1853年3月，太平天國占領南京後幾天，洪秀全寫信給當時正在廣州的羅孝全。在信中，洪秀全感謝羅孝全曾不遺餘力地給予自己宗教指導，并且邀請羅孝全及其他願意陪同羅孝全的傳教士兄弟一起到南京。
1858年，洪秀全發給額爾金勳爵的禦诏《賜英國全權特使額爾金诏》中有一項内容提到了羅孝全。洪秀全在禦诏中表示，如果羅孝全願意來南京，請到天朝與自己談談。
1853年，羅孝全收到洪秀全的第一封信。羅孝全當即準備前去投靠洪秀全，并且為此前往上海。然而，由于種種原因(其中，主要原因是當時從上海前往南京困難重重)，直到太平軍攻占蘇州後，羅孝全才踏上太平天國的領地。在蘇州住了幾個星期後，大約在1860年 10月底，羅孝全終于在南京安頓下來。在南京，洪秀全特别關照羅孝全。羅孝全穿上黃色長袍，戴上王冠。由此可見，當時羅孝全的地位非常高。根據羅孝全的要求，太平天國方面為他安排了合适的住所及随從。
就像《公選外務裁判官诏》中說的那樣，洪秀全為羅孝全提供了一個權位很高的職位。盡管洪秀全一直給羅孝全施壓，希望羅孝全可以接受這個職位，但羅孝全一直拒絕接受。穿着肮髒的黃色長袍、帶着高聳的王冠的美國浸信會傳教士，以及大約同一時期來南京的歐洲人，都成了中國百姓評頭論足的對象。羅孝全與洪秀全曾是師生關系。鑒于此，外界認為羅孝全的存在一定會對太平天國的宗教發展起到舉足輕重的作用。然而，事實證明并非如此。最終，羅孝全選擇了一條看似最不明智的道路。根據長期以來的經驗，羅孝全完全可以避免這個結局。然而，他被“石頭絆了一跤”。也許，作為一個傳教士，羅孝全認為自己有義務指出太平天國首領的宗教信條存在明顯錯誤。
但羅孝全必須明白或者說本應明白，洪秀全不可能在他的勸誡下承認天父降世及其啟示都是不真實的。洪秀全一旦承認這一點，就相當于摧毀了自己的權力根基。然而，羅孝全一邊堅持按照自己認為正确的理念行事，一邊搖擺不定；一邊屈從于洪秀全的宗教主張，一邊反駁這些主張。仔細閱讀羅孝全的下面這封信，讀者就會了解他最後的選擇。在信中，羅孝全闡述了自己離開南京的理由：
自從1847年擔任洪秀全的宗教導師起，我就想通過他為這個國家在宗教、商業和政治領域帶來真正的幫助。在洪秀全的革命運動中，我一直是他的朋友。我用言行支援他，盡一個傳教士所能做的一切，不損害他作為基督使者的崇高品格。然而，在太平天國生活的十五個月期間，我密切觀察太平天國首領的政治活動、貿易和宗教活動後完全醒悟。
現在，我有充分的理由反對太平天國的宗教理念，就像我當初支援他們一樣。我反對洪秀全，并非出于個人原因。洪秀全對我非常好。我之是以反對洪秀全，是因為我認為洪秀全是一個瘋狂的人。在沒有建立任何有效政府組織的情況下，洪秀全完全不适合做統治者。
他和出身于苦力階層的諸王也沒有能力組織一個造福百姓的政府。洪秀全脾氣暴躁，身邊的人都成了他的出氣筒。經常有人因為一句話冒犯了洪秀全，就被下令拖出去處死。洪秀全反對貿易。自從我到南京以來，洪秀全手下就有十幾個人僅僅因為在南京城裡做生意就被殺害。洪秀全直接拒絕外國人在他們中開展合法貿易活動的提議，無論是在南京城内，還是南京城外。洪秀全對宗教的寬容及所謂的教堂多樣性，結果成了一場鬧劇。運動對基督教的傳播無濟于事，最終不過是成了促進和傳播洪秀全自己的政治性宗教的機器。
洪秀全自認與耶稣平起平坐。天父上帝、天王洪秀全、幼主洪天貴福構成了“三位一體”。在太平天國，任何不相信洪秀全的神權、不幫助洪秀全傳播他的政治性宗教的傳教士的生命安全、财産安全及其仆人的安全，都得不到保障。我到南京後不久，洪秀全告訴我，我如果不信他，必然會滅亡，就像猶太人不信救世主一樣。當時，我怎麼也沒想到，竟然有一天，在洪秀全所占領的南京，我會離死亡那麼近。
1862年1月13日， 是星期一。事前沒有任何預兆，在沒有提供任何理由的情況下，洪仁玕惡狠狠地沖進我的住所，在我面前用一把大刀殺死了我親愛的仆人——我愛之若子的男孩。洪仁玕應該是受到出身于苦力階層的哥哥的影響，也可能是着魔了。對上帝，洪仁玕沒有絲毫敬畏之心。殺死那個可憐且無助的無辜男孩後，洪仁玕像惡魔一樣跳到他的頭上，用腳使勁跺了跺。
雖然從一開始我就苦苦哀求，希望洪仁玕能饒了我那可憐的男孩，但一切無濟于事。不僅如此，洪仁玕還盡其所能地侮辱我、激怒我，讓我用行動或言語向他道歉。當時我認為(并且現在也認為)，洪仁玕要殺了我。他怒氣沖沖地向我撲來，像瘋子似的抓住我坐着的凳子，把一杯茶潑到我的臉上，然後抓住我拼命搖晃，朝我右臉頰狠狠地打了一巴掌。我轉過身去，洪仁玕又用右手在我左臉頰上狠狠地打了一下。瞬時，我的耳朵嗡嗡作響。洪仁玕可能覺得自己的言語和行為都無法激怒我，似乎變得更加暴躁，像瘋狗一樣沖了出去。
“對待綠樹尚且如此，對于幹枯的樹他又會怎麼做呢”，我作為天王跟前的紅人尚且如此，其他傳教士或商人誰還敢冒這樣的風險呢?我對在太平天國傳教頓感絕望，也覺得太平天國不會在宗教、貿易或政治領域有任何建樹。于是，我決定離開。1862年1月20日(星期一) ， 我離開了南京。
離開南京十天後，羅孝全在“雷納”号上寫了上面這封信。當時，“雷納”号正停在離南京不遠的地方。羅孝全的仆人無緣無故被殺害。對此，羅孝全不願做任何解釋。外界隻能推斷洪仁玕對一個沒有犯罪的無辜男孩犯下了最殘忍的罪行。不過，有人說羅孝全的仆人在很久之前犯了某種可能會被處死的罪行，隻是他恰好被送去給羅孝全做仆人，才得以幸存，也沒有受到應有的法律制裁。為了挽救這個男孩，羅孝全把他培養成基督新教教徒。
羅孝全無疑認為這是一種非常值得稱贊的行為。然而，洪仁玕的意見不同。一段時間後，事情最終以信中所說的方式得到解決。就像信中所說的那樣，無論對那個被殺害的男孩而言，還是對羅孝全而言，洪仁玕的行為都不可饒恕。唯一公平的做法就是消除洪仁玕曾蓄意謀殺一個無可指責的男孩的嫌疑。如果那個被殺害的男孩應該被斬首，那麼洪仁玕應該被責備的不是所謂的謀殺，而是執行對男孩的判決的方式。
後來，羅孝全回到了中國南方自己以前工作的地方。基督新教傳教士與太平天國運動之間的主要聯系就此中斷。