清朝統一台灣的戰役發生在康熙二十二年（1683年）。當時，福建水師提督施琅率領軍隊在澎湖海域消滅了明鄭軍的主力，成功收複了澎湖和台灣，實作了全國領土的統一。鄭成功在收複台灣的次年去世，由他的兒子鄭經繼承了他的職位。清朝多次嘗試招撫鄭經，但都被拒絕。鄭經去世後，由他的兒子鄭克塽繼任。此時，清朝的政策已經從招撫轉變為進剿。
康熙二十二年，康熙指令鄭成功的降将施琅率領2萬人的水軍和230艘戰船進攻澎湖。鄭軍的大将劉國軒指揮2萬人和200艘戰船防守澎湖。由于當時正值六月，台風較多，不利于海戰，是以劉國軒認為施琅隻是虛張聲勢，沒有做好防備。然而，施琅率領的清軍突然出現在澎湖海域，使劉國軒措手不及，匆忙迎戰。施琅派遣左右各50艘戰船夾擊鄭軍，自己則率領56艘戰船從中央突進。澎湖被占領後，鄭氏王朝無力抵抗清軍，隻能投降，結束了他們在台灣長達22年的統治，台灣也是以成為清朝的領土。
清朝占領台灣後，對如何管理台灣引發了清廷内部的争議，有人主張棄置台灣，有人主張保留。康熙帝明确表示：“台灣的重要性非常大”，“放棄而不守，尤為不可行”。是以，康熙二十三年，清廷在台灣設立了一個府（台灣府）和三個縣，總兵官負責，駐軍八千人；在澎湖設立副将，駐軍二千人，隸屬于福建省。從那時起，台灣和大陸開始統一，其行政機構與内地相一緻。
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台灣曆史上一直與大陸有着緊密的聯系，統一是必然的趨勢。特别是自元朝以來，台灣就被納入中央政府的管轄範圍。但在荷蘭東印度公司的侵略下，台灣于天啟四年（1624年）被占領。随着清軍逐漸進入福建，鄭成功率領十萬大軍在順治十六年（1659年）攻打南京，但慘敗而回。此時，鄭軍元氣大傷，而清朝統治逐漸穩固。另一方面，鄭軍困守思明（廈門），糧草匮乏，難以為數萬大軍提供充足的補給，鄭成功開始尋求新的根據地。
于是，在順治十八年（1661年）三月，鄭成功親率2.5萬名士兵，分乘百艘戰船，從金門出發，穿過波濤洶湧的台灣海峽，準備收複台灣。
荷蘭侵略軍聽說鄭成功要進攻台灣，非常驚恐。他們把軍隊集中在台灣（今台灣東平地區）、赤嵌（今台南）兩座城堡，還在港口沉破船阻止鄭成功的船隊登陸。鄭軍趁着海水漲潮将船隊駛進鹿耳門内海，主力從禾寮港登陸，側面進攻赤嵌城，并切斷了與台灣城的聯系。在戰鬥中，荷蘭侵略軍以“赫克托”号戰艦攻擊，但鄭成功下令60多隻戰船一齊發炮，成功将“赫克托”号擊沉，并擊敗了援救台灣城的荷軍援軍。随後，赤嵌的荷蘭軍在水源被切斷，外援無望的情況下，向鄭軍投降。而台灣城的荷蘭軍則企圖負隅頑抗，卻在鄭成功修築的土台圍困下8個月後投降。這場戰争終結了荷蘭東印度公司在中國台灣的經營，開啟了明鄭政權對台灣的統治，鄭成功也成功收複了中國領土台灣，這段曆史輝煌的篇章至今仍被世人傳唱。
清朝态度
清朝入侵台灣的過程可以追溯到康熙帝時期。當初，清朝因為需要應對内地的統一戰争而無暇顧及台灣問題。然而，自康熙年間開始，清朝在内地的反抗逐漸平息，政局也趨于穩定，與此同時，台灣的鄭氏勢力一直企圖侵擾清朝政權。
