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我是如何“被逼無奈”開始學R的

原創 黃小仙

本人由于課題方向的原因,看了不少single cell sequence的文章。剛開始的時候,文章那是totally 看不懂,不過文獻插圖确實好看到“令人發指”啊。

以圖為證:

我是如何“被逼無奈”開始學R的
我是如何“被逼無奈”開始學R的
我是如何“被逼無奈”開始學R的

有些同學可能表示不服氣,自己沒有這樣的實驗資料可以進行花樣分析,不過小仙同學我還是很驚歎的,給我同樣的結果,我肯定畫不出來如此貌美的圖,于是開始檢討自己。。。

想畫box plot的時候是不是可以換成 violin plot?

我是如何“被逼無奈”開始學R的
我是如何“被逼無奈”開始學R的

好像B格瞬間提升不少,那麼問題就來了,用什麼工具呢?

就我們實驗室的情況來講,Excel、Origin和Matlab基本可以滿足需求,其中Origin占據半壁江山,比excel專業的同時比Matlab的學習門檻低。但其實本小仙以為,Origin畫出來的圖太醜(當然主要的原因還是技術不過關),Matlab畫出的圖顔值勉強及格(沒吸引到顔控的我,以至于沒有動力學習),對這兩種工具都不太滿意。hxj君給小仙同學推薦了Python和R語言,據說容易上手且畫出的圖十分貌美。

Python 還是R語言 ?

一開始從時間成本上考慮,我覺得Python更好,Python應用的範圍更廣(本小仙特别喜歡輕按兩下exe資料就處理完的感覺,而且幻想有朝一日我可以用Python寫搶票軟體?)。說幹就幹,看了本Python的簡介後我就安裝了Python,不過後來又發現要安裝一個環境軟體PyCharm(我也不知道啥是環境),吭哧吭哧學了幾天寫了幾個Excel處理文本之後,我發現了兩個問題。一是打包成exe的Python檔案幾乎沒有可移植性,二是我做幾天實驗閑下來之後看之前的腳本基本看不懂了**(最最關鍵的原因還是太不熟練啦)。

接下來轉投R。發現R在處理Excel資料的時候更加靈活,在熟悉了基本的語句之後,基本可以實作想要的任何調整。對于我這種沒有程式設計基礎又有資料分析和作圖要求的生物民工非常适合。

從一開是接觸R到相對熟練,本小仙隻用了短短兩個月的時間(當然隻是完成作圖,咩有上面的例子那麼貌美,不過其中很多時間其實在搬磚),有種馬上就要走上人生巅峰的感覺,嘿嘿?。。。

本次分享就到這裡啦,關于R作圖的方法,待我下次分解。

(公衆号 :生信了)

我是如何“被逼無奈”開始學R的