熟悉CMT的都知道，作者在聚类部分使用了层次凝聚聚类算法（Hierarchical Agglomerative Clustering）并且使用的是单链（Single-link），今天我们就来学习下这个算法。
前面学习了几种聚类算法，K-Means，EM，AP等都属于平面聚类（Flat Clustering），因为这些算法的输出都是返回一个平面的无结构的聚类集合，所以叫做Flat clustering；平面聚类有一个缺陷就是要选择聚类的数目以及初始点，这对于没有经验的人员来说是一件很棘手的工作，因为聚类结果的好坏完全依赖于这一参数的选择，所以很多时候可以考虑下层次聚类算法，避免了聚类数量和初始点的选择。层次聚类算法有多种形式，本篇介绍的这个叫做层次凝聚聚类算法（Hierarchical Agglomerative Clustering），简称HAC，其主要思想就是，先把每一个样本点当做一个聚类，然后不断重复的将其中最近的两个聚类合并（就是凝聚的含义），直到满足迭代终止条件。
HAC具体实现步骤：
1）将训练样本集中的每个数据点都当做一个聚类；
2）计算每两个聚类之间的距离，将距离最近的或最相似的两个聚类进行合并；
3）重复上述步骤，直到得到的当前聚类数是合并前聚类数的10%，即90%的聚类都被合并了；当然还可以设置其他终止条件，这样设置是为了防止过度合并。
很明显，还是一样的老套路，唯一的新鲜处在于第二步中，如何度量两个聚类间的相似度，关于这个主要有三种定义：
1）单链（Single-link）：不同两个聚类中离得最近的两个点之间的距离，即MIN；
2）全链（Complete-link）：不同两个聚类中离得最远的两个点之间的距离，即MAX；
3）平均链（Average-link）：不同两个聚类中所有点对距离的平均值，即AVERAGE；
不难发现，其中前两种定义的出发点是那些点集中的特殊点或外点，如噪点；而最后一种定义相对来说就不那么稳定了，所以又有人提出了使用距离的中值，这样可以排除一些个别点的干扰。
可以看下图效果（基于单链），黑色点是噪声点：
这是一种自下而上（bottom-up）的层次聚类，因此叫做层次凝聚聚类（Hierarchical Agglomerative Clustering），由于其计算点对距离时需要多次遍历，所以计算量可想而知，并且每次迭代只能合并两个聚类，时间复杂度上同样缺乏优势，因此实际应用中没有Flat clustering那么受欢迎，但是由于其避免了聚类数以及初始点的选择，而且不会陷入局部最优，在一些二次复杂度的问题中还是应该考虑的；在最早的CBIR系统中，HAC被应用到词袋技术中，如下图：
另外还有一种层次聚类算法，叫做自上而下的，这种形式的聚类主要是使用了一种分离聚类的方法，这里就不打算深入了，需要的可参考http://nlp.stanford.edu/IR-book/html/htmledition/hierarchical-agglomerative-clustering-1.html#sec:hac，里面有很详细的关于层次聚类的东西。