明弘治九年（1496），一个叫徐恪的外任官接到皇帝旨意，升任南京工部侍郎。按说这是好事，可是徐恪上了一道疏，曰
“大臣进用，宜出廷推，未闻有传奉而得者。臣生平不敢以他途进，请赐罢黜。”
徐恪这话什么意思呢？通俗地说就是，国家有制度，历来委以大臣要职，都要按吏部程序（即廷推），从来没有听过皇帝直接下旨任命的，这才是正途，我生平都是这样，不敢走其他门路，这个官当不了，请皇上收回吧。
同样也是弘治九年，弘治帝绕过廷推，将左都御史一缺授予王越，这又引起朝臣的不满，科道言官们纷纷上书反对弘治帝，弘治帝被逼得没办法，只能让王越致仕。
明代皇帝绕过内阁、吏部直接下旨任命官员，官方的说法叫“传奉”或“中旨”，这是不符合祖宗成法的，所以必然会引起朝臣的强烈反对。
这种现象的出现与明代皇权和士大夫之间的关系是息息相关的。明代的皇权，相对唐宋，无疑达到了一个高峰。自朱元璋废除宰相制，以及皇帝对中枢决策权力的牢固控制和掌握，都使得明代皇权在中国各朝中占有较突出的地位。
从观念上说，自朱元璋推行严刑峻法重典治吏开始，明代帝王对士大夫官僚实行的是高压政策，奴视臣僚，与宋代对士大夫的尊崇和礼遇形成鲜明对比。皇权的膨胀使明代皇帝的心态也发生了变化，以天下为朱家资产，任意胡为。明代中后期出现的几个历史上十分典型的皇帝，如武宗之荒唐，世宗之执拗，神宗之贪婪，就是这种心态的反映。
但是从另一个角度来说，明代的皇权还没有像清代那样不可触犯，皇帝的行为也不是完全不受约束的。虽然明代皇帝已经不提“与士大夫治天下”，但也明白必须要得到士大夫官僚的合作才能坐稳江山，因此在一定程度上，皇帝有时必须要向士大夫作出妥协。
我们在读明代史料时，往往发现明代的士大夫骨头普遍比较硬。他们敢于舍官弃爵以维护制度，坚持“以道士君”，甚至还有不少以身殉道的行为。在这一定程度上制约了皇帝的行为，换言之，制度和道统是明代皇帝始终都跨不过去的两道门槛。
皇帝如果一意孤行，势必就会引起朝臣的不合作甚至是抵制。最突出的就是内阁往往不认皇帝不合理的诏旨，拒绝草拟，封还执奏。还有就是皇帝不认可内阁的票拟，但内阁认为自己的意见正确，同样也可以不理睬皇帝，可以拒绝重拟。
如果皇帝的圣旨不经过内阁票拟，就是不合法，视为违制，六科可以封还，部院可以执奏。这种情况在明代中期以后经常发生。
比如嘉靖皇帝继位后，要尊自己的生父为皇考，下了一道手诏给阁臣杨廷和等人，杨廷和等人为于礼不合，封还手诏。嘉靖帝也因为朝臣的反对，一直不敢贸然行事，最终经过三年的折腾才达到自己的目的，但代价也很大，嘉靖帝不惜以廷杖相威慑，杖毙多名大臣，遭遇了空前的阻力。
有时皇帝为了达到自己的目的，不惜对诸臣进行威胁、利诱，甚至采取贿赂等手段。土木堡之变明英宗被俘后，以于谦等为首的大臣推举英宗之弟
郕王
继位，是为景泰帝。
朱祁钰平白无故得了一个皇位，本该知足。按制度，他的这个皇帝不是嫡传，未来的合法继承人应该还是英宗所立的太子。可是景泰帝继位不久，就一门心思想着要立自己的儿子为太子，但因顾虑朝臣反对，所以大肆贿赂群臣。
即便是这样，景泰帝在立太子的过程中也遭遇了很大的阻力，来来回回经过五六个回合，最终才得以实现。可见，明代皇帝想要打破祖制，违背道统是十分不易的。
就明代皇帝与制度而言，虽然制度对皇帝没有强制性的约束，皇帝也时常违反制度。但客观地说，制度制约的力量还是存在的。因为票拟、廷推、廷议等条例是被明文写进《明会典》的，具有一定的刚性，皇帝违制行事，就要冒着遭到廷臣抵制的风险。
由于制度的存在和有限度的约束，使得皇帝觉得以一己之力很难与士大夫群体为敌，这就导致了明代宦官势力的抬头。皇帝用宦官来制约朝臣，其实也是没有办法的事儿。