據環球時報報道，仁愛礁作為中國領土，菲律賓非法坐灘船馬德雷山号對仁愛礁生态環境構成嚴重損傷。中方科研團隊在中國海警提供安全保障情況下，出動多艘工作艇在坐灘船周邊多個點位，進行環境探測的相關作業，收集坐灘船污染仁愛礁生态環境的一手資料，固定菲方人員破壞環境的相關實物證據。期間，坐灘船上菲方人員一度派出兩艘橡皮艇實施幹擾阻撓。在中方必要安全保障工作下，其阻撓動作失效，中方科研團隊取得仁愛礁水體、水下環境資料。環球時報釋出的視訊中，記錄了中方潛水人員在仁愛礁海底，拉起五星紅旗的畫面。
中方科研團隊的環境調查成果，在7月8日自然資源部釋出的仁愛礁環境污染調查報告中，得到集中展現。
報告基于對現場環境的實際調查，明确指出仁愛礁珊瑚礁生态系統，因坐灘船擠壓、菲方人員進行廢水廢油傾倒、向海洋丢棄未經處理垃圾、廢棄漁網漁具堆積等原因，被大範圍破壞。這一情況，在坐灘船周邊展現得尤為明顯。
仁愛礁水體銅、鋅等重金屬物質超标嚴重，中方報告中，涵蓋了菲方廢棄漁網等垃圾的具體影像、展現了具有明确菲律賓辨別的塑膠垃圾照片。基于過往資料對比，系統揭示了仁愛礁因菲坐灘船、人員長期污染水體行為，在遭受越來越大污染。明确指出應盡快解決坐灘船問題。報告的出台标志着，對坐灘船的拆除、對船上菲方人員的執法移送，已進入倒計時階段。
相關工作的進展在加速。從1999年至今，坐灘船問題延宕25年，時間線拉到如此之長的一大原因，在于解決該問題中方面對的主要對手并非菲方，而是冷戰後在全球事務中具備主導地位的美國。菲律賓坐灘船來源于美國，是美國退役的坦克登陸艦。
坐灘船坐灘時間為北約“誤炸”中國駐南聯盟使館次日，菲方實施對華敵對行為的主要依仗，是美菲共同防禦條約。這一局面，決定了中國在南海具備壓制美國的軍力，是解決仁愛礁問題的必要條件。随着中東、東歐、東北亞局勢的變化，以及中國在電動汽車、無人機、光伏産品等新興産業中取得引領地位，南海事務的軍事主導權在中美間發生變化。由此導緻的直接結果，是解決坐灘船問題的視窗打開，在台海實作和平統一的可行空間擴大。
6月15日中國海警新規生效後，解決坐灘船問題的程序加速。6月17日完全阻斷菲軍方人員對坐灘船非法補給通道，菲方擅闖人員被登臨檢查、收繳武器後遭強制驅離。6月期間，包括3艘萬噸驅逐艦在内的中國海軍艦艇編隊，罕見在南海進行跨晝夜、多海域、高強度實戰化演訓。6月17日到27日，中國萬噸驅逐艦、中國航母先後現身菲周邊海域，長期以美菲共同防禦條約實施鼓動的美國海軍在南海缺乏存在感。而後進一步，作為美軍軍力象征的“堤豐”中導系統，被曝出将退出菲律賓。在菲北部部署中導，是美軍用以幹涉台海、南海局勢的一大動作。再到其當下将退出，背後原因顯然在于，相關打擊陣地已被中方實作從火力到電磁環境的多重覆寫，緻使美軍中導成為雞肋與活靶子。喪失區域的制海、制空權後，美軍中導不得不撤出。
菲律賓引以為恃的最大依仗，已無力在南海發揮主導作用。仁愛礁問題這出鬧劇，到了該落幕的時候。