从前,有一个人叫做阿罗纳克斯。他知识渊博,是法国人。一次,他赴美参加科学考察活动,正准备返回法国时,应邀登上了驱逐舰“亚伯拉罕·林肯”号,驱逐当时海上盛传的怪物。当时与他一同参与驱逐的还有鱼叉手内德·兰德以及他的忠实的助手孔塞伊等。不料,他们却被怪物毁了船。并且被怪物俘获。
然而,谁知道怪物其实是一艘无人知晓的潜水艇,名叫鹦鹉螺号,它的主人“尼摩”是一位学识丰富、友善高雅的人。他过着与世隔绝的生活。于是他们三个人就和尼摩船长生活在一起。
他们几个随着尼摩船长环游世界,看到了美丽的珊瑚森林、下到了太平洋的最深处,并测出了那里的深度,看到了价值千万的珍珠。与巨型章鱼、鲨鱼展开了殊死搏斗……他们甚至还到了南极点。一路上有着“金刚不坏之身”的鹦鹉螺号作保护,没有什么能够伤害到他们。鱼叉手内德·兰德一心想逃出鹦鹉螺号,回到他们自己的国家。而故事的主人公,阿罗纳克斯教授却很想借着这次机会好好地研究海洋。最后尼摩船长不知为何竟然使用鹦鹉螺号大开杀戒,击沉了一艘海船,然后将鹦鹉螺号开进了大漩涡之中……
当他们醒来时,已经身在岸边的渔民家中。谁也不知道尼摩船长他们都到了哪里去了。于是,他们三人将所有的秘密公之于众。