鄭成功收複台灣後的第二年即去世，他的繼任者鄭經利用康熙初年三藩之亂的機會，率領軍隊渡海進攻清朝福建和廣東沿海地區。康熙十三年，耿精忠響應吳三桂的叛亂，向鄭經提供戰船，并希望鄭經能幫他出兵。鄭經應允了這一請求，泉州、漳州、潮州等地陸續歸附于鄭經。康熙十五年，廣東尚之信再次遭到鄭軍擊敗，隻得加入三藩反清陣營，并将惠州割讓給鄭經。然而，随着清軍逐漸占據優勢，鄭氏勢力在閩粵沿海地區開始被驅逐。鄭氏的侵襲一方面影響到清朝東南地區賦稅收入的穩定，同時也不利于南方人民對清朝的支援。另一方面，台灣的鄭氏勢力被認為是明朝的正統，成為反清複明的最後基地。然而，台灣的孤立位置使得多民族、封建專制主義和中央集權國家統一的鞏固都受到了阻礙。是以，清朝認為收複台灣是必要的。
康熙帝自位後，清朝即與台灣鄭氏當局開始交流。在康熙元年，鄭成功去世後不久，清廷派人前往廈門與鄭經進行招撫。但是鄭經出于對清廷可能加兵的擔憂，采取了虛與應付的态度。第二年，鄭經實力增長後，提出“請如琉球、北韓例，不登岸，不剃發易衣冠”的條件，但清廷拒絕接受，雙方陷入對峙狀态。随後，清軍分三路攻擊廈門等地，最終占領廈門，鄭經退守銅山。随着鄭軍在大陸沿海據點的相繼失守，鄭經向清廷提出招撫，但未成功。康熙七年初，施琅被指派前往京師商讨進攻台灣的計劃。盡管施琅的意見未被采納，康熙帝意識到武力統一台灣隻是時間問題，并任命施琅為内大臣留在京師備用。
随着三藩之亂的結束，清朝的統治越發穩固，收複台灣的問題逐漸被提上日程。康熙帝對于收複台灣非常熱心，他在康熙十六年恢複了福建水師體制，并任命萬正色為福建水師提督。到該年底，福建水師已有240艘戰船和28580名官兵。然而在康熙十九年，鄭經戰敗後退往台灣，福建總督姚啟聖希望趁勢進攻台灣，但遭到萬正色的反對。姚啟聖意識到施琅對鄭氏政權的敵視，決定推薦施琅來幫助擊敗鄭軍，并将萬正色調任陸師提督。
戰争起因
按照康熙帝的計劃，清朝應該由姚啟聖、萬正色和巡撫吳興祚一起商讨如何作戰。然而，施琅打算排除姚啟聖等人的節制，以便能全權進攻台灣。盡管康熙帝隻同意吳興祚負責後勤，仍指令姚啟聖和施琅共同出兵。
在康熙二十一年五月初五（1682年6月10日），清軍抵達銅山島後，因姚啟聖和施琅争執出兵時機而導緻清軍無法順利出兵。姚啟聖主張利用冬天的北風，而施琅則主張利用夏天的南風。最終，康熙帝于十月初六（11月15日）做出裁定，施琅負責前線作戰，姚啟聖改任後勤作業，才讓施琅如願取得統帥權。十一月初三（12月1日），施琅率領約21000人和238艘軍艦前往興化平海衛訓練軍隊。
姚啟聖的軍權被邊緣化後，為避免施琅獨得戰功，他轉而和台灣鄭氏王朝展開談判。然而，施琅對主戰的态度非常堅決，而負責談判的劉國軒則不同意剃發易服的條件，導緻談判失敗。
在康熙二十二年五月二十三日（1683年6月17日），康熙帝下令施琅盡速進攻。是以，六月（陽曆7月）爆發了澎湖海戰。
施琅出動
在康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日），施琅從銅山島出發，姚啟聖也率領3000人與施琅一同出征。清軍總共有24000人，攜帶了70艘大鳥船、103艘趕缯船和65艘雙帆居船。
