在整个ERP理论体系中MRP（物料资源计划）就已经能够解决企业物流管理的问题，但是为了说明企业的经营效益，人们就又将管理会计的理论方法引入ERP软件中来，从而使ERP软件有了财务管理的功能。但是ERP软件的财务管理和一般的财务管理软件也存在着许多不同之处。
首先，两种软件的管理模式不同
众所周知，财务管理强调的是事后核算，实际发生原则是财务管理的首要原则，也就是说，它对于企业经营现状的反映具有滞后性，只能在一切都已经成为事实以后在采取补救措施来调整，这是产生财务信息流、资金流和企业生产经营中的物流产生脱节的重要原因。而ERP思想强调的是事前计划和及时调整，能够实现企业的三流合一，就是物流流到哪里，资金流就核算到哪里，信息流就反映到哪里，使企业能够根据市场情况及时反应。
其次，两种软件的管理核心不同
财务软件管理的核心就是企业的财务状况，而ERP软件管理的范围更加广泛，而且以降低企业经营成本，提高企业整理竞争能力为目的。
两种软件能够实现的功能也不同
衡量企业经营效益首先要计算产品成本，ERP软件产品在核算产品成本方面有着得天独厚的优势，成本的实际发生过程，要以ERP系统的产品结构为基础，从最底层采购件的材料费开始，逐层向上将每一件物料的材料费、人工费和制造费（间接成本）累积，得出每一层零部件直至最终产品的成本。再进一步结合市场营销，分析各类产品的获利性。
ERP把传统的帐务处理同发生帐务的事务结合起来，不仅说明帐务的资金现状，而且追溯资金的来龙去脉--例如将体现债务债权关系的应付帐、应收帐同采购业务和销售业务集成起来、同供应商或客户的业绩或信誉集成起来、同销售和生产计划集成起来等，按照物料位置、数量或价值变化，使与生产相关的财务信息直接由生产活动生成。
在定义事务处理相关的会计科目之间，按设定的借贷关系，自动转帐登录，保证了"资金流（财务帐）"同"物流（实物帐）"的同步和一致，改变了资金信息滞后于物料信息的状况，便于实时做出决策。而财务软件由于没有同生产管理集成，所以难以像ERP软件这样方便快捷的核算产品成本，在人力资源管理等方面也是如此。