趕走了喜克索斯人，雅赫摩斯在底比斯建立起第18王朝，從此開始了埃及的新王國時期(第18一第20王朝)。
這一時代的埃及，國王發動了空前規模的對外戰争。埃及版圖最大時，北至叙利亞的卡赫美什，南至尼羅河第四瀑布，形成了強大的軍事霸國，兩河流域與小亞細亞的一些國家，都對埃及俯首稱臣。在頻繁的對外遠征中，埃及的王公費族大肆劫掠财富、牲裔、奴隸等戰利品。就連埃及的自由民牧人也都擁有奴隸，而且出現了租賃奴隸。
此時，君主專制的中央集權制度得到加強，法老已成為國王的正式頭桁。為了宣揚自己是神的兒子，法老們特别尊重神，神廟和條司也受到優待。新王國時期，阿蒙神被尊為衆神之首，地位超過了以往的太陽神，阿蒙神廟的祭司們，由此擷取了巨大的利益。随着神廟的影響越來越大，法老們漸漸覺得，自己的統治受到了威脅。
埃赫那吞(約公元前1379年~公元前1362年在位)，是古埃及第18王朝的國王，原名阿蒙霍特普四世。在阿蒙霍特普四世成為法老之前，他對阿蒙神廟的僧侶們互相抱團的作法很不滿，聽說僧侶們在地方上十分野橫後，便決心削減阿蒙神廟的僧侶勢力。
阿蒙霍特普四世即位後，啟用了一批新的大臣，使他們成為自己政權的支柱。阿蒙霍特普四世下令，在全國範圍内恢複對太陽神的崇拜，封閉阿蒙神廟。不僅如此，阿蒙霍特普四世還将自己名字中的“阿蒙”改為“阿吞”，更名為“埃赫那吞”，意為“對阿吞有用的人”。為了擴大聲勢，埃赫那昋召集了大批文人，創作了許多歌頌太陽神的詩歌，還編寫了頌揚阿春功績的文章，叫人四處傳播。
雖然有了一個主神太陽神，但埃及各地還是有五花八門的地方神，一個地方一個樣兒，甚至幾個樣兒。比如一副弓箭，某件木制的雕刻制品，某種石頭，都能成為神。至于土地、河流、雨水、泉水、雷電，鳥魯、昆蟲等等，都是埃及人的神或崇拜偶像，簡直是無處沒有神。
埃赫那吞在全國推行新神取締舊神的同時，還指令将千百年來古埃及人崇拜的其它的神一掃而光。這措施令習慣阿蒙神和地方神的埃及人十分恐懼，都覺得要大難臨頭了。僧侶們更是像熱鍋上的螞蟻，片刻也不安甯。
已經退位的老法老阿蒙霍特尊三世，害怕是以引起國家的混亂，勸埃赫那吞不要走極端，以免觸怒神靈。埃赫那吞沒有答應，父子不歡而散。見埃赫那吞悶悶不樂地回來，王後涅菲爾提便問他為什麼這樣不高興，埃赫那吞便把老法老勸他的事情說了。涅菲爾提王後對埃赫那吞說：“如果反對的人這樣多，我勸陛下還是暫緩行事吧。埃赫那吞說：“僧侶的反對是意料之中的，但對我的行動如此不滿卻沒想到。一旦收回指令，他們自然滿意，但我的權威可在天下人面前丢盡了。到時候這些僧侶未必就此罷休，他們一定會蔑視我的懦弱。我現在得到了阿吞神僧侶的贊同，又有軍隊，也不怕這幫裝神弄鬼的人興風作浪。既然已經得罪他們了，那索性就得罪到底好了。”涅菲爾提見埃赫那吞決心已定，也就不再勸了。
第二天，埃赫那吞頒布了進一步的法令，宣布将阿蒙神廟的僧侶趕出廟門，沒收财産。一切公共建築物和紀念物上的阿蒙的名字必須徹底清除，已沒收的神廟土地劃歸太陽神神廟，并且禁止僧侶參政。首都遷往底比斯以北300公裡的希爾摩，新都被命名為“埃赫塔吞”，意為“阿吞的地界"。當天，大批軍隊查抄了底比斯的各大阿蒙神廟，強行将僧侶們趕出廟門。許多僧侶背着行李卷離開多年生活的廟宇，痛苦不堪，并在心裡痛罵埃赫那吞。
遷都後，埃赫那吞沉浸在勝利的喜悅中，整天陶醉在宗教生活和宮廷生活中，政事由麻伊掌管，軍事托付給赫倫希布。這倆人因為與阿蒙僧侶有利害沖突，因而很是賣力。可是，阿蒙僧侶們不甘心就此失勢，他們一直在找機會，想刺殺埃赫那吞。
一天，埃赫那吞和母親同坐一車去祭神。突然馬車停了下來，原來是有一個人攔住了車隊，說有冤狀上告。這人跪行到法老所坐的馬車輪下，麻伊從馬上俯身去接狀紙，這人突然一躍而起，從紙卷中抽出一把鋒利的青銅短刀，向車上的法老猛刺過去。就在這千鈎一發之際，車右側的衛土橫轉過青銅矛，猥狠桶向刺客的後背。刺客未及刺到法老，便沉重地倒了下去，恰好壓在法老的身上，刀尖幾乎碰到法老的鼻子。
法老遇刺的消息很快傳開，阿蒙神廟的僧侶們借機放出風來，說這是阿蒙神對法老的一次警告。一時間，全國上下人心惶惶。王後涅菲爾提優心仲仲，勸了埃赫那吞幾句，不料埃赫那吞卻大發脾氣，将王後斥責了一通。王後十分傷心，帶着孩子回到底比斯，直到埃赫那吞死的時候，王後菲爾提也沒有原諒他，連葬禮都沒參加。
埃赫那吞死後，9歲的吐坦哈吞即位。在阿蒙僧侶勢力的壓力下，宣布将首都遷回底比斯，為阿蒙神廟僧侶徹底平反，歸還廟字财産。
吐坦哈吞在18歲時突然死亡，昔日的臣子麻伊成了法老。由于沒有确切的記載，沒人知道這期間究竟發生了什麼。沒過多久，赫倫希布又依仗軍隊奪取了王位，埃赫塔吞城被宣布為“邪惡的地方”，漸漸變成了一片廢墟。