R語言繪制小提琴圖與漂亮的雲雨圖繪制

一.讀入資料

如果你想擷取該資料用于自己練習，下面是擷取資料的位址：

見文末

資料格式是這樣的。

資料第A列是病人ID，B~E列是臨床資訊，其他列是病人的RNAseq資料。

你可以儲存副本導出，然後自己讀入。

library(ggplot2) library(grid) library(RColorBrewer) library(dplyr) library(SuppDists) #提供rJohnson()函數      

data <- read.csv("BioInfoNotesData1.csv",row.names = 1)      

假如我們需要繪制某基因在不同分期的表達情況。

f2.data <- data[,c(1,8)] colnames(f2.data) <- c("Stage","Value") table(f2.data$Stage      

先檢查資料是否有缺失值，分期資訊不知用N來表示，可以删除這些資料。

f2.data<-f2.data[f2.data$Stage!="N",] head(f2.data      

二.繪圖

1.小提琴圖

ggplot繪圖系統中，小提琴圖用geom_violin函數。

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