明朝洪武元年，朱元璋设置兵部。洪武六年，增设兵部尚书和兵部侍郎各一人，并在总部、驾部、职方部这三个部门各设郎中、员外郎各一人、主事各两人，隶属中书省。洪武十三年（1380年），因胡惟庸案，明太祖朱元璋罢黜宰相与中书省，并仿照《周官》六卿之制，直属六部，并各设尚书、侍郎各一名。每部分四属部，每属部设郎中、员外郎、主事各一人。次年，增试侍郎一人。洪武二十二年，改总部为选部。洪武二十九年，定为武选、职方、车驾、武库四司，皆称清吏司。景泰年间，增设尚书一人，协理部事。天顺初年罢免。隆庆四年，添注侍郎二人，后罢免。万历末年重设。
明朝，兵部尚书、或侍郎或都督府右都御史参与协理京营戎政，掌管京营操练。永乐年初设置三大营，总属武将。景泰元年，设提督团营，命兵部尚书于谦兼领，之后罢去。成化三年，再设，以本部尚书或都御史兼任。嘉靖二十年，命尚书刘天和辍离部务，另给关防，专理戎政，之后改由兵部侍郎协理戎政。万历九年裁革，十一年复设。天启初年，增设协理一人，后革除。崇祯二年，再设，以庶吉士刘之纶为兵部侍郎担任。