一個層面比較。