抗日戰争中，日軍第十六師團是與一系列暴行密不可分的：開展“百人斬”殺人比賽；參與實施南京大屠殺……連當時的日本陸軍部人事局長都說：“第十六師團長中島今朝吾的戰鬥指導是違背人道的。”可見，第十六師團的暴行達到了多麼嚴重的程度。那麼，日軍第十六師團究竟是一支怎樣的部隊，最終又是怎麼覆滅的呢？
日軍第十六師團是日本陸軍甲等常設師團，裝備精良，始編之年即參加了日俄戰争
日軍第十六師團于1905年在京都編成，其司令部設于京都，官兵主要來自京都、三重縣和奈良縣，故又稱為“京都師團”。該師團為日本陸軍甲等常設師團，裝備精良，兵員滿員，戰鬥力較強，在編成的當年即參加了日俄戰争。
盧溝橋事變爆發後，日本開始了全面侵華戰争。為此，日本進行了戰争動員，開始大量征兵，作為甲等師團的第十六師團也由平時的18000人擴充到戰時的約25000人。
1937年9月，第十六師團在天津塘沽港登陸，編入日軍華北方面軍第二軍戰鬥序列。随後，曾參加過子牙河等地區的戰鬥。1937年10月底，第十六師團被編入上海派遣軍戰鬥序列，由華北調往上海。此時的第十六師團，以中島今朝吾中将為師團長，中澤三夫大佐為參謀長，下轄步兵第十九旅團，旅團長為草場辰已少将（轄步兵第九聯隊，聯隊長為片桐護郎大佐、步兵第二十聯隊，聯隊長為大野宣明大佐）；步兵第三十旅團，旅團長為佐佐木到一少将（轄步兵第三十本網隊，聯隊長為野田謙吾大佐、步兵第三十八聯隊，聯隊長為助川靜二大佐）；騎兵第二十聯隊，聯隊長為笠井敏松中佐；野炮兵第二十二聯隊，聯隊長為三國直福大佐；工兵第十六聯隊，聯隊長為今中武義大佐；辎重兵第十六聯隊，聯隊長為柄澤畔夫中佐。
在進軍南京途中，制造了無數暴行，開展“百人斬”殺人比賽即為其一
第十六師團在上海附近登陸時，日軍已占領了上海，于是，時任日軍華中方面軍司令官的松井石根即指令該師團向南京追擊從上海撤退的中國軍隊。
第十六師團在中島今朝吾的率領下，先後攻占了常熟、蘇州、無錫、常州、丹陽、句容、湯水鎮、麒麟門，進抵南京東郊的紫金山一線。
該師團沿途燒殺淫掠，其暴行不勝枚舉。在向南京進軍的途中，該師團由于進軍速度太快，補給跟不上，便下令就地“征收”糧秣，所謂“征收”，實際上就是掠奪。
當時被日本《東京日日新聞》等報紙大肆宣揚的所謂“百人斬”就發生在該師團。第十六師團在從無錫向常州追擊過程中，該師團第十九旅團步兵第九聯隊第三大隊副官野田毅少尉和大隊炮小隊長向井敏明少尉，相約在到達南京時，看誰先用日本刀斬殺滿 100人。此後，兩軍官開始大肆斬殺，在到達南京城外的紫金山時，野田毅斬殺了105人，而向井敏明斬殺了106人。
對于俘虜，第十六師團師團長中島今朝吾在其日記中記述說：“基本上不實行俘虜政策，決定采取全部徹底消滅的方針”
1937年12月10日，日軍向南京城發起總攻擊，第十六師團的主攻方向為中山門。要占領中山門，必須先占領中山門外的制高點紫金山。
12日，第十六師團步兵第三十本網隊在重炮的掩護下，向紫金山頂峰發起攻擊，戰鬥異常激烈，紫金山上一片火海。經過激烈的戰鬥，日軍在付出沉重代價後占領了紫金山主峰。
1937年12月13日淩晨，第十六師團步兵第二十聯隊占領了中山門。當天，該師團第三十本網隊和第三十八聯隊在輕型裝甲車的配合下，從太平門外沿玄武湖急進至南京城北的下關江邊，以截斷中國軍隊的退路。
下午，當第三十三、第三十八聯隊進至下關時，長江邊有大準許備渡江的中國軍人，江面上也有許多正在渡江的中國軍人。日軍立即用機槍進行猛烈掃射，一時間江水被染得殷紅。
在長江邊等待渡江的中國軍人有些傳回南京城内，避入安全區，有些被日軍射殺或俘獲。接着，日軍在長江邊将俘獲的中國軍人加以集體屠殺。
南京淪陷後，第十六師團根據事先制定好的計劃，對南京城内及城外東郊地區進行“掃蕩”。在“掃蕩”過程中，第十六師團俘獲了許多放下武器的中國軍人。
對于俘虜，中島今朝吾在其日記中記述說：“敗逃之敵大部進入第十六師團作戰地區的林中或村莊内，另一方面，還有從鎮江要塞逃來的，到處都是俘虜，數量之大難以處理。”“基本上不實行俘虜政策，決定采取全部徹底消滅的方針。”“僅佐佐木部隊就處理掉約15000人，守備太平門的一名中隊長處理了約1300人。
在仙鶴門附近集結的約有七八千人。此外，還有人不斷地前來投降……處理上述七八千人，需要有一個大壕，但很難找到。預定将其分成一兩百人的小隊，領到适當的地方加以處理。”“這些敗兵的處理，大多由第十六師團負責，是以師團無暇顧及入城或宿營等，隻是一味地東奔西走。”
第十六師團步兵第三十旅團長佐佐木到一也在日記中記述說：“接連不斷地有俘虜前來投降，其數量高達數千人。情緒亢奮的士兵絲毫不理睬上級軍官的勸阻，将俘虜一個個地殺死。回想到許多戰友流的血和十天來的艱難困苦，别說士兵了，我自己也想說‘全都幹掉吧’。”
日軍占領南京後，以第十六師團步兵第三十旅團為南京警備部隊，佐佐木到一擔任警備司令。所謂“警備”，實際上就是搜捕放下武器，在國際安全區避難的中國士兵。
第十六師團在“掃蕩”殘敵過程中，在國際安全區進行所謂的甄别搜捕，将頭上有帽痕，手上有老繭的青壯年男子從難民中強行拉走，予以集體屠殺，其中許多人是普通的平民。
在搜捕中國士兵的過程中，一些毫無軍紀可言的日軍官兵還大肆強奸婦女、搶劫财物。在戰後對日本戰犯的審判中，許多南京市民指證日軍“中島部隊”的暴行。所謂“中島部隊”，就是以中島今朝吾為首的第十六師團。