EIGENSTRAT計算PCA的顯著性

之前我寫過一篇文章群體遺傳分析分層校正，該選用多少個PCA?，裡面提到可以通過EIGENSTRAT軟體确定顯著的主成分，後續就可以将顯著的主成分加入協變量中。

這篇文章主要是講如何通過EIGENSTRAT軟體确定顯著的主成分。

1下載下傳安裝EIGENSTRAT

1.1 下載下傳

下載下傳位址：https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/EIGENSOFT/EIG-6.1.4.tar.gz

wget https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/EIGENSOFT/EIG-6.1.4.tar.gz

1.2 安裝

tar zxvf EIG-6.1.4.tar.gz

2 PCA計算

3 确定顯著PCA數量

下面講一下怎麼用EIGENSTRAT确定多少個PCA被納入協變量中。

3.1 如果是用EIGENSTRAT計算得到的PCA

用EIGENSTRAT計算得到字尾為

.eval

的檔案後，使用如下指令：

/bin/twstats -t twtable -i pca.eval -o eigenvaltw.out

3.2 如果是用PLINK計算得到的PCA

用PLINK計算的PCA得到字尾為

.eigenval

的檔案後，使用如下指令：

/bin/twstats -t twtable -i pca.eigenval -o eigenvaltw.out

3.3 結果解讀

假定生成的eigenvaltw.out如下：

這張圖裡前三個PCA的P值小于0.05，說明做關聯分析的時候要把前三個PCA加入協變量中。

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