Question 1：什麼是NMDS分析？
非度量多元标度（Non-metric Multidimensional Scaling，NMDS）是一種将多元空間的研究對象（樣本或變量）簡化到低維空間進行定位、分析和歸類，同時又保留對象間原始關系的資料分析方法。
Question 2：NMDS與其他降維方式有什麼差別？
PCA基于線性模型，僅适用于物種少，環境因素、物種豐度波動變化小的情況。PCoA與NMDS用于反映樣本距離矩陣關系，不同點在于NMDS更側重反映距離矩陣中數值的排序關系，弱化數值的絕對差異程度。在多樣本、物種數量多的情況下（可進行排序的數量更大）。NMDS都使用樣本相似性距離矩陣進行降維排序分析，但NMDS側重反映距離矩陣中數值的排序關系，當樣本或者物種數量過多的時候使用NMDS會更加準确。NMDS圖形常用作微生物群落研究的β分析。
Question 3：如何不使用R語言繪制NMDS分析圖？
小編和他的小夥伴們開發了一個線上的作圖小網站——雲圖圖（https://www.cloudtutu.com/#/index，免費的哦~），操作步驟如下：
①登入網址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推薦使用360或者谷歌浏覽器）
②輸入使用者名和密碼（小編已經為大家填好了，如果不顯示可添加文末二維碼添加小編擷取），輸入驗證碼後即可登入，無需注冊，直接使用，不必擔心隐私洩露，是不是誠意滿滿~
③登入後在工具一欄（全部分析）裡找到NMDS分析，點選進入；
④請按照界面右側的說明書或者下文進行操作，即可在2分鐘内獲得一張精美的NMDS分析圖喽~
話不多說，我們開始行動吧~
Step 1：上傳資料
※目前平台僅支援.txt(制表符分隔)文本檔案或者.csv檔案的檔案上傳。
平台可對不規範的資料格式進行部分處理，但還是請您盡量按照示例資料的格式調整資料，以便機器可以識别。
a)準備一個資料矩陣（形式參照示例資料，如微生物OTU表、物種豐度表、基因表達量矩陣、代謝物含量表，也可以是測量資料，例如身高、體重、表型等）；
b)表格需要帶表頭和列名，第一行為樣本名，第一列為各種名額名（如代謝物名稱、OTUID、genus等）。
c)請送出txt(制表符分隔)文本檔案或者.csv檔案。操作方法為：全選excel中的所有内容（ctrl+A），複制到記事本中，将記事本檔案另存後上傳該檔案。
※傳完檔案後一定要填寫說明書下方的分組資訊！否則無法繪圖。
Step 2：調整參數
2.1方法選擇：本平台提供了4種權重方法：bray、jaccard、gower、altgower。
2.2 橫/縱坐标字型大小：根據需求酌情選擇。
2.3 元素大小：圖中代表樣品的圖表的大小。
2.4 是否添加橢圓：
橢圓一：按照正常計算方式得到分組橢圓（有些結果可能無法添加分組橢圓）
橢圓二：對無法正常添加分組橢圓的資料強行添加分組橢圓。
否：不添加分組橢圓
2.5 橢圓的粗細：調節橢圓邊界線條的寬度
2.6 是否顯示标簽：是否在元素旁邊顯示樣品名稱。
2.7 分組資訊：整個頁面的右下角（圖檔的下方）
需要對所有樣品進行分組，本網站支援線上修改分組名稱和樣品名稱的功能。
Step 3：下載下傳檔案
根據個人需求進行參數調整後點選運作後等待5-10秒即可下載下傳結果，平台提供PDF格式的矢量圖下載下傳。
Step 4：作圖後處理
TUTU雲平台提供的是PDF格式的矢量圖，可通過矢量圖處理軟體（Inkscape或AI）進行編輯和調整（如：文字字型，文字大小，圖檔分辨率等）。圖形處理軟體和使用方法可掃描文後的二維碼添加小編微信擷取。
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NMDS analysis was performed on Tutools platform (http://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.
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