漢朝初年，行迷信的巫蠱之事已經是民間非常流行，而到了漢武帝執政的後期則被引入皇宮之中，《資治通鑒》記載：“女巫往來宮中，教美人度厄，每屋辄埋木人祭祀之；因妒忌恚詈，更相告讦，以為祝詛上，無道”，這種風靡一時的封建迷信活動最終引發了''巫蠱之禍''。當然，這場影響到整個漢朝甚至中國曆史發展的重大事件有一部分誘因是漢武帝晚年多病、疑心重重，并且聽信讒言。
這種迷信活動最開始就讓漢武帝很反感——當時的京師長安聚集了各類神巫，以旁門左道的奇幻邪術迷惑衆人，後宮之内也是巫術橫行，因互相妒忌，争吵時就輪番告發對方詛咒皇帝，漢武帝一怒之下将後宮嫔妃、宮女還有受到牽連的大臣殺了數百人。但是，誰也沒有預料到，一個看似不起眼的小事件竟然會愈演愈烈到不可收拾的程度——它直接導緻了皇後衛子夫和太子劉據自殺身亡！
一般認為，“巫蠱之禍”的爆發與漢武帝本人的意圖有關——他想借勢打壓朝野中存留的強大的衛霍勢力。是以，一個切入口就是漢武帝借丞相公孫賀（衛子夫的姐夫）的一些不檢點行為而決定處死了公孫賀父子、漢武帝與衛子夫所生的兩個女兒以及衛青的長子衛伉等人。但是漢武帝本人也沒有預料到，他身邊早已有人盯好了下一個目标——太子劉據！
漢武帝晚年與太子劉據的政見之争也愈演愈烈，太子反對漢武帝的窮兵黔武，傾向于休兵止戰，此外漢武帝晚年寵信的江充因與太子劉據、衛皇後有嫌隙，擔心劉據登基後除掉自己，于是構陷太子行巫蠱之術。劉據得知此事，十分擔憂，同時反太子聯盟成功将内外封閉，劉據無法得知漢武帝的近況，為了不遭遇秦朝長公子扶蘇般的命運，在少傅石德的唆使下，内外交迫困境中的劉據憤然起兵誅殺江充。後來又因小人挑唆，漢武帝相信太子了謀反，于是征調大軍追捕太子，在這場大動亂之中，皇後衛子夫和太子劉據先後自殺而亡。
征和三年（公元前90年），漢武帝悔悟，得知太子本無謀反之心，是奸臣搞鬼害死了衛皇後和太子劉據，于是開始報複參與謀害劉據的人。
征和三年十二月，漢武帝仿照劉據燒死胡巫的方法将蘇文燒死在橫橋上，參與誣陷的李廣利被滅族，宰相劉屈氂腰斬并滅族，罪魁禍首江充被夷三族。值得注意的是，漢朝夷族株連的刑法在漢文帝時就已經廢除，已經數十年不曾出現，哪怕謀逆大罪，被連坐的也隻有父、母、妻、子及同父兄弟姐妹。此刻夷三族重新出現在江充身上，可見漢武帝内心的憤恨。對太子劉據和其兒子在逃亡時兵戎相見的追捕者也紛紛滅族。商丘成、景建、李壽、張富昌、莽通等凡是牽連到劉據之死事件的人，無一不遭到漢武帝的清算。
征和四年，漢武帝向天下人釋出了“罪己诏”，表明自己給百姓帶來了痛苦，從此不再窮兵黔武，同時也表白内心的悔意。漢武帝是以成為中國曆史上第一個用“罪己诏”自我批評的皇帝。