六月十五日（7月9日），鄭軍哨船發現清軍已經到達花嶼和貓嶼一帶，立即回報給劉國軒。當晚，清軍在八罩島過夜。六月十六日（7月10日），施琅率先進攻娘媽宮，以速度快的鳥船作為先鋒。劉國軒讓林升和江勝指揮水軍，邱輝擔任先鋒，自己則在娘媽宮港口督戰。由于受到風勢的影響，清軍不敢前進，隻有藍理率領的七支艦隊沖入鄭軍陣營。
随後，施琅再次派出第二波鳥船部隊，交戰不久後開始漲潮，導緻一些清軍船隻被海水沖向岸邊。鄭軍趁機将艦隊分成兩翼包圍清軍。施琅見狀，急忙突入鄭軍，試圖解救被圍困的船隻，但卻被林升率領的軍隊包圍。施琅在交戰中被火铳擊傷右眼，幸好沒有失明；而林升則因為大炮爆炸而斷掉了左腿。林升的傷勢使得鄭軍失去了指揮，施琅趁機撤離戰場，前往西嶼附近的海域休整。六月十七日（7月11日），施琅回到八罩島，這片地形險惡，船隻很容易撞上沿岸的暗礁，而且農曆六月通常是台風多發的季節，然而施琅幸運地避開了台風。
劉國軒得知清軍在八罩島休整時，親自發起進攻，但最終被施琅擊退。施琅趁勢在六月十八日（7月12日）先派戰船攻取澎湖港外的虎井嶼和桶盤嶼。
清軍總攻
六月二十二日（7月16日）清晨七點，施琅決定發動總攻擊。他将艦隊分成三路進攻，剩下約80艘當後援部隊。中路共有56艘船，分成8隊，每隊有7艘船。 施琅親自指揮這支主力部隊，直接攻向娘媽宮。 右路共有50艘船，由總兵陳蠎等從澎湖港口東側東莳攻入雞籠嶼、四角嶼，後會合中央部隊夾攻鄭軍。左路共有50艘船，由總兵董義等從澎湖港口西側内塹攻入牛心灣。這一政策讓鄭軍誤判清軍要在此地登陸。
但天亮前開始刮起台風。辰時（7時—9時）受台風影響，海上吹起西北風，鄭軍順着風勢進攻，一時處于優勢，清将朱天貴被炮擊而死。到了中午，台風受到赤道鋒面帶的影響，海上開始吹南風，風向轉變成對清軍有利。施琅指令全軍反攻，順着風勢發射各種火器，并且以數船圍攻鄭軍一船。 鄭軍全面潰敗，江勝戰死，邱輝自焚。 共斃傷鄭軍12000人，俘獲5000餘人。同時擊毀、繳獲戰船共190餘艘。劉國軒眼見大勢已去，率領殘餘部隊從北面吼門退往台灣，澎湖各島鄭軍都向施琅投降。清軍陣亡329人，傷1800餘人，船隻未受到任何損失。
結果
施琅率領戰船和水師2萬餘人于康熙二十二年（1683年）六月十四日自銅山出洋前往台灣，經過兩天的航行，六月十六日在澎湖海域發生了小規模海戰，雙方都有所損失。六月二十二日，清軍分三路出擊，在施琅親率主力擔任中路主攻下，經過七八個小時的激戰，清軍大敗鄭軍，鄭氏集團無力抵抗，隻得投降，結束了在台灣曆經22年的統治。由于鄭氏集團政治腐敗，清廷統一台灣得到台灣各族人民的支援和擁護，施琅派員到台灣勸降，聯絡劉國軒。劉國軒見大勢已去，于是派兵監視鄭氏統治集團，鄭克塽、馮錫範隻得上表求降。八月，清軍勝利進駐台灣。澎湖為台灣門戶，一旦失守，台灣即失去了屏障。當時清軍利用“風利舟快，瞬息飛駛，居上風上流之勢，壓攻擠擊”，士氣高漲，在戰争中取得了勝利。
清朝統一台灣後，施琅懇切陳辭，闡述利害，得到大學士李蔚、工部侍郎蘇拜、都察院左禦史趙麟等人的贊同和支援，于是康熙帝始決定堅守台灣，在台灣設台灣府，下轄台灣、諸羅、鳳山三縣，隸屬福建省。台灣、廈門合派一道官管轄。并派兵8000人駐防，設總兵一員，副将二員，澎湖亦派副将一員統兵2000 人駐防。這樣，台灣重新統一于清王朝中央政府的管轄！